(취소)이 건 토지의 지목변경일 현재 폐지된 구「경기도 도세 감면조례」제13조 제1항을 적용하여 감면된 취득세에 따른 농어촌특별세를 비과세할 수 있는지 여부

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(취소)이 건 토지의 지목변경일 현재 폐지된 구「경기도 도세 감면조례」제13조 제1항을 적용하여 감면된 취득세에 따른 농어촌특별세를 비과세할 수 있는지 여부

작성자: Tax

조회: 703 등록일: 2020-07-26

조심2016지0458, 2017.2.22.  (세목) 취득세  (결정유형)  취소 【결정요지】청구법인은 종전 도세감면조례가 전부개정되기 전에 이 건 지목변경 공사를 착공하였으므로 그 신뢰를 보호하여야 할 정도에 이르렀다고 볼 수 있는 점 등에 비추어 취득세 감면분 농어촌특별세도 지방공사 등에 대한 감면에 대한 농어촌특별세를 비과세 대상으로 규정하고 있는 행정안전부 고시 제2010-83호에 따라 비과세하는 것이 타당하다고 할 것임에도 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 것은 잘못이 있다고 판단된다. 【관련법령】 「지방세특례제한법」(2011.12.31. 법률 제11138호로 일부개정된 것) 제85조의2,「경기도 도세감면조례」(2011.12.26. 경기도 조례 제4295호로 개정되기 전의 것) 제13조 【주  문】 OOO2015.12.23. 청구법인에게 한 경정청구 거부처분은이를 취소한다. 【이  유】 1. 처분개요   가.청구법인은 2013.5.27. OOO외 116필지 토지 585,696.6㎡(이하 “이 건 토지”라 한다)의 지목변경(지목변경일 : 2012.12.31., 이하 “이 건 지목변경”이라 한다)에 따른 취득세 등 OOO원을 「지방세특례제한법」(2013.1.1. 법률 제11617호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제78조(산업단지 등에 대한 감면) 제1항에 따라 면제받고, 2013.5.31. 취득세 감면분 농어촌특별세 OOO신고·납부하였다.    나.청구법인은 2015.12.8. 처분청에 이 건 지목변경이 「경기도 도세감면조례」(2011.12.26. 조례 제4295호로 전부개정된 것, 이하 같다) 부칙 제3조에 따라 「경기도 도세 감면조례」(2011.12.26. 조례 제4295호로 전부개정되기 전의 것, 이하 “구「경기도 도세 감면조례」”라한다)적용대상이라는 사유로 위 농어촌특별세의 환급을 구하는 경정청구를 하였고, 처분청은 2012.1.1. 이후 납세의무가 성립한 이 건 지목변경은 구「경기도 도세 감면조례」적용대상이 아니라는 사유로 2015.12.23. 청구법인의 경정청구를 거부하였다.    다. 청구법인은 이에 불복하여 2016.3.21. 심판청구를 제기하였다.     2. 청구법인 주장 및 처분청 의견    가. 청구법인 주장    (1)구「경기도 도세 감면조례」제13조 제1항의 지방공사 등에 대한감면조항은 2011.12.26. 폐지되었는바, 이 건 토지는 동 조항이 삭제되기 전인 2010.3.9. OOO(이하 “이 건 산업단지”라 한다)의 부지조성공사가 착공되어 지목이 사실상 변경되어 동 조례의 적용대상이므로 농어촌특별세 비과세대상이다.    (2) 또한, 2011.12.26. 「경기도 도세 감면조례」의 전부개정으로 지방공사 등에 대한 취득세 감면조항이 폐지되었다 하더라도 동 감면조례의 경과조치로 부칙 제3조 제1항에서 “이 조례 시행 당시 종전의규정에 따라 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다”고 규정하고 있으므로 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 2010년 3월 착공한 이 건 지목변경에 대하여도 동 조항에 따라 구「경기도 도세 감면조례」제13조 제1항을 적용하여 취득세감면분 농어촌특별세를 비과세하여야 함에도 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 것은 신뢰보호의 원칙에 위배되므로 취소되어야 한다.    나. 처분청 의견    (1)청구법인이 이 건 토지의 지목변경에 대한 취득세 신고시 취득일을 2012.12.31.로 신고하였고, 신고 당시 제출한 OOO에도준공일이 2012.12.31.로 확인되는바, 건축물공사가 수반되는 지목변경의경우 사실상 지목변경의 시기는 건축공사가 완공되는 때로 보는 것이 합리적이라 할 것이다.    (2)「경기도 도세 감면조례」부칙 제3조 제1항에서 “이 조례 시행당시 종전의 규정에 따라 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다”고 규정함으로써 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 납세의무자에게 종전 규정을적용할 경우가 있다 하더라도 납세의무가 성립하기 전의 원인행위 시에유효하였던 종전규정에서 이미 장래의 한정된 기간 동안 그 원인행위에기초한 과세요건 충족이 있는 경우에도 특별히 비과세 내지 면제한다거나 과세를 유예한다는 내용을 명시적으로 규정하고 있지 않는 한, 설사 납세의무자가 종전 규정에 의한 조세감면 등을 신뢰하였다 하더라도 이는 단순한 기대에 불과할 뿐 기득권에 갈음하는 것으로서 마땅히 보호되어야 할 정도의 것으로 볼 수 없는 것(대법원 2001.5.29. 선고98두13713 판결, 같은 뜻임)이고, 이는 2011.12.31. 이전에 취득세 납세의무가 성립한 경우에 한하여 종전의 조례를 적용한다는 의미로보는 것이 합리적이라 할 것인바, 「농어촌특별세법」제5조 제1항에서 「지방세특례제한법」에 의하여 취득세를 감면 받은 경우 취득세액을과세표준으로 세율은100분의 20으로 규정하고 있고, 「농어촌특별세법」제4조 제2호 등에서“농어촌특별세가 비과세 되는 지방세 감면조례”는 별도로 고시하도록규정하고 있는데 “행정안전부 고시 제2011-63호(2011.12.31.)”에는 지방공사에 대한 감면이 고시되어 있지 아니하고, 「지방세특례제한법」제78조 제2항에 따른 취득세 감면에 대하여도 농어촌특별세가 비과세되는 규정도 없으므로 청구주장을 받아들일 수 없다.     3. 심리 및 판단    가. 쟁점    이 건 토지의 지목변경일 현재 폐지된 구「경기도 도세 감면조례」제13조 제1항을 적용하여 감면된 취득세에따른 농어촌특별세를 비과세할 수 있는지 여부   나. 관련 법령 등 : <별지> 기재    다. 사실관계 및 판단    (1)청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료 등에 의하면 다음과 같은사실이 나타난다.    (가)청구법인은 「지방공기업법」에 따라 경기도가 100% 출자하여 1997.12.1. 설립한 지방공사로서 택지개발, 공공주택산업, 산업단지조성 등을 위하여 부동산을 취득, 공급하는 사업을 영위하고 있다.    (나)OOO일원이 2008.3.31.이 건산업단지로 지정 고시(경기도 제2청 고시 제2008-5050호) 되었고,2009.6.26.양주시,청구법인 및 OOO사업시행자로 지정 고시(경기도제2009-205호) 되었으며, 2010.3.29. 동 산업단지의 부지조성공사가 착공되었고, 2012.12.31. 폐수종말처리시설 등에 대한 준공이 있었던 것으로 나타난다.    (다) 청구법인은 이 건 산업단지 조성사업이 완료됨에 따라 이 건 토지의 지목변경분 취득세에 대하여는 「지방세특례제한법」제71조 제1항의 산업단지 등에 대한 감면규정에 따라 처분청으로부터 취득세 등을 면제받았고, 해당 면제세액의 20%에 해당하는 농어촌특별세를 신고·납부하였다.    (2)이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 이 건 토지의 지목변경일이2012.12.31.이어서구「경기도 도세 감면조례」제13조 제1항의 적용대상이 아니므로 농어촌특별세 비과세대상이 아니라는 의견이나,    토지의 지목변경의 시기는 최소한 변경될 지목으로서의 기능을사실상 발휘할 수 있음이 객관적으로 인정될 때로서건축물공사가수반되는 경우는 건축공사가완공되는 때로 보는 것이 타당하므로 이 건토지에2010.3.9.부지조성공사를착공하였다는 사실만으로 지목이변경되었다고 볼 수 없는것이고,2012.12.31. 이 건 지목변경과 관련된 공사가완공되었으므로 이때를 지목변경의 시기로 봄이 타당하다 할 것인바, 이 건 지목변경에대하여구「경기도 도세감면조례」를 적용할 수는 없으므로 이에 대한 청구법인의 주장을 받아들이기는 어렵지만,    지방공사 등에 대한 취득세 면제 규정은 1995.1.18. 제정된「경기도도세 감면조례」제21조 제1항에 규정된 후 2011.12.26. 「경기도 도세감면조례」제13조 제1항이 삭제되기 전까지 조항만 몇 차례 변경되었을 뿐 그 내용은 15년 이상 동일하게 유지되어 온 점, 감면규정이 감면조례에서 삭제되면서 지방공사에게 불리하게 개정되었음에도 해당 부칙조항에서 지방공사의 신뢰보호를 위하여 구「경기도 도세감면조례」의규정에 따라 감면하여야 할 취득세에 대하여는 종전의규정에 따르도록 정하고 있으므로 시행 당시 지방공사가 고유업무에직접 사용하기 위한 부동산의 취득과 밀접하게 관련된 원인행위를 한 경우에는그 원인행위 당시의 감면조례를 적용하는 것이 타당한 점, 청구법인은동 조례를 신뢰하여 해당 조항을 근거로 개발기간이 5년 이상인 이 건산업단지 개발사업을 진행한 것으로 보이는 점, 청구법인이동 조례제13조 제1항이 삭제(2011.12.31.)되기 전인2010.3.29. 부지조성공사를착공함으로써 이 건 지목변경과 밀접하게 관련된 직접적인 행위로나아간 것으로 보이는 점 등에 비추어 비록「경기도 도세감면조례」및「지방세특례제한법」이 시행된 후 이 건지목변경이 이루어졌다 하더라도 청구법인의 신뢰보호를 위하여「경기도 도세감면조례」의부칙조항에 따라구「경기도 도세감면조례」를 적용하여 이 건 지목변경에 대한 취득세를 감면하는 것이 타당하다고 할 것(조심2016지34, 2016.11.30. 같은 뜻임)이고, 이에 따른 농어촌특별세도지방공사 등에 대한 감면분을 비과세 대상으로 규정하고 있는행정안전부 고시 제2010-83호에 따라 비과세하는 것이 타당하다 할 것임에도 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 것은잘못이 있다고 판단된다.     4. 결론    이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」제123조 제4항과 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령 등    (1) 지방세특례제한법(2013.1.1. 법률 제11617호로 개정되기 전의 것)   제78조(산업단지 등에 대한 감면) ①「산업입지 및 개발에 관한 법률」제16조에 따른 산업단지개발사업의 시행자 또는 「산업기술단지 지원에관한 특례법」제4조에 따른 사업시행자가 산업단지 또는 산업기술단지를조성하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 2012년 12월 31일까지 취득세를 면제하고, 조성공사가 시행되고 있는 토지에 대하여는 2012년 12월 31일까지 재산세의 100분의 50을 경감(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 면제)한다. 다만, 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하기 위하여 취득한 부동산의 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하지 아니하는 경우에 해당 부분에 대하여는 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다.   제85조의2(지방공기업 등에 대한 감면) ① 「지방공기업법」에 따라 설립된 지방공사(농수산물공사 및 도시철도공사를 제외한다)에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 2013년 12월 31일까지 지방세를경감한다.  1.그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는취득세의 100분의 75(100분의 75의 범위에서 조례로 따로 정하는 경우에는 그 율)에 지방자치단체의 주식소유비율[해당 지방공사의 발행주식총수에 대한 지방자치단체의 소유주식(「지방공기업법」제53조 제4항에 따라 지방자치단체가 출자한 것으로 보는 주식을 포함한다) 수의 비율을 말한다. 이하 이 조에서 같다]을 곱한 금액을 경감한다.    (2) 경기도 도세 감면조례(2011.12.26. 조례 제4295호로 전부개정되기 전의 것)   제13조(지방공사 등에 대한 감면) ① 「지방공기업법」에 따라 설립된 지방공사 또는 지방공단이 그 고유의 업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산과 전동차에 대하여는 취득세를 면제하고,그 법인등기와 구분지상권 설정등기(지하철공사에 한정한다)에 대하여는 등록면허세를 면제하며, 과세기준일 현재 그 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 「지방세법」제146조 제2항에 따른 지역자원시설세를 면제한다. 다만, 총자산중 민간출자분 또는 민간출연분이 있는 경우 그 부분에 대하여는 그러하지 아니한다.   부칙 제1조(시행일) 이 조례는 2011년 1월 1일부터 시행한다. 제2조(적용시한) 이 조례는 2011년 12월 31일까지 적용한다. 제3조(일반적 경과조치) 이 조례 시행당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 도세에 대하여는 종전의 규정에 따른다.    (3) 경기도 도세 감면조례(2011.12.26. 조례 제4295호로 전부개정된 것)    감면조례 제13조 지방공사에 대한 감면규정 삭제   부칙 제1조(시행일) 이 조례는 2012년 1월 1일부터 시행한다. 제2조(적용시한) 이 조례는 2014년 12월 31일까지 적용한다. 제3조(일반적 경과조치) ① 이 조례 시행 당시 종전의 규정에 따라 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다. ② 이 조례 시행 당시 종전의 규정에 따라 감면받은 지방세의 추징에 관하여는 종전의 규정에 따른다.    (4) 지방공기업법   제2조(적용 범위) ① 이 법은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업(그에 부대되는 사업을 포함한다. 이하 같다) 중 제5조에 따라 지방자치단체가 직접 설치·경영하는 사업으로서 대통령령으로 정하는 기준 이상의 사업(이하 "지방직영기업"이라 한다)과 제3장 및 제4장에 따라 설립된 지방공사와 지방공단이 경영하는 사업에 대하여 각각 적용한다.  7. 주택사업 8. 토지개발사업    (5) 농어촌특별세법(2011.12.31. 법률 제11127호로 개정되기 전의 것)   제4조(비과세) 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 농어촌특별세를 부과하지 아니한다.  2. 농어민(양축가를 포함한다. 이하 같다) 또는 농어민을 조합원으로 하는 단체(「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」에 따른 영농조합법인, 농업회사법인 및 영어조합법인를 포함한다)에 대한 감면으로서 대통령령으로 정하는 것   제5조(과세표준과 세율) ① 농어촌특별세는 다음 각 호의 과세표준에 대한 세율을 곱하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다. (6) 농어촌특별세법 시행령(2011.12.31. 법률 제11127호로 개정되기 전의 것)   제4조(비과세) ① 법 제4조 제2호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 감면을 말한다.  4.「지방세특례제한법」제4조의 조례에 따른 지방세 감면 중 제1호부터 제3호까지와 유사한 감면으로서 행정안전부장관이 기획재정부장관과 협의하여 고시하는 것    (7) 행정안전부 고시 제2010-83호   「농어촌특별세법」제4조 제2호·제12호 및 같은 법 시행령 제4조 제1항 제4호·제6항 제6호의 규정에 따라 “농어촌특별세가 비과세되는 지방세 감면조례”를 다음과 같이 고시한다.   2010년 12월 30일   행정안전부장관   - 다 음 -   1. 지역특산품생산단지 등에 대한 감면 2. 지식산업센터 등에 대한 감면 3. 한센정착농원지원을 위한 감면 4. 주택에 대한 감면 5. 지방공사 등에 대한 감면 6. 인천국제공항건설 등 사업지원을 위한 감면 7. 장애인 소유자동차에 대한 감면 8. 제주국제자유도시 종합계획 지원을 위한 감면 9. 중소기업종합지원센타에 대한 감면 10. 시장정비사업에 대한 감면 11. 기업도시에 대한 감면   부칙   제1조(시행일) 이 고시는 2011년 1월 1일부터 시행한다. 제2조(적용례) 이 고시는 이 고시 시행 후 최초로 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다. 제3조(다른 고시의 폐지) 이 고시 시행과 동시에 행정안전부 고시 제2010-38호(2010년 6월 10일)는 폐지한다.    (8) 행정안전부 고시 제2011-63호   「농어촌특별세법」제4조 제2호·제12호 및 같은 법 시행령 제4조 제1항 제4호·제6항 제6호의 규정에 따라 “농어촌특별세가 비과세되는 지방세 감면조례”를 다음과 같이 고시한다.   2011년 12월 31일   행정안전부장관   - 다 음 -   1. 지역특산품생산단지 등에 대한 감면 2. 인천국제공항건설 등 사업지원을 위한 감면 3. 장애인 소유자동차에 대한 감면 4. 제주국제자유도시 종합계획 지원을 위한 감면 5. 중소기업종합지원센타에 대한 감면 6. 기업도시에 대한 감면   부칙   제1조(시행일) 이 고시는 2012년 1월 1일부터 시행한다. 제2조(적용례) 이 고시는 이 고시 시행 후 최초로 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다. 제3조(다른 고시의 폐지) 이 고시 시행과 동시에 행정안전부 고시 제2010-83호(2010년 12월 30일)는 폐지한다.

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