(경정)청구법인을 「지방세특례제한법」제45조 제1항에서 규정한 과학기술진흥단체로 볼 수 있는지 여부

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(경정)청구법인을 「지방세특례제한법」제45조 제1항에서 규정한 과학기술진흥단체로 볼 수 있는지 여부

작성자: Tax

조회: 1201 등록일: 2020-09-26

조심2019지3575, 2020.8.26.  (세목) 재산세  (결정유형)  경정 【결정요지】청구법인은 1978.4.19. 정부(구 건설부장관)로부터 허가를 받아 설립된 점, 국토교통부장관은 2020.2.20. 청구법인이 건설기술 인력의 기술능력 향상에 기여하고 있는 과학기술진흥단체에 해당한다고 회신한 점 등에 비추어, 이 건 부동산은 과학기술진흥단체인 청구법인이 고유 업무에 직접 사용하는 부동산으로서 재산세 면제대상으로 보는 것이 타당하므로 처분청이 이 건 재산세를 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단됨 【관련법령】 「지방세특례제한법」제45조 제1항 【주  문】 OOO구청장이 2019.7.17., 2019.9.16. 청구법인에게 한 재산세 OOO, 지역자원시설세 OOO, 지방교육세 OOO 합계 OOO의 부과처분은 OOO외 4필지 토지 64,798.3㎡ 및 건축물 21,500.5㎡에 대한 재산세 및 지방교육세를 면제하는 것으로 하여 그 세액을 경정한다. 【이  유】 1. 처분개요   가. 처분청은 2019년도 재산세 과세기준일(6.1.) 현재 청구법인이 소유하고 있는 OOO 외 4필지 토지 64,798.3㎡ 및 건축물 21,500.5㎡(이하 “이 건 부동산”이라 한다)에 대하여 아래＜표1＞과 같이 산출한 재산세 등 OOO(이하 “이 건 재산세 등”이라 한다)을 2019.7.17. 및 2019.9.16. 청구법인에게 부과ㆍ고지하였다.         OOO 나. 청구법인은 이에 불복하여 2019.9.30. 심판청구를 제기하였다.     2. 청구법인 주장 및 처분청 의견   가. 청구법인 주장   (1) 청구법인은 1978.4.19. 국가기간산업인 건설업의 기술개발을 촉진하고 그에 필요한 인력 양성을 목적사업으로 하여 건설부장관의 허가를 받아 설립된 재단법인으로 설립 목적, 근거 법령, 활동 내역 및 예산 사용실적 등을 보면, 청구법인은「지방세특례제한법」(2020.1.15. 법률 제16865호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제45조 제1항에서 규정한 과학기술진흥단체로서 청구법인이 그 고유 업무에 직접 사용하는 이 건 부동산은 재산세 면제대상이다.   (2) 청구법인은 건설기술교육과 관련된 연구 논문을 정기적으로 발표하고 있을 뿐만 아니라 2010년도부터 2018년도까지 건설기술전문인력 약 48만명을 대상으로 건설관련 각종 교육ㆍ훈련을 실시하였고, 현재도 건설전문인력의 능력향상을 위하여 산ㆍ학ㆍ연 공동으로 연구를 진행하고 있으며, 청구법인은 2008년부터 2018년까지 총 지출예산 OOO 중 OOO(78.27%)을 건설기술진흥사업에 사용하였고, 나머지 158억원(21.73%)만 일반경비로 사용하였음을 볼 때, 청구법인은 당연히 과학기술진흥단체에 해당된다 할 것인바, 건설기술진흥사업을 수행하는 청구법인이 고유 업무에 직접 사용하고 있는 이 건 부동산은「지방세특례제한법」제45조 제1항에 따른 재산세 면제대상이라 할 것임에도 처분청이 청구법인의 정관 등에 과학기술진흥 등이 구체적으로 명시되지 않았다는 사유 등으로 청구법인을 과학기술진흥단체가 아니라고 보아 이 건 재산세 등을 부과한 처분은 부당하다.   (3) 조세심판원의 선 결정례 등을 보면, 해당 산업의 전문인력 양성과 교육·훈련을 주요사업 중 하나로 하고 있는 재단법인 대구기계부품연구원, 중소기업정보화경영원, 재단법인 자동차융합기술원 등을 과학기술진흥단체라고 결정하고 있으므로 그 설립 목적과 수행 사업이 유사한 청구법인도 과학기술진흥단체로 보는 것이 타당하다.   나. 처분청 의견   (1) 청구법인의 2018년도 지출예산을 보면, 총 지출액 OOO 중 연구관련 예산은 OOO으로 전체 예산의 3.8%에 불과하고 나머지 대부분은 교육훈련 관련 예산으로 나타나고 있으며, 청구법인의 홈페이지에도 청구법인을 건설기술인력 관련 최우수 교육훈련기관으로 홍보하고 있을 뿐만 아니라 청구법인의 조직도를 보더라도 연구관련부서는 보이지 않고 교육훈련부서만 있는 것으로 보아, 청구법인은 연구 개발 등을 목적으로 하는 과학기술진흥단체가 아니라 일종의 평생교육단체라고 할 것인데 청구법인은 주무관청에 평생교육단체로 등록하지 않았는바, 처분청이 이 건 부동산에 대하여 재산세 등을 부과한 처분은 정당하다.   (2) 청구법인은 그 설립 목적이 재단법인 OOO기계부품연구원 등과 유사하므로 과학기술진흥단체에 해당된다고 주장하나, OOO기계부품연구원은 2014년도 예산 중 약 75% 이상을 “상용차핵심부품산업육성 구축 사업비(상용차 부품 주행시험장 구축 목적)” 및 “수탁과제 사업비(연구비)”로 사용하고 있음을 알 수 있고, 그 부서도 연구개발본부, 시험평가본부, 첨단공구사업단으로 구성되어 그 주된 사업이 기술개발 및 솔루션 제공 등으로 확인되어 과학기술진흥단체로 인정받았는바, 건설기술자 등에 대한 교육훈련을 주로 하는 청구법인과는 그 설립 목적 및 주요 사업이 다르다 할 것이므로 청구법인이 과학기술진흥단체에 해당된다는 청구주장은 받아들이기 어렵다고 할 것이다.     3. 심리 및 판단   가. 쟁점   청구법인을「지방세특례제한법」제45조 제1항에서 규정한 과학기술진흥단체로 볼 수 있는지 여부   나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재   다. 사실관계 및 판단    (1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다.   (가) 청구법인은 1978.4.19.「민법」제32조에 따라 구 건설부장관으로부터 허가를 받아 설립된 재단법인으로 국가기간산업의 기술개발을 촉진하고 그에 필요한 인력양성을 위한 교육사업(위탁교육 등을 포함한다)을 대행함으로써 산업발전에 기여함을 그 설립목적으로 하고 있다.   (나) 국토교통부장관(건설정책국 기술정책과)은 2011.5.16. 청구법인을 건설기술, 건설감리 및 품질관리에 대한 기본교육 및 전문교육을 수행할 수 있는 종합교육기관으로 지정하였으며, 그 수행 사업 및 지난 5개년 간 연도별 교육 실적 등은 아래 ＜표2․3＞과 같다.               OOO (다) 청구법인이 제출한 연구실적 자료에 의하면, 청구법인은 2013년부터 2019년까지 청구법인 소속의 교원 또는 한국건설산업연구원 등에 건설기술 관련 연구용역을 의뢰하고 OOO을 연구용역비로 지급하였으나, 연구용역비를 가장 많이 지급한 2018년의 경우에도 그 비용은 OOO으로 전체 예산OOO의 3.8%에 불과한 것으로 나타난다.    (라) 청구법인은 2017년 9월 기술연구소를 폐지한 후 현재는 3개 본부(경영지원, 교육, 능력개발)체제로 운영하고 있으나 전임교수실과 경영기획실에서 기술연구소의 역할을 각각 수행하고 있으므로 연구 개발 업무는 여전히 청구법인의 주요 업무에 해당한다고 주장한다.   (마) 청구법인이 제출한 국토교통부의 질의회신(기술정책과-827, 2020.2.20.)에는 청구법인이 국토교통부의 관리ㆍ감독 하에 건설기술을 보급ㆍ지원하여 건설기술 인력의 기술능력향상에 기여하고 있고,「건설기술진흥법」제3조에 따라 수립하는 건설기술진흥 기본계획에도 “건설기술인력의 수급ㆍ활용 및 기술능력의 향상”이 포함되어 있음을 볼 때, 청구법인은 과학기술진흥단체로 보는 것이 타당하다는 취지로 기재되어 있다.   (바) 처분청은 이 건 부동산을「지방세특례제한법」제44조 제1항에서 규정한 평생교육시설 보아 2018년도까지 이 건 부동산(강의실, 기숙사, 식당, 도서관 등)에 대하여 재산세 등을 면제하였으나, 청구법인이 이 건 부동산을「평생교육법」에 따른 평생교육시설로 등록하지 않은 사실을 확인하고 2019년도부터는 이 건 부동산을 재산세 과세대상으로 구분하여 이 건 재산세 등을 부과․고지하였다.   (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.   (가)「지방세특례제한법」제45조 제1항에서 대통령령으로 정하는 학술연구단체ㆍ장학단체ㆍ과학기술진흥단체가 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를, 과세기준일 현재 그 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세(「지방세법」제112조에 따른 부과액을 포함한다) 및「지방세법」제146조 제2항에 따른 지역자원시설세(학술연구단체ㆍ장학단체의 경우에만 해당한다)를 각각 2019년 12월 31일까지 면제한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제22조에서 법 제45조 제1항 본문에서 “대통령령으로 정하는 학술연구단체ㆍ장학단체ㆍ과학기술진흥단체"란 정부로부터 허가 또는 인가를 받거나「민법」외의 법률에 따라 설립되거나 그 적용을 받는 학술연구단체ㆍ장학단체ㆍ과학기술진흥단체를 말한다고 규정하고 있다.   또한,「과학기술진흥법」(2001.1.16. 법률 제6353호로 폐지된 것) 제3조 제1항에서 과학기술부장관은 중·장기경제사회발전계획의 일환으로 다음 각 호의 계획이 포함된 과학기술진흥종합계획을 관계중앙행정기관의 장과의 협의와 제5조의 규정에 의한 종합과학기술심의회의 심의를 거쳐 수립하고, 그 시행에 따른 업무를 종합조정·관리한다고 규정하면서 그 제1호에서 과학기술연구개발계획을, 그 제2호에서 과학기술인력개발계획을 규정하고 있고,「과학기술진흥법」이 폐지되면서 제정된「과학기술기본법」제7조 제2항에서 과학기술정보통신부장관은 5년마다 제1항에 따른 과학기술발전에 관한 중ㆍ장기 정책목표와 방향을 반영하고 관계 중앙행정기관의 과학기술 관련 계획과 시책 등을 종합하여 과학기술기본계획을 세우고 과학기술자문회의의 심의를 거쳐 확정하여야 한다고 규정하고 있으며, 같은 조 제3항에서 기본계획에는 다음 각 호의 사항이 포함되어야 한다고 규정하면서 그 제9호에서 과학기술인력의 양성 및 활용 증진을 규정하고 있고, 같은 법 제23조 제1항에서 정부는 과학기술의 변화와 발전에 대응할 수 있도록 창의력 있고 다양한 재능을 가진 과학기술 인력자원을 양성ㆍ개발하고 과학기술인의 활동여건을 개선하기 위하여 다음 각 호의 조치를 하여야 한다고 규정하면서 그 제2호에서 과학기술인력의 양성ㆍ공급계획 수립을, 그 제3호에서 과학기술인력에 대한 기술훈련 및 재교육의 촉진을 규정하고 있다.   (나)「지방세특례제한법」제45조 제1항에 규정된 과학기술진흥단체란 과학기술진흥사업을 주된 목적으로 하는 단체를 의미하고, 과학기술진흥사업이 부대사업의 하나에 불과한 단체는 위 조항에서 정한 과학기술진흥단체에 해당한다고 볼 수 없으며, 어느 단체가 과학기술진흥단체에 해당하는지 여부는 단체의 명칭 여하에 불문하고 설립근거인 법령, 정관의 목적사업, 주된 수행업무 등 실질적인 활동내역, 예산집행상황 등을 종합적으로 고려하여 판단하여야 할 것이고,「과학기술기본법」과 구「과학기술진흥법」상 과학기술진흥의 범위에 과학기술인력의 양성 및 활용 증진을 포함하도록 규정하고 있으며, 과학기술인력의 양성에는 과학기술인력에 대한 기술훈련 및 재교육의 촉진도 포함하도록 규정하고 있으므로 과학기술인력에 대한 기술훈련 등 과학기술인력 양성을 주된 목적사업으로 하는 단체도 과학기술진흥단체로 보는 것이 타당하다 할 것이다.   (다) 처분청은 청구법인이「지방세특례제한법」제45조 제1항에 규정하고 있는 과학기술진흥단체에 해당하지 아니하다는 의견이나, 청구법인은 1978.4.19. 정부(구 건설부장관)로부터 허가를 받아 설립된 점, 「건설기술진흥법」제3조 제1항에서 국토교통부장관은 건설기술의 연구ㆍ개발을 촉진하고 그 성과를 효율적으로 이용하며 관련 산업의 진흥을 도모하기 위하여 건설기술진흥기본계획을 5년마다 수립하여야 한다고 규정하고 있고, 같은 조 제2항에서 기본계획에는 다음 각 호의 사항이 포함되어야 한다고 규정하면서 그 제4호에서 건설기술인력의 수급ㆍ활용 및 기술능력의 향상을 규정하고 있으며, 같은 법 제20조 제1항에서 국토교통부장관은 건설기술인의 효율적 활용과 기술능력 향상을 위하여 필요한 경우에는 건설기술인의 육성과 교육ㆍ훈련 등에 관한 시책을 수립ㆍ추진할 수 있다고 규정하고 있는 점, 국토교통부장관이 수립한 건설기술진흥기본계획에는 기술인력 육성에 관한 내용도 포함되어 있고, 2011.5.16. 청구법인을 건설기술자, 감리원, 품질관리자 등의 종합교육기관으로 지정한 점, 청구법인의 정관상 목적사업은 국가기간산업의 기술개발을 촉진하고 그에 필요한 인력양성을 위한 교육사업 등으로 기재되어 있고, 청구법인의 수행업무는 대부분 건설기술인력에 대한 기술훈련 등인 사실이 사업계획서 및 예산서 등에 의하여 확인되는 점, 국토교통부장관은 2020.2.20. 청구법인이 건설기술 인력의 기술능력 향상에 기여하고 있는 과학기술진흥단체에 해당한다고 회신한 점, 이 건 부동산은 건설기술인력의 양성 등에 사용된 것으로 보이는 점 등에 비추어, 청구법인은 정부로부터 허가를 받아 설립되어 건설기술분야의 인력양성 등을 주된 목적사업으로 하는 단체로서 과학기술진흥단체에 해당한다 할 것이고, 이 건 부동산은 과학기술진흥단체인 청구법인이 고유 업무에 직접 사용하는 부동산으로서 재산세 및 지방교육세 면제대상으로 보는 것이 타당하므로 처분청이 청구법인에게 이 건 재산세 및 지방교육세를 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.     4. 결 론   이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로「지방세기본법」제96조 제6항,「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.                   ＜별지＞ 관련 법령   (1) 지방세특례제한법(2020.1.15. 법률 제16865호로 개정되기 전의 것)   제45조[학술연구단체 및 장학단체에 대한 감면] ① 대통령령으로 정하는 학술연구단체ㆍ장학단체ㆍ과학기술진흥단체가 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를, 과세기준일 현재 그 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세(「지방세법」제112조에 따른 부과액을 포함한다) 및「지방세법」제146조 제2항에 따른 지역자원시설세(학술연구단체ㆍ장학단체의 경우에만 해당한다)를 각각 2019년 12월 31일까지 면제한다. 다만, 제45조의2에 따른 단체는 제외한다.   (2) 지방세특례제한법 시행령(2020.1.15. 대통령령 제30355호로 개정되기 전의 것)   제22조[학술연구단체 등의 범위] 법 제45조 제1항 본문에서 “대통령령으로 정하는 학술연구단체ㆍ장학단체ㆍ과학기술진흥단체”란 정부로부터 허가 또는 인가를 받거나「민법」외의 법률에 따라 설립되거나 그 적용을 받는 학술연구단체ㆍ장학단체ㆍ과학기술진흥단체를 말한다. 다만, 「공공기관의 운영에 관한 법률」제4조에 따른 공공기관은 행정안전부장관이 정하여 고시하는 경우로 한정한다.    (3) 과학기술기본법   제3조[다른 법률과의 관계] 과학기술에 관한 다른 법률을 제정하거나 개정할 때에는 이 법의 목적과 기본이념에 맞도록 하여야 한다.   제7조[과학기술기본계획] ① 정부는 이 법의 목적을 효율적으로 달성하기 위하여 과학기술발전에 관한 중ㆍ장기 정책목표와 방향을 설정하고「국가과학기술자문회의법」에 따른 국가과학기술자문회의(이하 “과학기술자문회의”라 한다)의 심의를 거쳐 확정하여야 한다. ② 과학기술정보통신부장관은 5년마다 제1항에 따른 과학기술발전에 관한 중ㆍ장기 정책목표와 방향을 반영하고 관계 중앙행정기관의 과학기술 관련 계획과 시책 등을 종합하여 과학기술기본계획(이하 “기본계획”이라 한다)을 세우고 과학기술자문회의의 심의를 거쳐 확정하여야 한다. ③ 기본계획에는 다음 각 호의 사항이 포함되어야 한다. 9. 과학기술인력의 양성 및 활용 증진 제23조[과학기술인력의 양성ㆍ활용] ① 정부는 과학기술의 변화와 발전에 대응할 수 있도록 창의력 있고 다양한 재능을 가진 과학기술 인력자원을 양성ㆍ개발하고 과학기술인의 활동여건을 개선하기 위하여 다음 각 호의 조치를 하여야 한다. 1. 과학기술인력의 중ㆍ장기 수요ㆍ공급 전망의 수립 2. 과학기술인력의 양성ㆍ공급계획 수립 3. 과학기술인력에 대한 기술훈련 및 재교육의 촉진 4. 과학기술교육의 질적 강화방안 수립 5. 고급 과학기술인력 양성을 위한 고등교육기관의 확충 (4) 건설기술진흥법   제3조[건설기술진흥 기본계획] ① 국토교통부장관은 건설기술의 연구ㆍ개발을 촉진하고 그 성과를 효율적으로 이용하며 관련 산업의 진흥을 도모하기 위하여 건설기술진흥기본계획(이하 “기본계획”이라 한다)을 5년마다 수립하여야 한다. ② 기본계획에는 다음 각 호의 사항이 포함되어야 한다. 1. 건설기술 진흥의 기본목표 및 추진방향 2. 건설기술의 개발 촉진 및 활용을 위한 시책 3. 건설기술에 관한 정보 관리 4. 건설기술인력의 수급(需給)ㆍ활용 및 기술능력의 향상 5. 건설기술연구기관의 육성 6. 건설기술용역 산업구조의 고도화 7. 건설기술용역의 해외진출 및 국제교류 등의 지원에 관한 사항 8. 건설기술용역사업자의 지원에 관한 사항 9. 건설공사의 환경관리에 관한 사항 10. 건설공사의 안전관리 및 품질관리에 관한 사항 11. 그 밖에 건설기술 진흥에 관한 중요 사항   제20조[건설기술인의 육성] ① 국토교통부장관은 건설기술인의 효율적 활용과 기술능력 향상을 위하여 필요한 경우에는 건설기술인의 육성과 교육ㆍ훈련 등에 관한 시책을 수립ㆍ추진할 수 있다. ④ 국토교통부장관은 건설기술인을 육성하기 위하여 국토교통부장관이 정하여 고시하는「공공기관의 운영에 관한 법률」에 따른 공공기관이나 대통령령으로 정하는 건설기술과 관련된 기관 또는 단체가 교육시설, 교수요원 등 대통령령으로 정하는 요건을 갖춘 경우 제2항 전단에 따른 교육ㆍ훈련을 대행하도록 할 수 있다. 이 경우 국토교통부장관은 교육ㆍ훈련에 필요한 비용의 일부를 지원할 수 있다.

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