(경정)① 이 건 쟁점연구소가 본점사업용 부동산인지 여부 ② 쟁점면적이 본점사업용으로서 기업부설연구소용에 해당하지 여부 ③ 이 건 건축물의 부속토지는 법인합병으로 취득하였으므로 중과세 산정의 기산일은 분할 전 법인이 당초 취득한 날이라는 청구주장의 당부 ④ 이 건 건축물의 부속토지는 법인합병을 원인으로 취득하였으므로 취득세 과세표준은 법인장부가액인지 여부

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심판(심사)사례

(경정)① 이 건 쟁점연구소가 본점사업용 부동산인지 여부 ② 쟁점면적이 본점사업용으로서 기업부설연구소용에 해당하지 여부 ③ 이 건 건축물의 부속토지는 법인합병으로 취득하였으므로 중과세 산정의 기산일은 분할 전 법인이 당초 취득한 날이라는 청구주장의 당부 ④ 이 건 건축물의 부속토지는 법인합병을 원인으로 취득하였으므로 취득세 과세표준은 법인장부가액인지 여부

작성자: Tax

조회: 2053 등록일: 2020-09-20

조심2018지0293, 2019.10.31.  (세목) 취득세  (결정유형)  경정 【결정요지】쟁점①쟁점연구소 입·출입 현황에 따르면 대부분 쟁점연구소 소속 직원만이 이용하는 것으로 확인이 되는 점 등에 비추어, 쟁점연구소용 부동산은 관련 법령에 따라 기업의 연구활동만을 전담하는 장소로서 법인의 주된 의사결정을 하는 장소 등을 의미하는 본점 사업용 부동산에 해당하는 것으로 보기는 어려우므로 처분청이 쟁점연구소용 부동산에 대하여 중과세율 적용을 배제해달라는 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단됨.쟁점②폐수배출시설 설치 허가증을 보면, 쟁점면적 중 지하 5·6층 폐수처리시설 부분은 쟁점연구소에서 배출되는 폐수만을 처리하는 것으로 보이는 점 등에 비추어, 쟁점면적도 기업부설연구소의 부속시설 및 공용면적으로 보이므로 처분청이 이 건 경정청구 중 쟁점면적에 대한 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단쟁점③청구법인은 이 건 건축물의 부속토지 일부인 쟁점토지를 무상으로 취득(법인합병) 하였으므로 취득세 과세표준은 시가표준액이 되어야 한다고 주장하나 쟁점토지를 합병으로 인하여 취득했는지 여부가 명확하지 아니하고 청구법인은 쟁점토지의 취득가격을 OOO원으로 신고한 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단됨.쟁점④에 대하여 살피건대, 청구법인은 이 건 건축물 부속토지의 일부인 쟁점①토지를 취득한 후 5년을 경과하여 본점 사업용으로 사용하였으므로 중과세율 적용대상이 아니라고 주장하나, 청구법인은 2011.11.3. 등에 쟁점①토지를 취득한 후 그로부터 5년 이내인 2016.4.18. 그 지상에 이 건 건축물을 신축하여 일부를 본점으로 사용한 사실이 확인되는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단됨. 【관련법령】 지방세특례제한법제46조 / 지방세법 제13조 【주  문】 1. OOO이 2017.11.30. 청구법인에게 한 경정청구 거부처분은 가. OOO 등에 소재한 기업부설연구소용 건축물 11,666.40㎡ 및 그 부속토지를 「지방세법」제13조 제1항에 따른 본점 사업용 부동산에 해당하지 않는 것으로 하고, 나. 위 건축물 4층 복도 544.53㎡, 지하 5․6층 폐수처리시설 부분 231.76㎡ 및 그 부속토지를 기업부설연구소용 부동산으로 보아 취득세를 감면하며, 본점 사업용 부동산의 중과세율을 적용하지 아니하는 것으로 하여 그 과세표준 및 세액을 경정한다. 2. 나머지 심판청구는 기각한다. 【이  유】 1. 처분개요   가. 주식회사 OOO(이하 “분할 전 OOO”라 한다)는 설탕 등의 제조업을, 주식회사 OOO는 전분 등의 제조업을 목적사업을 하여 각각 사업을 영위하고 있었고, 분할 전 OOO는 2011.8.25. OOO 외 1필지 토지 5,732.9㎡(이하 “이 건 토지”라 한다)를 소유하고 있었다. 이후 분할 전 OOO는 2011.11.3. 법인분할에 따라 분할존속법인으로 주식회사 OOO, 분할신설법인으로 청구법인과 주식회사 OOO(이하 “분할 후 OOO”라 한다)로 각각 분할되었다.   나. 분할 전 OOO와 주식회사 OOO는 2011.11.3.부터 2016.1.4.까지 각각 법인분할․합병을 하면서, 이 기간 동안에 이 건 토지의 지분은 청구법인․분할 후 OOO․주식회사 OOO․주식회사 OOO간에 매각․합병의 과정을 거쳐, 2016.1.4. 청구법인과 분할 후 OOO가 각각 100분의 50의 지분(다. 사실관계 및 판단 (라)항의 ＜표3＞의 기재와 같다)을 최종 소유하게 되었다.   다. 청구법인은 2011.11.3. 분할 전 OOO로부터 법인분할을 원인으로 이 건 토지(5,732.9㎡) 중 4,013.03㎡(100분의 70, 이하 “쟁점①토지”라 한다)를, 2013.7.2. 위 주식회사 OOO로부터 흡수합병을 원인으로 1,719.87㎡(100분의 30, 이하 “쟁점②토지”라 한다)의 지분을 각각 취득하면서 「조세특례제한법」(2011.12.31. 법률 제11133호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제120조 제1항 제6호 및 같은 조 제2항에 따른 법인분할 및 합병으로 취득하는 재산으로 각각 처분청에 신고하여 취득세 등을 면제 받았다.   라. 청구법인과 분할 후 OOO는 2016.4.18. 이 건 토지상에 복합용도의 건축물 44,984.63㎡(OOO, 지하 6층․지상 9층, 이하 “이 건 건축물”이라 한다)를 공동으로 신축하여 취득(청구법인 지분 100분의 50)한 후, 이 건 건축물 중 연구소용으로 사용하는 부분에 대하여는 「지방세특례제한법」(2016.12.27. 법률 14477호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제46조 제3항에 따른 기업부설연구소로 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 신고하여 취득세의 100분의 75를 감면받고, 나머지 100분의 25에 해당하는 부분과 업무용(후생복지시설 1,169.04㎡ 제외) 부분에 대하여는 「지방세법」(2016.12.27. 법률 14475호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제13조 제1항에 따른 대도시내 본점 사업용 부동산(쟁점①․②토지 등 그 부속토지를 포함)에 대한 중과세율을 적용하여 산출한 취득세 등(이하 “이 건 제①취득세 등”이라 한다)을 신고․납부하였으며, 2016.12.28. 이 건 건축물의 취득가액 중 일부를 과소신고한 것으로 보아 취득세 등(이하 “이 건 제②취득세 등”이라 한다)을, 2017.8.22. 처분청이 세무조사한 후 과소신고하였다고 지적하자 이에 대한 취득세 등(이하 “이 건 제③취득세”라 하고, 이 건 제①․②취득세 등과 합하여 “이 건 취득세 등”이라 한다, 세부 신고․납부액 현황은 ＜표1＞의 기재와 같다)을 각각 수정 신고․납부하였다.   ＜표1＞ 청구법인이 이 건 취득세 등을 신고․납부한 내역    마. 청구법인은 2017.11.23. 이 건 건축물 중 기업부설연구소용으로 사용하는 부분은 본점 사업용 부동산에 해당하지 않으므로 해당 부분의 취득세 등을 환급하여 달라는 등의 이유로 처분청에 경정청구를 하였으나, 처분청은 2017.11.30. 이를 거부하였다.   바. 청구법인은 이에 불복하여, 2018.1.2. 심판청구를 제기하였다.     2. 청구법인 주장 및 처분청 의견   가. 청구법인 주장    (1) 이 건 건축물 중 청구법인이 기업부설연구소용으로 사용하는 부분의 면적 11,666.40㎡는(이하 “쟁점연구소”라 한다)는 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」에서 정한 바에 따라 독립된 연구공간과 설비 및 인력을 통해 연구개발만을 전담하고 있는 조직으로서 법인의 주된 업무를 지휘․통제하는 활동 또는 경영활동에 필수적인 인사․기획․재무 등이 활동이 이루어지는 장소 등에 해당하지 아니하며, 실제로도 의약품 및 의약부외품 등의 신제품 개발과 관련한 기업부설연구소에 맞게 사용하고 있으므로 쟁점연구소에서 본점 기능과 관련된 업무가 이루어질 여지가 없다고 보아야 하고, 처분청과 같이 수도권과밀억제권역 내에 설치한 기업부설연구소를 본점 또는 주사무소에 해당한다고 보는 것은 「지방세특례제한법」제46조에 따른 기업부설연구소에 대한 감면 취지와 배치되는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점연구소를 본점 또는 주사무소라 보아 이 건 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.    (2) 이 건 건축물 중 지상 4층의 복도 면적 544.53㎡는 청구법인과 분할 후 OOO가 공간을 구분하여 각각 기업부설연구소 용도로 사용하고 있고, 지하 5․6층의 폐수처리시설 면적 231.76㎡(4층 복도 면적 544.53㎡와 합하여 이하 “쟁점면적”이라 한다)도 이 건 건축물에서 발생하는 일반 하수처리시설이 아닌 쟁점연구소에서만 유출되는 폐수만을 처리하는 시설로만 전부 사용하고 있으므로 쟁점면적을 기업부설연구소의 부수시설로 보아 감면을 적용하여야 함에도 처분청이 쟁점면적을 본점 또는 주사무소의 일부로 보아 이 건 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.   (3) 법인분할의 경우 종래 같은 법인 내에 존재하던 특정 사업부분에 별개의 법인격을 부여하는 것에 불과하여 경제적 실질에는 변함이 없어 재산의 이전에 따른 취득세를 부과할 당위성이 적어 사실상 종전의 법인의 일부가 분할되어 계속 존속하는 것이라 할 것(조심 2009지291, 2010.2.10., 같은 뜻임)이고, 「지방세법 시행령」(2010.12.30. 대통령령 제22586호로 개정된 것) 제27조 제3항에서 「지방세법」제13조 제2항 제1호에 따른 대도시에서의 법인 설립 등에 따른 부동산 취득은 해당 법인설립 이전에 법인의 본점 용도로 직접 사용하기 위한 부동산 취득으로 하며, 그 설립·설치·전입 이후의 부동산 취득은 법인 또는 사무소등이 설립·설치·전입 이후 5년 이내에 하는 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용의 모든 부동산 취득으로 한다고 규정하고 있는 바,   분할 전 OOO는 2011.8.25. 이 건 토지(5,732.9㎡)를 취득한 후, 청구법인이 2011.11.3. 분할을 원인으로 쟁점①토지를 취득하여 2016.4.18. 이 건 건축물을 신축한 후, 2016.9.1.부터 기업부설 용도로 사용하기 위해 사업자등록을 하였으므로 이 건 건축물의 부속토지 중 쟁점①토지 부분에 대한 취득세의 중과세 적용 기산일은 분할 전 OOO가 이 건 토지를 취득한 2011.8.25로 보아야 하고, 이 건 건축물의 부속토지의 일부인 쟁점①토지 부분을 본점 사업용으로 사용한 때는 2016.9.1.이므로 이때에는 이미 「지방세법」제16조 제1항에 따른 중과세 적용기한(5년)이 경과하였으며, 「조세특례제한법」(2011.12.31. 법률 11133호로 개정되기 전의 것) 제120조 제1항 제6호에서도 법인분할로 감면받은 경우 취득세에 대한 별도의 추징 규정도 없으므로 중과세 적용 기산일을 법인분할일(2011.11.13.)이 아닌 분할 전 OOO가 법인분할 이전에 취득한 이 건 토지의 취득일(2011.8.25.)로 하여 달라는 청구법인의 이 건 경정청구를 처분청이 거부한 것은 부당하다.   (4) 청구법인이 이 건 토지(100분의 50)를 취득하고 이 건 건축물의 부속토지에 대한 취득세 등을 신고․납부한 경위를 살펴보면, 청구법인은 2011.11.3. 분할 전 OOO로부터 법인분할을 하면서 분할취득을 원인으로 이 건 토지 지분 중 100분의 70에 해당하는 4,013.03㎡를 취득한 후, 2013.7.2. 주식회사 OOO로부터 흡수합병을 원인으로 이 건 토지의 지분 중 100분의 30에 해당하는 1,719.87㎡를 취득하여 이 건 토지의 전부를 취득하였다가, 2015.8.13. 주식회사 OOO에게 이 건 토지의 지분 중 100분의 30을, 분할 후 OOO에게 100분의 20을 각각 매각하여, 최종 100분의 50 지분을 취득하게 된 것이고, 청구법인과 분할 후 OOO가 2016.4.18. 이 건 건축물을 공동으로 신축하면서 청구법인이 소유하고 있는 이 건 토지의 지분 100분의 50이 그 부속토지로 편입되었고, 같은 날 처분청에 그 부속토지 중 이 건 건축물의 부속토지로 편입된 쟁점②토지 부분에 대한 취득세 과세표준을 법인장부가액을 기준으로 중과세율을 적용하여 이 건 취득세 등을 신고․납부하였다.   합병으로 인한 쟁점②토지의 취득은 무상취득에 해당되어 취득가액이 있을 수 없으므로 법인의 장부가액(분할승계할 당시의 취득가액)이 아닌 시가표준액에 의하여 취득세 과세표준을 산정하여야 할 것(대법원 2000.10.13. 선고, 98두 19193 판결, 같은 뜻임)인바, 이 건 건축물의 부속토지의 일부인 쟁점②토지 부분은 청구법인이 주식회사 OOO와 합병을 통해 무상으로 취득을 하였음에도 청구법인이 취득세 과세표준을 시가표준액이 아닌 법인장부가액으로 착오 신고․납부하였음에도 처분청은 이 건 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.   나. 처분청 의견    (1) 청구법인이 주장하는 (1)과 관련한 OOO 및 처분청의 의견은 다음과 같다.    (가) OOO 의견   쟁점연구소는 취득세 본점 중과대상에서 제외되는 복지후생시설이나 영업장은 아니지만, 대부분의 회사 본점에 필수적으로 존치해야 하는 기능인 인사․기획․재무 등의 업무와는 별도로, 청구법인과 같이 사업 특성상 연구시설이 필요한 기업에만 선택적으로 존치되어 있는 점, 사회통념상으로도 연구시설은 일반사무실과는 구분하여 인식되고 있는 점 등을 고려해 볼 때, 쟁점연구소를 본점용 사무실로 보기에는 무리가 있으므로 처분청이 이 건 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.    (나) 처분청 의견   쟁점연구소 중 100분의 75 부분에 대하여는 감면을 적용하였으나, 나머지 100분의 25 부분에 대하여는 「지방세법 시행령」제25조에서 기숙사, 합숙소, 사택, 연수시설, 체육시설 등의 복지후생시설의 경우에만 본점 사업용 부동산의 범위에서 제외하고 있으며, 쟁점연구소는 위 복지후생시설의 범위에 해당하지 않으므로 처분청이 이 건 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.    (2) 청구법인이 주장하는 (2)와 관련한 OOO 및 처분청의 의견은 다음과 같다.    (가) OOO 의견   「기초연구진흥 및 기술지원에 관한 법률 시행령」제14조 및 같은 법 시행규칙 제2조와 제3조 등에서 규정되어 있는 기업부설연구소의 연구시설과 연구공간의 구체적인 인정 기준에 따라 인정받은 범위에 대하여만 취득세의 감면 범위가 확정되는 것이므로 쟁점면적 중 지상 4층 부분의 복도 면적은 위 규정에 따른 기업부설연구소로 인정받은 공간에 해당하지 않으므로 감면대상 기업부설연구소로 보기는 어렵다는 점에서 처분청이 이 부분에 대한 경정청구를 거부한 처분은 정당하다고 판단된다. 다만, 쟁점면적 중 지하 5․6층 폐수처리시설 부분은 실제 쟁점연구소에서 배출되는 폐수만을 처리한다는 점에서 이 부분에 대해 기업부설연구소의 부수시설로 보아 취득세 감면대상에 해당하는 것이 타당하다고 보이므로 처분청이 이 부분에 대한 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.    (나) 처분청 의견   「기초연구진흥 및 기술지원에 관한 법률 시행규칙」제2조에서 기업부설연구소 등의 인정 기준으로 ‘연구시설’과 ‘연구공간은 고정벽체와 별도의 출입문으로 다른 부서와 구분하여 독립적인 공간을 확보할 것’이라고 규정하고 있고, 그 제3호에서 부대시설에 대하여 기업부설연구기관 등의 연구개발 활동을 위하여 제작한 구축물과 연구전담 요원 등이 전용으로 사용하는 회의실, 기숙사 등 연구개발 활동에 필요한 편의시설로서 기업부설연구기관 등의 주소지에 있을 것(부대시설을 두는 경우만 해당한다)’이라고 규정하고 있어 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령」제14조의 규정에 의한 기준을 갖춘 연구소로서 인정을 받은 것‘이라는 부분은 기업부설연구소의 인적·물적 시설의 기준을 의미하고(대법원 2008.11.27. 선고 2006두19570 판결, 같은 뜻임), 이는 기업부설연구소로 인정을 받을 경우 비로소 그 인정받은 부분에 대해 취득세 감면 범위를 확정한다고 할 것이다.   기업부설연구소로 직접 사용하는 것은 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」시행령 제14조의 규정에 의한 기준에 따라 기업부설연구소로 인정받은 면적을 의미한다 할 것이지만, 기업부설연구소로 인정받은 면적이 당해 건물의 전용면적만 인정받은 경우라면 전용면적을 기준으로 공용면적을 안분하여 산정하는 것이 타당하므로 처분청이 이 건 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.    (3) 청구법인이 주장하는 (3)과 관련한 OOO 및 처분청의 의견은 다음과 같다.    (가) OOO 의견   분할 전 OOO가 2011.11.3. 회사분할 하면서 취득한 쟁점①토지에 대한 취득세 감면근거인 「조세특례제한법」제120조 제1항 제6호에서 「법인세법」제46조 제2항 각 호(물적분할인 경우에는 같은 법 제47조제1항)의 요건을 갖춘 분할로 인하여 취득하는 재산에 대하여 취득세를 면제하도록 하면서 단지, 「법인세법」제46조의3 제3항(물적분할의 경우에는 같은 법 제47조 제3항) 각 호의 사유가 발생하는 경우에만 감면받은 취득세를 추징한다고 규정되어 있을 뿐, 감면 이후 당해 재산에 대하여 중과하거나 추징할 수 있는 별도의 규정이 없으므로, 이 건 건축물의 부속토지의 일부인 쟁점①토지 부분에 대한 감면기산일은 분할전 OOO가 법인분할 이전인 2011.8.25.부터 적용하는 것이 타당하다.    (나) 처분청 의견   「지방세법」제20조 제2항에서 지방세의 추징사유가 발생한 날부터 30일 이내에 이 건 취득세 등을 신고․납부하여야 하는 것으로 규정되어 있는바,   분할 전 OOO의 회사분할로 인한 취득의 사유 발생일은 회사분할 등기일이며, 중과세 추징일 또한 그 사유 발생일부터 30일 이내에 신고․납부하여야 하며, 취득세 등을 신고․납부하지 아니하는 경우 5년 이내에 이 건 취득세 등을 부과․고지할 수 있으므로 처분청이 이 건 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.    (4) 청구법인이 주장하는 (4)와 관련한 OOO 및 처분청의 의견은 다음과 같다.    (가) OOO 의견   법인의 합병으로 인하여 취득한 토지가 법인의 비업무용 토지로 되어 그 합병으로 인한 취득이 취득세 중과대상인 취득에 해당한다고 하더라도 이때의 취득은 무상취득으로 봄이 상당하므로, 합병 당시 법인장부에 기재된 당해 토지의 가격을 사실상의 취득가격으로 보아 취득세의 과세표준으로 삼을 수는 것이므로 청구법인이 법인합병으로 취득한 이 건 건축물의 부속토지의 일부인 쟁점②토지 부분에 대하여 취득세를 장부가액으로 신고․납부를 하였다고 하더라도 합병으로 인한 취득은 무상취득에 해당되어 반대급부인 취득가액이 있을 수 없어 이 경우 취득세의 과세표준은 법인장부가액이 아니라 시가표준액으로 하는 것이 타당하다고 판단된다.    (나) 처분청 의견   합병이란 당사자인 회사의 전부 또는 일부가 해산하고 그 재산이 청산절차에 의하지 않고 포괄적으로 존속회사 또는 신설회사에 이전함과 동시에 그 사원이 존속회사 또는 신설회사의 사원이 되는 효과를 가져오는 것으로 기업의 동질성이 그대로 유지된다는 점에서 존속법인이 합병을 원인으로 소멸회사의 부동산을 취득하고 소멸회사의 주주에게 새로운 주식을 교부하는 것은 부동산 취득에 따른 대가를 지급하는 것이라기 보다는 기존주주가 신설회사의 주주로 지위가 변경되는 것에 따른 절차상의 행위에 불과하다 할 것인바,   청구법인의 입장에서는 이 건 건축물의 부속토지의 일부인 쟁점②토지를 무상으로 분할 전 OOO가 소유했던 토지를 취득하는 경우에 해당한다고 보는 것이 타당하므로, 무상취득으로 보는 것이 타당하다. 다만, 쟁점②토지 부분에 대한 취득세 과세표준을 적용함에 있어 당연히 시가표준액을 적용하는 것이 아니라, 「지방세법」제10조 제2항의 규정에 의하여 청구법인의 취득가격(장부가액)의 신고가 있었고 청구법인이 신고한 신고가액과 시가표준액 중 신고가액이 높으므로 이의 취득세 과세표준은 청구법인이 신고한 대로 신고가액인 법인장부가액이 타당하므로 처분청이 이 건 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.     3. 심리 및 판단   가. 쟁 점   ① 이 건 건축물에 소재하는 쟁점연구소가 본점사업용 부동산으로서 취득세 등의 중과세율 적용대상인 것으로 보아 취득세 등의 경정청구를 거부한 처분의 당부   ② 쟁점면적이 본점사업용으로서 기업부설연구소용에 해당하지 아니하여 중과세율 적용대상인 것으로 보아 취득세 등의 경정청구를 거부한 처분의 당부   ③ 이 건 건축물의 부속토지는 법인합병을 원인으로 취득하였으므로 중과세 산정의 기산일은 분할 전 법인이 당초 취득한 날이라는 청구주장의 당부   ④ 이 건 건축물의 부속토지는 법인합병을 원인으로 취득하였으므로 취득세 과세표준은 법인장부가액이 아닌 시가표준액이 되어야 한다는 청구주장의 당부   나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재   다. 사실관계 및 판단    (1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다.    (가) 법인등기부등본 등에 의하면 청구법인은 OOO을 본점 소재지로 하고, 각종 의약품 및 의약부외품 등의 제조 및 판매업 등을 목적사업으로 하여, 2011.11.3. 주식회사 OOO(이후 OOO로 명칭 변경)로부터 분할되어 설립되었다고 기재되어 있다.   (나) 청구법인의 조직도, 건축물관리대장, 이 건 건축물 사용현황 등의 자료를 보면, 청구법인은 3개의 사업본부(CEO, MD사업총괄, 의약사업총괄)와 1개 의학바이오연구소로 조직되어 있고, 그 조직별 담당업무는 CEO는 최고 의사결정권자로 법인 업무를 총괄하는 업무를, MD사업총괄은 수술용 봉합원사, 흡수성 지혈제, 미용성형제품 등 의료기기를 생산하여 국내 및 해외 시장에 판매하는 업무를 수행하는 것으로, 의약사업총괄은 항암제, 원료의약품, 패치, 경구제 등 의약품을 생산하여 국내 및 해외시장에 판매하는 업무를, 의학바이오연구소는 의약품 및 의약외 부품 분야의 연구활동 및 제품개발 활동 등의 업무를 수행하는 것으로 각각 기재되어 있으며, 청구법인이 이 건 건축물 중 기업부설연구소로 사용하는 부분은 지하 5~6층의 폐수처리시설(주식회사 OOO와 공용), 지상 4층(주식회사 OOO와 공용), 지상 5층의 의학바이오연구소(연구기획팀, 분석센터, 임상약리실, 의약PG 등)인 것으로, 본점사업용으로 사용하는 부분은 6층의 대표이사실, 임원실, 경영지원팀, 사업전략팀, MD마케팅팀 등(주식회사 OOO와 공용)인 것으로 나타난다. 이 건 건축물 중 세부 기업부설연구소 사용현황 및 면적은 다음의 ＜표2＞와 같다.   ＜표2＞ 이 건 건축물 중 기업부설연구소 사용현황    (다) 재무제표 등에 의하면 청구법인의 매출액은 전액 제품매출액이(2016사업연도 OOO원, 100%, 2017사업연도 OOO원, 100%)이고, 연구용역 등과 관련된 매출액은 없으며, 판매비와 관리비(2016사업연도 OOO원, 2017사업연도 OOO원) 중 경상연구개발비(2016사업연도 OOO원, 2017사업연도 OOO원)가 차지하는 비중이 2016사업연도에 26.3%, 2017사업연도에 25.4%에 달하는 것으로 나타난다.    (라) 청구법인이 이 건 건축물의 부속토지를 취득한 경위를 살펴보면 다음 ＜표3＞의 내용과 같다.   ＜표3＞ 청구법인이 이 건 토지를 취득한 현황    (마) OOO이 2017.4.6. 발급한 기업부설연구소 인정서에 의하면 연구소명은 주식회사 OOO 의약바이오연구소로, 주 소재지는 OOO로, 부 소재지는 OOO으로, 최초로 기업부설연구소 인정일자는 2011.10.21.인 것으로, 인정받은 면적은 지하 6층 270.39㎡, 지하 2층 1,117.53㎡, 지상 4층 771.73㎡, 지상 5층 2,435.80㎡ 합계 4,595.45㎡인 것으로 나타난다.    (바) 청구법인이 2015.12.1. 작성한 쟁점연구소와 관련한 보안지침 자료는 물리적 보안지침(주요내용 발췌)   ○ 제1조(목적) 본 지침은 회사의 출입질서를 확립하고 회사의 재산을 보호하기 위하여 인원, 차량, 물품 등의 출입관리에 관한 사항을 정하며 훼손. 변조, 도난, 유출 등의 다양한 형태의 침해 위협으로부터 회사의 사무실 및 전산실의 중요 자산을 물리적으로 보호하기 위해 필요한 사항을 정하는데 그 목적이 있다.   ○ 제10조(보안구역의 지정) 시설관리부서는 회사의 시설에 대한 보안 강화를 위해 다음과 같은 보안구역을 지정, 운영하여야 한다, 2. 통제구역 : 회사 내의 극히 중요환 구역으로 모든 출입자의 통제가 요구되는 구역 (예 : 전산실, 문서고, 연구실 등)   ○ 제12조(통제구역의 통제) 중요 자산이 위치한 통제구역의 보호를 위해 추가적인 물리적 통제를 시행한다 1. 통제구역 출입문에 통제구역임을 표시하여야 한다 2. 출입통제를 위해 별도의 출입통제시스템, 카드열쇠 또는 지문인식기 등 출입통제 장치를 설치, 운영한다. 5. 비 인가자의 통제구역 출입이 필요한 경우에는 해당 통제구역 책임자의 허가를 얻어야 하며, 별도의 출입대장을 작성하여야 한다.   다음과 같다.   (사) 청구법인이 제출한 쟁점연구소로 사용하는 4층의 2019.6.18. 06:16부터 08:29까지의 출입현황 자료를 보면, 위 시간대에 청구법인의 직원으로 보이는 OOO 등 26명이 입․출입한 것으로 나타난다.   (아) OOO이 2016.10.13. 발급한 폐수배출시설 설치 허가증을 보면, 사업장명은 주식회사 OOO, 사업장 소재지는 OOO으로, 폐수배출시설일일조업시간 및 연간가동일은 일일 8시간, 년 300일로, 수질오염방지시설 일일 가동시간 및 연간 가동일은 일일 24시간, 년 365일로, 폐수배출량은 일일 30㎡로 기재되어 있다.    (자) 청구법인이 합병으로 취득한 쟁점②토지에 대한 법인장부상 가액은 OOO원으로, 시가표준액은 OOO원으로 그 차액은 OOO원인 것으로 확인된다.   (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저, 쟁점①에 대하여 살펴본다.   「지방세법」제13조 제1항에서 「수도권정비계획법」제6조에 따른 과밀억제권역에서 대통령령으로 정하는 본점이나 주사무소의 사업용 부동산(본점이나 주사무소용 건축물을 신축하거나 증축하는 경우와 그 부속토지만 해당한다)을 취득하는 경우의 취득세율은 제11조 및 제12조의 세율에 중과기준세율의 100분의 200을 합한 세율을 적용한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제25조 법 제13조 제1항에서 "대통령령으로 정하는 본점이나 주사무소의 사업용 부동산"이란 법인의 본점 또는 주사무소의 사무소로 사용하는 부동산과 그 부대시설용 부동산(기숙사, 합숙소, 사택, 연수시설, 체육시설 등 복지후생시설과 예비군 병기고 및 탄약고는 제외한다)을 말한다고 규정하고 있다.   위의 규정에 따른 본점이란 법인의 중추적인 의사결정 등 주된 기능을 수행하는 장소를 말하고, 본점사업용 부동산에 해당하는지 여부는 법인의 목적사업의 특성과 그 수행방법, 법인의 경영활동에 필수적인 업무인 인사ㆍ기획, 재무 등의 활동이 이루어지는 장소, 주요 의사결정권자, 주요 의사결정과정 및 다른 사무소 등과의 업무상의 지휘감독체계 등을 종합하여 판단하여야 할 것(조심 2018지175, 2018.6.1. 외 다수, 같은 뜻임)이다.   처분청은 쟁점연구소가 취득세 중과대상인 본점사업용 부동산에 해당한다는 의견이나, 쟁점연구소는 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법령에 따라 연구인력 및 시설 등 요건을 갖추어 인정된 기업부설연구소로서 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」제14조의4 제1호, 같은 법 제14조의3 제1항 제7호에서 기업부설연구소등에 근무하는 자는 연구개발 활동과 관련된 업무 외에 생산ㆍ판매ㆍ영업 등의 기업활동과 관련된 다른 업무를 겸하지 않도록 규정하고 이를 위반하는 경우 기업부설연구소등의 인정을 취소할 수 있도록 하고 있어 기업부설연구소는 연구개발 활동만을 담당할 뿐 생산ㆍ판매ㆍ영업 등의 기업활동과 관련된 다른 업무를 겸하지 않는 것으로 보이는 점, 쟁점연구소는 위와 같이 본점과는 다른 기능을 하므로 본점 사무소의 부대시설로 보기도 어려운 점, 쟁점연구소 입․출입 현황에 따르면 대부분 쟁점연구소 소속 직원만이 이용하는 것으로 확인이 되는 점 등에 비추어, 쟁점연구소용 부동산은 관련 법령에 따라 기업의 연구활동만을 전담하는 장소로서 법인의 주된 의사결정을 하는 장소 등을 의미하는 본점 사업용 부동산에 해당하는 것으로 보기는 어려우므로 처분청이 쟁점연구소용 부동산에 대하여 중과세율 적용을 배제해달라는 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.    (3) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 처분청은 쟁점면적이 이 건 건축물 중 공용부분에 해당하므로 업무용 부분과 기업부설연구소 부분으로 안분하여 과세하는 것이 타당하다고 주장하나, 기업부설연구소로 인정받은 면적뿐만 아니라 연구소의 정상적인 이용을 위해 필요한 공용부분도 취득세 감면대상인 기업부설연구소에 해당한다 할 것(조심 2016지191, 2016.6.13. 같은 뜻 임)인 점, 이 건 건축물 중 4층 복도와 지하 5․6층 부분도 기업부설연구소로 인정을 받은 쟁점연구소와 일체를 이루는 종물로서 쟁점연구소의 정상적인 이용을 위해 필요한 필수시설로 보이는 점, 폐수배출시설 설치 허가증을 보면, 쟁점연구소 중 지하 5․6층 폐수처리시설 부분은 쟁점연구소에서 배출되는 폐수만을 처리하는 것으로 보이는 점 등에 비추어, 쟁점면적도 기업부설연구소의 부속시설로 보이므로 처분청이 이 건 경정청구 중 쟁점면적에 대한 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.    (4) 다음으로 쟁점③․④에 대하여 살피건대, 청구법인은 이 건 건축물 부속토지의 일부인 쟁점①토지를 취득한 후 5년을 경과하여 본점 사업용으로 사용하였으므로 중과세율 적용대상이 아니라고 주장하나, 청구법인은 2011.11.3. 등에 쟁점①토지를 취득한 후 그로부터 5년 이내인 2016.4.18. 그 지상에 이 건 건축물을 신축하여 일부를 본점으로 사용한 사실이 확인되는 점, 청구법인은 이 건 건축물의 부속토지 일부인 쟁점②토지를 무상으로 취득(법인합병) 하였으므로 취득세 과세표준은 시가표준액이 되어야 한다고 주장하나 쟁점②토지를 합병으로 인하여 취득했는지 여부가 명확하지 아니하고 청구법인은 쟁점②토지의 취득가격을 OOO원으로 신고한 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다.     4. 결 론   이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 ｢지방세기본법」제96조 제6항, ｢국세기본법」제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.                         ＜별지＞ 관련 법령    (1) 지방세특례제한법(2016.12.27. 법률 14477호로 개정되기 전의 것)   제46조(연구개발 지원을 위한 감면) ① 대통령령으로 정하는 기업부설연구소에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(부속토지는 건축물 바닥면적의 7배 이내인 것으로 한정한다. 이하 이 조에서 같다)에 대해서는 취득세의 100분의 50을, 과세기준일 현재 기업부설연구소에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 100분의 50을 2016년 12월 31일까지 각각 경감한다. ③ 제1항에도 불구하고「중소기업기본법」제2조 제1항에 따른 중소기업(이하 이 장에서 "중소기업"이라 한다)이 기업부설연구소에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 l00분의 75를, 과세기준일 현재 기업부설연구소에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 100분의 75를 각각 2016년 12월 31일까지 경감한다.    (2) 지방세법   제10조(과세표준) ① 취득세의 과세표준은 취득 당시의 가액으로 한다. 다만, 연부(年賦)로 취득하는 경우에는 연부금액(매회 사실상 지급되는 금액을 말하며, 취득금액에 포함되는 계약보증금을 포함한다. 이하 이 절에서 같다)으로 한다. ② 제1항에 따른 취득 당시의 가액은 취득자가 신고한 가액으로 한다. 다만, 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 그 신고가액이 제4조에서 정하는 시가표준액보다 적을 때에는 그 시가표준액으로 한다. ⑤ 다음 각 호의 취득(증여·기부, 그 밖의 무상취득 및 「소득세법」제101조 제1항 또는「법인세법」제52조 제1항에 따른 거래로 인한 취득은 제외한다)에 대하여는 제2항 단서 및 제3항 후단에도 불구하고 사실상의 취득가격 또는 연부금액을 과세표준으로 한다. 1. 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합으로부터의 취득 2. 외국으로부터의 수입에 의한 취득 3. 판결문·법인장부 중 대통령령으로 정하는 것에 따라 취득가격이 증명되는 취득 4. 공매방법에 의한 취득 5.「부동산 거래신고 등에 관한 법률」제3조에 따른 신고서를 제출하여 같은 법 제5조에 따라 검증이 이루어진 취득   제13조(과밀억제권역 안 취득 등 중과) ①「수도권정비계획법」제6조에 따른 과밀억제권역에서 대통령령으로 정하는 본점이나 주사무소의 사업용 부동산(본점이나 주사무소용 건축물을 신축하거나 증축하는 경우와 그 부속토지만 해당한다)을 취득하는 경우와 같은 조에 따른 과밀억제권역(「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」을 적용받는 산업단지·유치지역 및「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」을 적용받는 공업지역은 제외한다)에서 공장을 신설하거나 증설하기 위하여 사업용 과세물건을 취득하는 경우의 취득세율은 제11조 및 제12조의 세율에 중과기준세율의 100분의 200을 합한 세율을 적용한다. ② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산을 취득하는 경우의 취득세는 제11조제1항의 표준세율의 100분의 300에서 중과기준세율의 100분의 200을 뺀 세율을 적용한다. 다만, 제11조제1항제8호에 해당하는 주택을 취득하는 경우의 취득세는 같은 조 제1항의 표준세율과 중과기준세율의 100분의 200을 합한 세율을 적용하고, 「수도권정비계획법」제6조에 따른 과밀억제권역(「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」을 적용받는 산업단지는 제외한다. 이하 이 조 및 제28조에서 "대도시"라 한다)에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령으로 정하는 업종(이하 이 조에서 "대도시 중과 제외 업종"이라 한다)에 직접 사용할 목적으로 부동산을 취득하거나, 법인이 사원에 대한 분양 또는 임대용으로 직접 사용할 목적으로 대통령령으로 정하는 주거용 부동산(이하 이 조에서 "사원주거용 목적 부동산"이라 한다)을 취득하는 경우의 취득세는 제11조에 따른 해당 세율을 적용한다. 1. 대도시에서 법인을 설립[대통령령으로 정하는 휴면(休眠)법인(이하 "휴면법인"이라 한다)을 인수하는 경우를 포함한다. 이하 이 호에서 같다]하거나 지점 또는 분사무소를 설치하는 경우 및 법인의 본점ㆍ주사무소ㆍ지점 또는 분사무소를 대도시 밖에서 대도시로 전입(「수도권정비계획법」제2조에 따른 수도권의 경우에는 서울특별시 외의 지역에서 서울특별시로의 전입도 대도시로의 전입으로 본다. 이하 이 항 및 제28조제2항에서 같다)함에 따라 대도시의 부동산을 취득(그 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후의 부동산 취득을 포함한다)하는 경우 2. 대도시(「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」을 적용받는 유치지역 및 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」을 적용받는 공업지역은 제외한다)에서 공장을 신설하거나 증설함에 따라 부동산을 취득하는 경우   제16조(세율 적용) ① 토지나 건축물을 취득한 후 5년 이내에 해당 토지나 건축물이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하게 된 경우에는 해당 각 호에서 인용한 조항에 규정된 세율을 적용하여 취득세를 추징한다. 1. 제13조제1항에 따른 본점이나 주사무소의 사업용 부동산(본점 또는 주사무소용 건축물을 신축하거나 증축하는 경우와 그 부속토지만 해당한다)    (3) 지방세법 시행령(2010.12.30. 대통령령 제22586호로 개정된 것)   제18조(취득가격의 범위 등) ① 법 제10조 제5항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 취득가격 또는 연부금액은 취득시기를 기준으로 그 이전에 해당 물건을 취득하기 위하여 거래 상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 직접비용과 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 간접비용의 합계액으로 한다. 다만, 취득대금을 일시급 등으로 지급하여 일정액을 할인받은 경우에는 그 할인된 금액으로 한다. 1. 건설자금에 충당한 차입금의 이자 또는 이와 유사한 금융비용 2. 할부 또는 연부(年賦) 계약에 따른 이자 상당액 및 연체료. 다만, 법인이 아닌 자가 취득하는 경우는 취득가격에서 제외한다. 3.「농지법」에 따른 농지보전부담금,「산지관리법」에 따른 대체산림자원조성비 등 관계 법령에 따라 의무적으로 부담하는 비용 4. 취득에 필요한 용역을 제공받은 대가로 지급하는 용역비ㆍ수수료 5. 취득대금 외에 당사자의 약정에 따른 취득자 조건 부담액과 채무인수액 6. 부동산을 취득하는 경우「주택도시기금법」제8조에 따라 매입한 국민주택채권을 해당 부동산의 취득 이전에 양도함으로써 발생하는 매각차손. 이 경우 행정자치부령으로 정하는 금융회사 등(이하 이 조에서 "금융회사등"이라 한다) 외의 자에게 양도한 경우에는 동일한 날에 금융회사등에 양도하였을 경우 발생하는 매각차손을 한도로 한다. 7. 제1호부터 제6호까지의 비용에 준하는 비용   제25조(본점 또는 주사무소의 사업용 부동산) 법 제13조 제1항에서 "대통령령으로 정하는 본점이나 주사무소의 사업용 부동산"이란 법인의 본점 또는 주사무소의 사무소로 사용하는 부동산과 그 부대시설용 부동산(기숙사, 합숙소, 사택, 연수시설, 체육시설 등 복지후생시설과 예비군 병기고 및 탄약고는 제외한다)을 말한다.   제27조(대도시 부동산 취득의 중과세 범위와 적용기준) ③ 법 제13조 제2항 제1호에 따른 대도시에서의 법인 설립, 지점·분사무소 설치 및 법인의 본점·주사무소·지점·분사무소의 대도시 전입에 따른 부동산 취득은 해당 법인 또는 행정안전부령으로 정하는 사무소 또는 사업장(이하 이 항에서 "사무소등"이라 한다)이 그 설립·설치·전입(수도권의 경우 서울특별시 외의 지역에서 서울특별시로의 전입은 대도시로의 전입으로 본다. 이하 이 조에서 같다) 이전에 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 용도로 직접 사용하기 위한 부동산 취득(채권을 보전하거나 행사할 목적으로 하는 부동산 취득은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)으로 하고, 같은 호에 따른 그 설립·설치·전입 이후의 부동산 취득은 법인 또는 사무소등이 설립·설치·전입 이후 5년 이내에 하는 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용의 모든 부동산 취득으로 한다. 이 경우 부동산 취득에는 공장의 신설·증설, 공장의 승계취득, 해당 대도시에서의 공장 이전 및 공장의 업종변경에 따르는 부동산 취득을 포함한다.    (4) 조세특례제한법(2011.12.31. 법률 11133호로 개정되기 전의 것)   제120조(취득세의 면제 등) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재산의 취득에 대하여는 취득세를 면제(제9호 및 제17호의 경우에는 100분의 50을 감면)한다. 이 경우「지방세법」제13조 제2항 본문 및 제3항의 세율을 적용하지 아니한다. 6.「법인세법」제46조 제2항 각 호(물적분할인 경우에는 같은 법 제47조제1항)의 요건을 갖춘 분할로 인하여 취득하는 재산. 다만, 「법인세법」제46조의3 제3항(물적분할의 경우에는 같은 법 제47조 제3항) 각 호의 사유가 발생하는 경우(같은 항 각 호 외의 부분 단서에 해당하는 경우는 제외한다)에는 감면받은 취득세를 추징한다. ② 대통령령으로 정하는 합병에 따라 양수하는 재산을 2014년 12월 31일까지 취득하는 경우에는 「지방세법」제15조제1항에 따라 산출한 취득세를 면제한다. 다만, 해당 재산이 「지방세법」제15조제1항제3호 단서에 해당하는 경우에는 다음 각 호에서 정하는 금액을 빼고 산출한 취득세를 면제한다. 1.「지방세법」제13조제1항에 따른 취득 재산에 대하여는 같은 조에 따른 중과기준세율(이하 "중과기준세율"이라 한다)에서 100분의 300의 세율을 적용하여 산정한 금액 2.「지방세법」제13조제5항에 따른 취득 재산에 대하여는 중과기준세율에서 100분의 500의 세율을 적용하여 산정한 금액

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981	[기각] 이 건 자동차의 이전등록일을 기준으로 일할계산하여 자...	Tax	2157	2016-03-05

980	(기각)재산세가 경감되는 감면토지의 감면비율 외 부분을 별도합...	Tax	2147	2020-11-24

979	(기각)이 건 주차장의 수선을 「지방세법」 제6조 제6호 나목에 ...	Tax	2135	2021-01-18

978	(경정)청구법인이 지급한 ① 쟁점이자(건설자금이자), ② 쟁점지...	Tax	2074	2020-05-12

☞	(경정)① 이 건 쟁점연구소가 본점사업용 부동산인지 여부 ② ...	Tax	2054	2020-09-20

976	(기각)외국법인 소유 항공기를 외국 리스회사와 운영리스계약을 ...	Tax	2036	2020-10-23

975	(기각)쟁점유치원이 주민세 감면대상이 아닌 것으로 보아 주민세...	Tax	2017	2021-01-18

974	(기각)①이 건 제①등록면허세 부과처분에 대한 심판청구가 적법...	Tax	1990	2020-12-06

973	(기각)청구법인이 쟁점항공기에 대하여 운용리스계약에 따라 수입...	Tax	1987	2020-11-24

972	(기각)원인무효의 등기로서 말소등기 이행판결이 확정되었으나 그...	Tax	1987	2020-09-26

971	(기각)창업중소기업이 취득한 사업용 부동산으로서 취득세 감면대...	Tax	1985	2021-01-18

970	(기각)건축 중인 상가를 분양받은 경우 분양계약을 체결한 때를...	Tax	1968	2021-01-18

969	(기각)청구법인의 쟁점공장 매각행위를 합병법인이 피합병법인으...	Tax	1948	2021-01-18