기업부설연구소로 인정받지 못한 공용면적이 취득세 감면대상에 해당하는지 여부

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기업부설연구소로 인정받지 못한 공용면적이 취득세 감면대상에 해당하는지 여부

작성자: Tax

조회: 9213 등록일: 2014-03-15

[조심2013지1026 (2014.02.21) 취득세 기각] [결정요지] 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세 등을 면제하고, 기업부설연구소라 함은 토지 또는 건축물을 취득한 후 4년 이내에「기술개발촉진법」에 의한 기준을 갖춘 연구소로서 교육과학기술부장관의 인정을 받은 것을 말하는 것인바, 이 건 건축물 중 공용면적에 해당하는 부분은 기업부설연구소로 인정받지 못하였으므로 취득세 면제대상에서 배제되어야 함     [관련법령] 지방세특례제한법 제46조   
[주    문] 
  
심판청구를 기각한다. 
    
[이    유] 
  
1. 처분개요 
  
  가. 청구법인은 2012.1.27. OOO(토지 89.35㎡, 건축물 449.35㎡, 이하 “이 사건 부동산”이라 한다)를 취득하고, 같은 날 「지방세특례제한법」제46조의 규정에 의거 ‘기업부설연구소용’에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 감면신청하여 취득세 등을 면제 받았다. 
  
   나. 처분청은 청구법인에 대한 세무조사 결과, 이 사건 부동산 중 전용면적 269.95㎡에 대하여는 한국산업기술진흥협회로부터 기업부설연구소로 인정받았으나, 공용면적 179.4㎡(이하 “쟁점공용면적”이라 한다)는 기업부설연구소로 인정받지 아니한 사실을 확인하고, 쟁점공용면적의 취득가액OOO을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원(가산세 OOO원 포함)을 2013.9.17. 청구법인에게 부과고지 하였다. 
  
  다. 청구법인은 이에 불복하여 2013.9.24. 심판청구를 제기하였다. 
  
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 
  
 가. 청구법인 주장 
  
   (1) 이 사건 부동산을 취득한 2012년부터 계속하여 기업부설연구소로만 사용하고 있으며, 쟁점공용면적은 화장실과 주차장 등으로서 청구법인의 연구소 직원들을 위한 부대시설로 사용된다고 할 수 있고, 취득세 감면취지가 벤처기업들의 경쟁력 강화와 일자리 창출을 지원하기 위한 것임에도 전용면적에 대해서만 취득세 면제대상이 되고 쟁점공용면적은 취득세 부과대상이 된다는 것은 납득할 수 없으므로 취소되어야 한다. 
  
   (2) 처분청에서 쟁점공용면적이 취득세 부과대상이라고 판단했다면 청구법인이 취득세를 신고할 당시 정정하여 공용면적에 대해 취득세를 납부하도록 하였어야 함에도 1년 반이 지나서야 취득세를 부과하는 것은 납득할 수 없고, 더욱이 가산세까지 부과하는 것은 처분청의 실수를 청구법인에게 전가시키는 것이라 하겠으므로 부당하다. 
  
 나. 처분청 의견 
  
   (1)「지방세특례제한법 시행령」 제23조 제1항에서 ‘기업부설연구소’란 토지 또는 건축물을 취득한 후 4년 이내에 「기술개발촉진법」 제7조 제1항 제2호에 따른 기준을 갖춘 연구소로서 같은 법 시행령 제15조에 따라 교육과학기술부장관에게 신고하여 인정을 받은 것을 말한다고 규정하고 있으므로 취득세 등의 감면대상이 되는 기업부설연구소용 부동산은 부동산을 취득한 후 4년 이내에 기업부설연구소용 부동산으로서 교육과학기술부장관으로부터 인정받은 면적에 한한다고 해석되는 점, 
  
  쟁점공용면적은 청구법인이 교육과학기술부장관으로부터 기업부설연구소용 부동산으로 인정받지 못하였음이 한국산업기술협회장의 회신자료OOO에 의해 확인되는바, 기업부설연구소로 인정받은 범위를 초과하는 공용면적은 실제로 기업부설연구소의 공용면적으로 사용된다 하더라도 취득세 등의 면제대상에 해당된다고 보기는 어려운 점 등을 종합하여 볼 때, 쟁점공용면적을 취득세 등의 감면대상에 해당하지 아니한 것으로 보아 이 사건 취득세 등을 부과한 처분은 정당하다. 
  
   (2) 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고·납부 등 각종의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의 과실은 고려되지 아니하고 법령의 부지 등은 그 의무위반을 탓할 수 없는 “정당한 사유”에 해당되지 아니한다 할 것인바, 청구법인이 조세 감면요건을 몰랐거나, 처분청으로부터 이에 대한 안내를 받지 못하였다는 것은 취득세 신고납부 의무를 해태할 만한 “정당한 사유”로 볼 수 없다. 
    
3. 심리 및 판단 
  
 가. 쟁 점 
  
  기업부설연구소로 인정받지 아니한 공용면적부분에 대하여 취득세 감면대상이 아니라고 보아 가산세를 포함하여 취득세 등을 부과한 처분의 당부 
  
 나. 관련법령(별지 참조) 
  
 다. 사실관계 및 판단 
  
   (1) 청구법인은 2012.1.27. 아파트형공장인 이 사건 부동산을 취득하고, 「지방세특례제한법」제46조의 규정에 의거 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 감면신청하여 취득세 등을 면제 받았다. 
  
   (2) 청구법인은 2012.5.8. ‘한국산업기술진흥협회’로부터 이 사건 부동산 중 건축물 전용면적 269.95㎡에 대하여만 기업부설연구소로 인정받은 사실이 ‘한국산업기술진흥협회’에서 청구법인에게 회신한 자료OOO에서 확인된다. 
  
   (3) 처분청의 청구법인에 대한 세무조사 결과, 이 사건 부동산 중  쟁점공용면적에 대하여는 기업부설연구소로 인정받지 못한 사실을 확인하고, 2013.9.17. 기 감면된 취득세 등 OOO원을 추징하면서 가산세 OOO원을 포함하여 부과고지 하였다. 
  
   (4) 위 사실관계와 관련법령을 종합하여 살펴본다. 
  
    (가) 청구법인은 이 사건 부동산 중 기업부설연구소로 인정받지 아니한 쟁점공용면적 부분에 대하여 취득세 감면대상이 아니라고 보아 가산세를 포함하여 취득세 등을 부과한 처분이 부당하다고 주장하므로 이에 대하여 본다. 
    (나) 조세법률주의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다고 하겠다(대법원 2009.8.20. 선고 2008두11372 등 판결 참조). 
  
    (다) 「지방세특례제한법」 제46조 제1항 및 같은 법 시행령 제23조에서기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여부동산을취득한 후 4년이내에「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」제14조 제1항 제2호에 따른 기준을 갖춘 기업부설연구소로서 같은 법 시행령 제16조에 따라 교육과학기술부장관에게 신고하여 인정을 받은 것에 대하여 취득세를 면제하도록 규정하고 있는 바, 위 취득세 면제대상이되는 기업부설연구소용부동산은교육과학기술부장관으로부터 인정받은면적을 한도로 보는 것이 타당하다고 할것이므로, 청구법인이기업부설연구소로 인정받지 아니한 쟁점 공용면적은 실제 기업부설연구소의 공용시설로 사용된다 하더라도 취득세 면제대상에 해당된다고 보기는 어렵다 할 것이다(조심 2013지499, 2013.10.17., 조심 2012지751, 2012.12.18. 등 같은 뜻). 
  
    (라) 한편, 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고·납부 등 각종의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의 과실은 고려되지 아니하고 법령의 부지 등은 그 의무위반을 탓할 수 없는 “정당한 사유”에 해당되지 아니한다 할 것이고, 일반적으로 취득세 등의 신고납부세목은 납세자가 자기 책임하에 스스로 과세표준과 세액을 계산하여 신고하는 것이라 하겠는 바, 청구법인이 처분청으로부터 기업부설연구소로인정받지 아니한면적에 대하여 취득세 면제대상이 아니라는 사전 안내를 받지 못하였다는 점 등은 취득세 신고납부의무 위반을 탓할 수 없는 “정당한 사유”로 인정하기 어렵다고 하겠다. 
  
    (마) 따라서, 처분청이 기업부설연구소 면적으로 인정받지 아니한 쟁점공용면적 부분에 대하여 가산세를 포함하여 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다. 
    
4. 결  론 
  
   이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」 제123조 제4항과 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

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