(기각)이 건 부칙의 일반적 경과조치를 근거로, 개정 전「지방세법」의 적용을 전제로 하여「조세특례제한법」상 지방이전에 따른 법인세 감면 규정을 적용할 수 있는지 여부

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(기각)이 건 부칙의 일반적 경과조치를 근거로, 개정 전「지방세법」의 적용을 전제로 하여「조세특례제한법」상 지방이전에 따른 법인세 감면 규정을 적용할 수 있는지 여부

작성자: Tax

조회: 2150 등록일: 2021-02-10

조심2020지3772, 2021.1.20.  (세목) 지방소득세  (결정유형)  기각 【결정요지】이 건 부칙 제15조의 일반적 경과조치는 지방세법령에 명시적으로 규정한 내용에 한하여 그 효력이 미치는 것인데, 2014.1.1. 개정 전 지방세법령에서 법인세 감면에 관하여 별도로 규정한 바가 없으므로 법인세 감면에 따라 지방소득세가 감소되었다 하더라도 이를 일반적 경과 조치의 적용대상이라고 볼 수는 없는 점 등에 비추어 처분청들이 이 건 지방소득세 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단됨 【관련법령】 지방세법 부칙 제15조 【주  문】 심판청구를 기각한다. 【이  유】 1. 처분개요   가. 청구법인은「지방세법」(2014.1.1. 법률 제12153호로 개정된 것, 이하 같다) 제103조의19, 제103조의20 및 제103조의22에 따라 2014년도 법인지방소득세 OOO(이하 “이 건 지방소득세”라 한다)을 신고․납부하였다.   나. 청구법인은 본사를 수도권 밖으로 이전하여「조세특례제한법」제63조의2 제2항 제2호에 따라 2014년도 귀속 법인세 OOO을 감면받았으므로 2014년도 법인지방소득세 과세표준에서 법인세 감면세액을 차감하여야 한다는 취지로, 2020.4.30. 처분청에 지방소득세 OOO(이하 “쟁점세액”이라 한다)의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 처분청은 2020.6.23. 이를 거부하였다.   다. 청구법인은 이에 불복하여 2020.9.3. 심판청구를 하였다.     2. 청구법인 주장 및 처분청 의견   가. 청구법인 주장   2014.1.1. 법률 제12153호로「지방세법」이 개정되기 전까지는 청구법인이 신고․납부한 법인세가 법인지방소득세의 과세표준이 되는 것이므로 청구법인과 같이「조세특례제한법」제63조의2에 따라 법인세를 감면받은 경우 감면받은 법인세만큼 법인지방소득세의 과세표준이 감소하여 이에 따른 법인지방소득세도 감면의 효과를 보게 되는 것이고, 2014.1.1. 개정된「지방세법」부칙 제15조(이하 “이 건 부칙”이라 한다)에서 “종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다”고 규정하고 있는바, 이 건 지방소득세에서 법인세를 감면받음에 따라 감소하게 되는 쟁점세액을 차감하는 것이 타당함에도 처분청이 지방세법령에 관련 규정이 없다는 이유만으로 이를 거부한 처분은 부당하다.   나. 처분청 의견   2014.1.1.이전에는「지방세법」상 법인지방소득세가 법인세액을 과세표준으로 하고 10%의 세율을 적용하여 산출되었으므로, 감면세액이 적용된 법인세액을 과세표준으로 하여 법인지방소득세가 산출되어 법인지방소득세에서도 이에 대한 반사적 효과를 보았을 뿐 이는 지방세법령상 법인지방소득세 세액공제 관련 규정에 따른 법률효과는 아니었고, 이 건 부칙에서 종전규정의 적용대상으로 규정한 ‘종전의 법령에 따라 감면 또는 부과되어야 할 지방세’에 해당한다고 보기 어려우므로 처분청이 쟁점세액의 환급을 구하는 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.     3. 심리 및 판단   가. 쟁점   이 건 부칙의 일반적 경과조치를 근거로, 개정 전「지방세법」의 적용을 전제로 하여「조세특례제한법」상 지방이전에 따른 법인세 감면 규정을 적용할 수 있는지 여부   나. 관련 법률 등 : ＜별지＞ 기재   다. 사실관계 및 판단   (1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다.   (가) 청구법인은「조세특례제한법」제63조의2 제2항 제2호에 따라 2014년도 귀속 법인세 OOO감면받았으므로 2014년도 법인지방소득세 과세표준에서 법인세 감면세액을 차감하여야 한다고 주장한다.   (나) 2014.1.1. 법률 제12153호로 개정된「지방세법」의 개정이유에는 “소득세 및 법인세의 부가세 형태로 부과ㆍ징수하고 있는 지방소득세를 독립세 방식으로 전환함으로써 지방자치단체의 자주재원을 확충하고 지역경제의 발전을 지방세수의 신장과 연계”하기 위한 것으로 기재되어 있다.   (다) 개정「지방세법」이 발의되었을 당시 국회 행정안전위원회 전문위원이 작성한 검토보고서에 의하면, “구 지방세법 하에서 법인세 세액공제 및 감면에 연동하여 부가적으로 법인지방소득세도 세액공제ㆍ감면을 받았으나,「지방세법」의 개정으로 더 이상 이와 같은 혜택이 유지되지 않는다. 법률 개정안이 지방소득세를 부가세에서 독립세 방식으로 전환하였으므로, 지방소득세에 대한 특례조항을 별도로 규정할 필요가 있어 개정안은 개인지방소득세에 관한 세액공제 등에 대하여는 새로이「지방세특례제한법」등에 옮겨 규정하였던 반면, 법인지방소득세에 관한 특례조항은 배제함으로써 법인에 대한 지방소득세의 과세를 강화하였다”고 기재되어 있다.   (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 2014.1.1. 종전 지방소득세 법인세분을 법인지방소득세로 개정한 취지가 법인세에 대한 세액공제를 배제하여 법인소득에 대한 지방세 과세를 강화하고자 하는데 있는 점, 2014.1.1. 개정 전「지방세법」상 법인지방소득세의 산정방식이 법인세액을 법인지방소득세 과세표준으로 삼았던 결과 법인지방소득세 산출시 법인세 감면에 따른 세액감소 효과를 보았던 것으로 이는 일종의 반사이익에 불과한 점, 이 건 부칙 제15조의 일반적 경과조치는 지방세법령에 명시적으로 규정한 내용에 한하여 그 효력이 미치는 것인데, 2014.1.1. 개정 전 지방세법령에서 법인세 감면에 관하여 별도로 규정한 바가 없으므로 법인세 감면에 따라 지방소득세가 감소되었다 하더라도 이를 일반적 경과 조치의 적용대상이라고 볼 수는 없는 점 등에 비추어 처분청이 이 건 지방소득세 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.     4. 결 론   이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「지방세 기본법」제96조 제6항,「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.                                 ＜별지＞ 관련 법률 등    (1) 지방세법(2014.1.1. 법률 제12153호로 개정되기 전의 것)   제91조[신고납부] ① 법인세분의 납세의무자(연결집단의 경우에는 연결모법인을 말한다. 이하 같다)는 제89조에 따라 산출한 세액(이하 이 조에서 “산출세액”이라 한다)을 제87조 제2항 및 대통령령으로 정하는 바에 따라 각 연결법인 또는 법인의 각 사업장 소재지 관할 지방자치단체별로 안분계산하여 해당 사업연도 종료일부터 4개월(연결법인의 경우에는 해당 연결사업연도 종료일부터 5개월,「법인세법」또는「국세기본법」에 따라 세액이 결정되거나 경정되는 경우에는 그 고지서의 납부기한, 신고기한을 연장하는 경우에는 그 연장된 신고기간의 만료일, 수정신고를 하는 경우에는 그 신고일부터 각각 1개월) 내에 관할 지방자치단체의 장에게 신고하고 납부하여야 한다. 다만, 경정 또는 수정신고로 인하여 사업연도별로 추가납부 또는 환급되는 총세액이 당초에 결정 또는 신고한 세액의 100분의 10에 미달할 때에는 귀속사업연도에도 불구하고 경정고지일 또는 수정신고일이 속하는 사업연도분 법인세분에 가감하여 신고하고 납부할 수 있으며, 이 경우에는「지방세기본법」제77조를 적용하지 아니한다.   제94조[소득분의 계산방법] ① 소득분은「소득세법」과「법인세법」에 따라 신고하거나 결정·경정된 소득세 및 법인세(원천징수된 소득세 및 법인세를 포함한다)로서 납세의무자가 납부하여야 할 세액의 총액에 제89조 제1항의 세율을 적용하여 계산한다. 다만, 제87조 제1항부터 제3항까지의 규정에 따라 부과된 세액은 공제한다    (2) 지방세법(2014.1.1. 법률 제12153호로 개정된 것)   제103조의19[과세표준] 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 과세표준은「법인세법」제13조에 따라 계산한 금액(「조세특례제한법」및 다른 법률에 따라 과세표준 산정에 관련한 조세감면 또는 중과세 등의 조세특례가 적용되는 경우에는 이에 따라 계산한 법인세의 과세표준)과 동일한 금액으로 한다.   제103조의22[세액공제 및 세액감면] ① 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 세액공제 및 세액감면에 관한 사항은「지방세특례제한법」에서 정한다. 이 경우 공제 및 감면되는 세액은 법인지방소득세 산출세액(제103조의31에 따른 토지 등 양도소득에 대한 법인지방소득세 세액을 제외한 법인지방소득세 산출세액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)에서 공제한다. ② 제1항에 따른 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 공제세액 또는 감면세액이 법인지방소득세 산출세액을 초과하는 경우에는 그 초과금액은 없는 것으로 한다.    (3) 지방세법 부칙(2014.1.1. 법률 제12153호로 개정된 것)   제15조[일반적 경과조치] 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다.    (4) 조세특례제한법   제63조의2[법인의 공장 및 본사를 수도권 밖으로 이전하는 경우 법인세 등 감면] ① 다음 각 호의 요건을 갖춘 법인(이하 이 조에서 “지방이전법인”이라 한다)은 제2항부터 제4항까지의 규정에 따라 법인세를 감면받을 수 있다. 다만, 대통령령으로 정하는 부동산업, 건설업, 소비성서비스업, 무점포판매업 및 해운중개업을 경영하는 법인의 경우에는 그러하지 아니하다. 1. 수도권과밀억제권역에 3년 이상 계속하여 공장시설을 갖추고 사업을 하거나 3년 이상 계속하여 본점 또는 주사무소(이하 이 조에서 “본사”라 한다)를 둔 법인일 것 2. 공장시설의 전부 또는 본사를 수도권 밖(공장시설을 광역시로 이전하는 경우에는「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따른 산업단지만 해당한다. 이하 이 조에서 같다)으로 대통령령으로 정하는 바에 따라 2020년 12월 31일까지 이전하여 사업을 개시하거나, 수도권 밖에 2023년 12월 31일까지 공장 또는 본사를 신축하여 사업을 개시할 것(공장 또는 본사의 부지를 2020년 12월 31일까지 보유하고 2020년 12월 31일이 속하는 과세연도의 과세표준신고를 할 때 이전계획서를 제출하는 경우만 해당한다) ② 지방이전법인은 제1호부터 제3호까지의 소득(지방이전 후 합병·분할·현물출자 또는 사업의 양수를 통하여 사업을 승계하는 경우 승계한 사업장에서 발생한 소득은 제외한다)에 대하여 이전일 이후 지방이전법인에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(이전일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 소득이 발생하지 아니한 경우에는 이전일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)와 그 다음 과세연도의 개시일부터 6년(수도권 외 지역에 소재하는 광역시 및 대통령령으로 정하는 지역으로 이전하는 경우에는 4년) 이내에 끝나는 과세연도까지는 법인세의 전액을, 그 다음 3년(수도권 외 지역에 소재하는 광역시 및 대통령령으로 정하는 지역으로 이전하는 경우에는 2년) 이내에 끝나는 과세연도에는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 1. 공장을 이전한 경우에는 그 공장에서 발생하는 소득 2. 본사를 이전한 경우에는 과세연도별로 가목의 금액에 다목의 비율과 라목의 비율을 곱하여 산출한 금액에 상당하는 소득 가. 해당 과세연도의 과세표준에서 토지·건물 및 부동산을 취득할 수 있는 권리의 양도차익 및 대통령령으로 정하는 소득을 뺀 금액 다. 해당 과세연도의 수도권 밖으로 이전한 본사(이하 이 조에서 “이전본사”라 한다) 근무인원이 법인전체 근무인원에서 차지하는 비율  라. 해당 과세연도의 전체 매출액에서 대통령령으로 정하는 위탁가공무역에서 발생하는 매출액을 뺀 금액이 해당 과세연도의 전체 매출액에서 차지하는 비율

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