(취소)2016년에 이루어진 지목변경에 대하여 2011.12.26. 개정과 함께 삭제된「경기도 도세 감면조례」제13조를 적용하여 달라는 청구주장의 당부

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심판(심사)사례

(취소)2016년에 이루어진 지목변경에 대하여 2011.12.26. 개정과 함께 삭제된「경기도 도세 감면조례」제13조를 적용하여 달라는 청구주장의 당부

작성자: Tax

조회: 669 등록일: 2020-08-22

조심2017지0539, 2017.12.19.  (세목) 취득세  (결정유형)  취소 【결정요지】일반적 경과규정은 납세의무자의 정당한 신뢰를 보호하기 위하여 유리한 종전 규정을 적용할 수 있다는 의미이다. 청구법인이 지목변경에 대한 허가를 받아 착공하면서 당시의 조례에 따라 취득세가 면제될 것으로 신뢰하였을 것이고 그러한 신뢰를 보호하기 위하여 일반적 경과규정을 둔 것이므로 착공 당시의 조례에 따라 취득세를 면제하는 것이 타당하다. 【관련법령】 「지방세특례제한법」(2014.1.1. 법률 제12175호로 일부개정된 것) 제78조 및 부칙 제6조 【주  문】 OOO시장이 2017.1.13. 청구법인에게 한 경정청구 거부처분은이를 취소한다. 【이  유】 1. 처분개요    가. 청구법인은 2016.6.30. OOO(이하 “쟁점산업단지”라 한다)용 토지 465,456.7050㎡ 및 2016.8.5. 같은 단지의 토지 100,500.89㎡의 지목을 변경(이하 “이 건 지목변경”이라 한다)하며, 2016.8.28. 및 2016.9.29. 처분청에 「지방세특례제한법」제85조의2 제1항 등의 지방공사가 고유업무에 직접 사용하기 위한 부동산의 취득으로 하여 취득세 등의 100분의 60를 감면받고 나머지 취득세 OOO농어촌특별세 OOO합계 OOO신고·납부하였다.    나. 청구법인은 2016.11.15. 처분청에 이 건 지목변경에 따른 취득세 등이 「경기도 도세 감면조례」(2011.12.26. 조례 제4295호로 전부개정된 것) 부칙 제3조에 따라 종전의 감면조례(2011.12.26. 조례 제4295호로 전부개정되기 전의 것)의 적용대상에 해당하여 면제대상이라는 사유로 경정청구를 하였으나, 처분청은 지방공사가 2012.1.1. 이후에 취득한 부동산은 면제대상이 아니라는 이유로 2017.1.13. 이를 거부하는 통지를 하였다.    다. 청구법인은 이에 불복하여 2017.4.4. 심판청구를 제기하였다.     2. 청구법인 주장 및 처분청 의견    가. 청구법인 주장    청구법인은 2010년 7월부터 이 건 토지의 부지조성공사를 착공하여 2011.12.30. 이전에 이미 형질이 변경되었으므로 「지방세법 시행령」제20조 제10항의 토지의 지목이 사실상 변경된 날과 공부상 변경된 날 중 빠른 날을 취득일로 본다는 규정에 따라 이 건 지목변경에 따른 취득시기는 2011.12.30. 이전이어서 이 건 취득세 등은 면제대상이고, 「경기도 도세 감면조례」(2011.12.26. 조례 제4295호로 전부개정된 것) 부칙 제3조 제1항에서 이 조례 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 도세에 대하여는 종전의 규정에 따른다고 규정하고 있으며, 대법원 판례(2011.1.27. 선고, 2008두15039 판결)에서도 개정된 「지방세법」또는 조례가 납세의무자에게 불리한 규정을 두어 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 특별히 경과규정을 두어 납세의무자에게 유리한 종전의 규정을 적용하도록 하고 있는 때에는 마땅히 종전의 규정을 적용하여야 한다고 판시하고 있으므로 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.    나. 처분청 의견    지방공사에 대한 취득세 감면규정은 2011.12.31.까지 「경기도 도세 감면조례」(2011.12.26. 조례 제4295호로 전부개정되기 전의 것) 제13조에 규정하고, 2012.1.1.부터 「지방세특례제한법」(2011.12.31. 법률 제11138호로 개정된 것, 이하 “개정 지특법”이라 한다) 제85조의2에서 규정하고 있으므로, 청구법인의 이 건 지목변경에 따른 취득세 등의 감면은 개정 지특법에 따라 판단하여야 한다.    취득세의 과세 또는 면제에 관한 법령이 개정된 경우에 개정 전후의 조례 중에서 납세의무가 성립한 당시에 시행되는 법령을 적용하여야 함은 법률불소급의 원칙상 당연하다고 할 것이나, 법령이 불리하게 개정된 경우에 있어서 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 특별히 경과규정을 두어 납세의무자에게 유리한 종전 조례를 적용하도록 하고 있는 경우에는 마땅히 종전 조례를 적용하여야 할 것(대법원 1995.2.28. 선고 94다31419 판결, 대법원 2011.1.27. 선고 2008두15039 판결, 같은 뜻임)이나, 개정 지특법에서는 지방공사에 대한 취득세 감면에 대하여 부칙 제8조에서 “이 법 시행 당시 주택사업 또는 토지개발사업을 목적으로 하는 지방공사가 이 법 시행 전에 분양한 부동산에 대해 해당 지방공사에 부과하는 지방세는 제85조의2의 개정규정에도 불구하고 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 감면한다”고 경과규정을 두고 있으므로, 개정 지특법 부칙 제8조에 해당하는 경우에는 부칙 규정에 따라 취득세를 감면하고 그 외의 경우에는 개정 지특법 제85조의2에서 규정한 대로 취득세를 감면하여야 할 것이다.    또한 개정 지특법 제4조 제1항에서는 “지방자치단체는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 때에는 3년의 기간 이내에서 지방세의 세율경감, 세액감면 및 세액공제를 할 수 있다. 이 경우 이 법에서 정한 지방세 감면은 추가로 확대할 수 없다.”고 규정하고 있고, 같은 법 제85조의2에서 청구법인과 같은 지방공기업에 대한 감면을 규정하고 있으므로 지방공기업에 대한 감면을 확대하는 조례의 제정·개정규정은 개정 지특법 제4조 제1항 단서규정을 위반한 위법한 조례가 된다고 할 것이다.    따라서 이 건 지목변경에 대하여 개정 지특법 제85조의2 및 부칙 제8조 규정에도 불구하고 2011.12.26. 조례 제4295호로 전부개정된「경기도 도세 감면조례」부칙 제3조 규정에 따라 「경기도 도세 감면조례」(2011.12.26. 조례 제4295호로 전부개정되기 전의 것) 적용대상에 해당한다는 청구법인의 주장은 받아들이기 어렵다.     3. 심리 및 판단    가. 쟁점    이 건 토지의 지목변경에 따른 취득세 등이 면제대상이라는 청구주장의 당부    나. 관련 법률 등 : <별지> 기재    다. 사실관계 및 판단    (1) 청구법인과 처분청이 제출한 자료 등에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다.    (가) 청구법인은「지방공기업법」에 따라 OOO가 출자하여 1997.12.1. 설립한 지방공사로서 OOO에 본사를 두고 있으며, 택지개발·공공주택사업·산업단지 조성 등을 위하여 부동산을 취득·공급하는 사업을 영위하고 있다.    (나) OOO는 2009.6.3. OOO해양산업단지계획의 승인·고시(경기도 고시 제2009-219호)를, 2010.4.9. 동 계획에 대한 변경승인·고시(경기도 고시 제2010-113호)를 하였고, 그 부지조성공사는 청구법인과 OOO가 주관하였으며, 세부내용은 아래와 같다.    (다) 청구법인의 공동사업시행자인 OOO도시공사가 OOO해양산업단지 조성사업과 관련하여 계약상대방인 OOO주식회사로부터 2010.7.7. 수령한 착공신고서에는 OOO해양산업단지 조성사업의 계약일이 2010.7.1.로, 착공일이 2010.7.7.로 각각 기재되어 있다.    (라) OOO가 2016.6.30. 발급한 준공인가필증에 의하면, OOO해양일반산업단지 1공구 1,329,876.3㎡는 준공연월일이 2016년 6월이고, 2공구 287,146.7㎡는 준공연월일이 2016년 8월인 사실이 나타난다.    (마)청구법인은 이 건 토지의 지목변경에 따른 취득세 등을 아래<표1>과 같이 신고·납부하였다가 2016.11.7. 경정청구를 제기하였다.   <표1> 취득세 등의 신고·납부내역 (단위 : 원)    (바) 처분청은 2017.1.13. 청구법인의 경정청구에 대하여 아래와 같은 내용의 거부통지를 하였다.    (2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 조세법령이 불리하게 개정되면서 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 특별히 경과규정을 두어 유리한 종전 규정을 적용하도록 하는 경우 마땅히 그에 따라야 하는 점(대법원 1994.5.24. 선고 93누566 판결, 1995.6.30. 선고 94누15387 판결 외 다수, 같은 뜻임), 지방공사 등에 대한 취득세 등의 면제규정은 1995.1.18. 제정된 「경기도 도세 감면조례」제21조 제1항에 규정된 후 2011.12.26. 개정된 「경기도 도세 감면조례」에서 제13조 제1항이 삭제되기 전까지 조항만 몇 차례 변경되었을 뿐 그 내용은 15년 이상 동일하게 유지된 점, 「경기도 도세 감면조례」에서 지방공사에 대한 취득세 면제규정이 삭제되면서 그 부칙 제3조 제1항에서 이 조례 시행 당시 종전의 규정에 따라 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다고 규정하고 있고, 이는 위 조례의 시행 후에 과세요건이 완성된 경우에도 유리한 종전 규정의 적용에 관한 납세의무자의 정당한 신뢰를 보호하기 위하여 그 규정을 적용할 수 있다는 의미로 해석하여야 하는 점(대법원 2011.1.27. 선고 2008두15039 판결, 같은 뜻임), 청구법인은 2010.7.7. 이 건 토지의 지목을 변경하는 공사를 착공하였고 이 당시 시행되던「경기도 도세 감면조례」(2011.12.26. 조례 제4295호로 개정되기 전의 것)에서 청구법인이 이 건 토지의 지목을 변경함에 따른 취득세 등을 면제대상으로 규정하고 있어 이를 신뢰하였고, 청구법인의 귀책사유가 없는 것으로 보이는 점, 이 건과 같이 착공부터 완공에 이르기까지 장기간이 소요될 수밖에 없는 공사의 경우 납세의무자가 개정되기 전의 감면조례를 신뢰한 이상 경과규정을 둔 개정된 감면조례자체가 폐지되었다 하여 유리한 종전규정을 배제하는 것은 후자가 아니라 전자의 조례에 대한 정당한 신뢰를 보호하여야 한다는 법리에 부합하지 않은 점 등에 비추어, 청구법인이 2016.6.30. 등에 이 건 지목변경을 하여 취득세 등의 납세의무가 성립하였다 하더라도「경기도 도세 감면조례」(2011.12.26. 조례 제4295호로 개정된 것) 부칙 제3조 등에 따라 취득세 등의 면제대상인 것으로 보이므로 처분청이 이 건 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.     4. 결론   이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로「지방세기본법」제96조 제4항과「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. --------------------------------------------------------------------- 【관계법령】   (1) 지방세특례제한법(2011.12.31. 법률 제11138호로 일부개정된 것)    제85조의2(지방공기업 등에 대한 감면) ①「지방공기업법」에 따라 설립된 지방공사(농수산물공사 및 도시철도공사를 제외한다)에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 2013년 12월 31일까지 지방세를 경감한다.  1. 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 75(100분의 75의 범위에서 조례로 따로 정하는 경우에는 그 율)에 지방자치단체의 주식소유비율[해당 지방공사의 발행주식총수에 대한 지방자치단체의 소유주식(「지방공기업법」제53조 제4항에 따라 지방자치단체가 출자한 것으로 보는 주식을 포함한다) 수의 비율을 말한다. 이하 이 조에서 같다]을 곱한 금액을 경감한다.  3. 과세기준일 현재 그 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세(「지방세법」제112조에 따른 부과액을 포함한다)의 100분의 75(100분의 75의 범위에서 조례로 따로 정하는 경우에는 그 율)에 지방자치단체의 주식소유비율을 곱한 금액을 경감한다.   부칙<법률 제11138호, 2011.12.31.>    제1조(시행일) 이 법은 2012년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제10조제1항 및 제57조 제3항의 개정규정은 2012년 3월 2일부터 시행한다.    제2조(일반적 적용례) 이 법은 이 법 시행 후 최초로 납세의무가 성립하는 경우부터 적용한다.  제8조(지방공사에 대한 감면 적용특례) 이 법 시행 당시 주택사업 또는 토지개발사업을 목적으로 하는지방공사가 이 법 시행 전에 분양한 부동산에 대해 해당 지방공사에 부과하는 지방세는 제85조의2의 개정규정에도 불구하고 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 감면한다.  1. 취득세의 100분의 100에 지방자치단체의 주식소유비율[해당 지방공사의 발행주식총수에 대한 지방자치단체의 소유주식(「지방공기업법」제53조 제4항에 따라 지방자치단체가 출자한 것으로 보는 주식을 포함한다) 수의 비율을 말한다. 이하 이 조에서 같다]을 곱한 금액을 감면한다.  2. 재산세(「지방세법」제112조에 따른 부과액을 포함한다)의 100분의 100에 지방자치단체의 주식소유비율을 곱한 금액을 감면한다.   (2) 지방세특례제한법(2014.1.1. 법률 제12175호로 일부개정된 것)    제85조의2(지방공기업 등에 대한 감면) ①「지방공기업법」에 따라 설립된 지방공사(농수산물공사 및 도시철도공사를 제외한다)에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 2016년 12월 31일까지 지방세를 경감한다.  1. 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 50(100분의 50 범위에서 조례로 따로 정하는 경우에는 그 율)에 지방자치단체의 주식소유비율[해당 지방공사의 발행주식총수에 대한 지방자치단체의 소유주식(「지방공기업법」제53조제4항에 따라 지방자치단체가 출자한 것으로 보는 주식을 포함한다) 수의 비율을 말한다. 이하 이 조에서 같다]을 곱한 금액을 경감한다.  3. 과세기준일 현재 그 고유업무에 직접 사용하는 부동산(「지방공기업법」제2조 제1항 제7호 및 제8호에 따른 사업용 부동산은 제외한다)에 대해서는 재산세(「지방세법」제112조에 따른 부과액을 포함한다)의 100분의 50(100분의 50 범위에서 조례로 따로 정하는 경우에는 그 율)에 지방자치단체의 주식소유비율을 곱한 금액을 경감한다.   부 칙    제1조(시행일) 이 법은 2014년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제34조 제7항의 개정규정은 공포한 날부터 시행한다.    제3조(일반적 적용례) 이 법은 이 법 시행 후 최초로 과세기간이 시작되어 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다.    제6조(일반적 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다.   (3) 지방공기업법    제2조(적용 범위) ① 이 법은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업(그에 부대되는 사업을 포함한다. 이하 같다) 중 제5조에 따라 지방자치단체가 직접 설치·경영하는 사업으로서 대통령령으로 정하는 기준 이상의 사업(이하 "지방직영기업"이라 한다)과 제3장 및 제4장에 따라 설립된 지방공사와 지방공단이 경영하는 사업에 대하여 각각 적용한다.  7. 주택사업  8. 토지개발사업   (4) 경기도 도세 감면조례(2008.12.30. 조례 제3827호로 전부개정된 것)    제27조(지방공사 등에 대한 감면) ①「지방공기업법」에 따라 설립된 지방공사 및 지방공단이 그 고유업무에 직접사용하기 위하여 취득하는 부동산(「지방세법」제112조 제2항에 따른 과세대상의 경우에는 그 부분을 제외한다. 이하 이 조에서 같다)에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 그 법인등기와 구분지상권 설정등기(지하철공사에 한한다)에 대하여는 등록세를 면제하며, 과세기준일 현재 그 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 공동시설세를 면제한다. 다만, 총자산 중 민간출자분 또는 민간출연분이 있는 경우 그 부분에 대하여는 그러하지 아니하다.   부 칙  제1조(시행일) 이 조례는 2009년 1월 1일부터 시행한다.    제2조(유효기간) 이 조례는 2009년 12월 31일까지 적용한다.    제3조(일반적 경과조치) 이 조례 시행당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 도세에 대하여는 종전의 규정에 따른다.   (5)경기도 도세 감면조례(2009.12.31. 조례 제3999호로 일부개정된 것)    제27조(지방공사 등에 대한 감면) ①「지방공기업법」에 따라 설립된 지방공사 및 지방공단이 그 고유업무에 직접사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 그 법인등기와 구분지상권 설정등기(지하철공사에 한한다)에 대하여는 등록세를면제하며, 과세기준일 현재 그 고유업무에 직접사용하는 부동산에 대하여는 공동시설세를 면제한다. 다만, 총자산 중 민간출자분 또는 민간출연분이 있는 경우 그 부분에 대하여는 그러하지 아니하다.   부 칙    제1조(시행일) 이 조례는 2009년 1월 1일부터 시행한다.    제2조(유효기간) 이 조례는 2010년 12월 31일까지 적용한다.    제3조(일반적 경과조치) 이 조례 시행당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 도세에 대하여는 종전의 규정에 따른다.   (6) 경기도 도세 감면조례(2010.12.31. 조례 제4116호로 전부개정 된 것)    제13조(지방공사 등에 대한 감면) ①「지방공기업법」에 따라 설립된 지방공사 또는 지방공단이 그 고유의 업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산과 전동차에 대하여는 취득세를 면제하고, 그 법인등기와 구분지상권 설정등기(지하철공사에 한정한다)에 대하여는 등록면허세를 면제하며, 과세기준일 현재 그 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 「지방세법」제146조 제2항에 따른 지역자원시설세를 면제한다. 다만, 총자산중 민간출자분 또는 민간출연분이 있는 경우 그 부분에 대하여는 그러하지 아니한다.   부 칙    제1조(시행일) 이 조례는 2011년 1월 1일부터 시행한다.    제2조(적용시한) 이 조례는 2011년 12월 31일까지 적용한다.    제3조(일반적 경과조치) 이 조례 시행당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 도세에 대하여는 종전의 규정에 따른다.   (7) 경기도 도세 감면조례(2011.12.26. 조례 제4295호로 전부개정된 것)    감면조례 제13조 지방공사에 대한 감면규정 삭제   부 칙  제1조(시행일) 이 조례는 2012년 1월 1일부터 시행한다.    제2조(적용시한) 이 조례는 2014년 12월 31일까지 적용한다.    제3조(일반적 경과조치) ① 이 조례 시행 당시 종전의 규정에 따라 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다. ② 이 조례 시행 당시 종전의 규정에 따라 감면받은 지방세의 추징에 관하여는 종전의 규정에 따른다.   (8) 경기도 도세 감면조례(2015.3.3. 조례 제4859호로 제정된 것)    부 칙<2015.3.3.>    제1조(시행일) 이 조례는 공포한 날부터 시행한다.    제2조(일반적 적용례) 이 조례는 2015년 1월 1일 이후 최초로 납세의무가 성립하는 경우부터 적용한다.    제3조(일반적 경과조치) 이 조례 시행 전에 종전의 조례에 따라 감면하여 부과하였거나 감면하여야 할 도세에 대해서는 종전의 조례에 따른다.

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