(취소)기업부설연구소로 인정받아 이 건 지점과 공동으로 사용하는 쟁점부대시설(강당, 식당)에 대하여 기업부설연구소의 연구공간면적과 이 건 지점의 전용면적의 비율로 안분한 면적을 기업부설연구소용 부동산으로 보아 취득세 및 재산세 등을 감면하여야 한다는 청구주장의 당부

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(취소)기업부설연구소로 인정받아 이 건 지점과 공동으로 사용하는 쟁점부대시설(강당, 식당)에 대하여 기업부설연구소의 연구공간면적과 이 건 지점의 전용면적의 비율로 안분한 면적을 기업부설연구소용 부동산으로 보아 취득세 및 재산세 등을 감면하여야 한다는 청구주장의 당부

작성자: Tax

조회: 896 등록일: 2020-07-26

조심2016지0407, 2016.12.19.  (세목) 취득세  (결정유형)  취소 【결정요지】부대시설(회의실, 기숙사 등)은 정상적인 연구개발활동을 지원하는 편의시설로서 일반적으로 연구전담요원만이 배타적으로 사용한다고 기대하기 어려운 점에서 연구개발활동에 직접 사용되는 부분도 연구시설로 보아 세제혜택을 부여하는 것이 관계 법령의 입법취지 및 목적을 고려할 때 합목적적인 해석이라 하겠으므로 이 건 취득세 등 및 2014년도·2015년도 재산세 등을 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단되고, 이 건 건축물의 옥탑 역시 기업부설연구소용으로 직접 사용되고 있다고 보는 것이 타당하므로 처분청에서 위 옥탑 전체 면적에 대하여 2014년도 및 2015년도 재산세 등을 부과·고지한 처분은 잘못이 있다고 본다. 【관련법령】 지방세특례제한법 (2013.8.6. 법률 제11999호로 일부개정되기 전의 것) 제46조 【주  문】 OOO의 부과처분은 이를 취소한다. 【이  유】 1. 처분개요  가. 청구법인은 2013.7.8. OOO과 공동으로 사용하는 지하1층 식당 299.82㎡ 및 1층 강당 240.81㎡(이하 “쟁점부대시설”이라 한다)는 기업부설연구소의 부대시설로 구분하고, 이 건 연구소 전용면적 752.43㎡와 쟁점부대시설 면적 540.63㎡ 중 이 건 연구소 전용면적(752.43㎡)과 이 건 지점의 전용면적(1,569.6㎡)의 합계에서 이 건 연구소 전용면적이 차지하는 비율 32.40%를 적용하여 산정한 175.18㎡를 「지방세특례제한법」제46조에 따른 기업부설연구소용 부동산으로 감면신청을 하여 취득세 등 산출세액 OOO을 신고·납부하였다.  나. 처분청은 2014년도 및 2015년도 재산세 과세기준일(6.1.) 현재 청구법인이 소유한 이 건 건축물 중 이 건 연구소 전용면적 752.43㎡(부속토지 포함)과 쟁점부대시설 중 연구소로 사용되는 것으로 안분된 면적 175.18㎡(부속토지 포함)에 대하여 재산세 등을 면제하였다.  다. OOO의 지도점검 결과, 처분청은 이 건 지점과 공동으로 사용되는 쟁점부대시설 전체를 기업부설연구소용 부동산으로 보지 않고 이 건 건축물의 옥탑 32.05㎡를 재산세 과세표준에 포함하여 기 감면세액에 가산세를 포함한 취득세 OOO을 2016.1. 11. 청구법인에게 부과·고지하였다.  라. 청구법인은 이에 불복하여 2016.3.24. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견  가. 청구법인 주장  (1) 청구법인은 2013.9.11. OOO에 따라 기업부설연구소로 직접 사용하는 전용면적의 비율로 안분하여 산정한 부분에 대해서만 감면을 신청한 것이므로 위 유권해석에 반한 처분청의 부과처분은 부당하다.  (2) 설령, 쟁점부대시설이 기업부설연구소용 부동산에 해당하지 않는다 하더라도 청구법인은 이 건 건축물에 대한 취득세 신고 당시 처분청의 세무공무원의 답변 및 위 유권해석에 따라 쟁점부대시설을 안분하여 취득세 등을 신고·납부한 것인바, 청구법인에게 취득세 등의 신고의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다 할 것이므로 이 건 가산세는 취소되어야 한다.  나. 처분청 의견  (1)「지방세특례제한법」제46조 제1항, 같은 법 시행령 제23조 제1항 및 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행규칙」제2조 제1항 제3호의 규정에 의하면 취득세 등이 면제되는 기업부설연구소에 해당되기 위해서는 원칙적으로 해당 공간이 독립된 연구시설로서 소속 연구원이 이를 배타적으로 사용할 수 있는 공간이어야 할 것이고, 다만, 회의실이나 제품전시실이 독립된 연구시설은 아니라고 하더라도 연구원들만의 회의장소로 전용되고 있다거나 제품전시실이 연구결과를 전시하고 연구개발 활동의 비전을 제시하기 위하여 사용되는 등 연구목적으로만 전용되는 공간이라면 이와 같은 시설은 연구시설의 부대시설로서 취득세 등이 면제되는 기업부설연구소에 해당된다고 하겠는바, 쟁점부대시설은 이 건 지점의 직원들과 함께 사용되고 있어 청구법인이 이를 기업부설연구소용에 배타적으로 사용하는 것으로 보기 어렵기 때문에 취득세 감면대상인 기업부설연구소용 부동산으로 볼 수 없다.  (2) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재로서 법령의 부지 또는 오인은 그 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없으며 또한 납세의무자가 세무공무원의 잘못된 설명을 믿고 그 신고납부의무를 이행하지 아니하였다고 하더라도 그것이 관계법령에 어긋나는 것임이 명백한 때에는 그러한 사유만으로는 정당한 사유가 있는 경우에 해당한다고 할 수 없다 하겠는바, 세무공무원의 잘못된 설명에 대한 진위여부를 확인할 수 없고 설령, 처분청 세무공무원의 잘못된 설명이 있었다고하더라도 이는 관계법령에 명백하게 어긋나는 것이므로 이러한 사유만으로는 가산세를 면할 정당한 사유가 있다고 보기 어렵다. 3. 심리 및 판단  가. 쟁점  ① 기업부설연구소로 인정받아 이 건 지점과 공동으로 사용하는 쟁점부대시설(강당, 식당)에 대하여 기업부설연구소 연구면적과 이 건 지점 전용면적의 비율로 안분한 면적을 기업부설연구소용 부동산으로 보아 취득세 및 재산세 등을 감면하여야 한다는 청구주장의 당부  ② 가산세를 면제할만 한 정당한 사유가 있는지 여부  나. 관련 법령 등 : <별지> 기재  다. 사실관계 및 판단  (1) 처분청 및 청구법인이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다.  (가) 청구법인은 OOO로 하고, 기계공업(연마기, 조립기의 각종기계제작), 금속가공 및 조립, 안전면도 제조 및 판매업 등을 목적사업으로 하여 1959.5.21. 설립되었다.  (나) 일반건축물대장에 의하면, 이 건 건축물의 주용도는 교육연구시설(연구소)이고, 연면적은 1,293.06㎡(옥탑 32.05㎡ 제외)이며, 층별 용도 및 면적 등은 아래와 같고, 2013.7.8. 사용승인된 것으로 확인되며, 이 건 지점이 소재한 건축물의 전용면적은 1,569.6㎡으로 나타난다.  (다) 청구법인은 2013.9.4. 이 건 건축물에 대하여 이 건 연구소로 직접 사용되는 2층부터 4층까지(연면적 752.43㎡)는 연구공간으로, 이 건 지점과 공동으로 사용하는 지하1층 식당 299.82㎡ 및 1층 강당 240.81㎡(쟁점부대시설)는 기업부설연구소의 부대시설로 구분하고, 이 건 연구소 전용면적 752.43㎡와 쟁점부대시설면적 540.63㎡ 중 이 건 연구소 전용면적(752.43㎡)과 이 건 지점의 전용면적(1,569.6㎡)의 합에서 이 건 연구소 전용면적이 차지하는 비율 32.40%를 적용하여 산정한 175.18㎡를 「지방세특례제한법」제46조에 따른 기업부설연구소용 부동산으로 감면신청을 하여 취득세 등을 감면받았다.  (라) 처분청은 2016.1.11. 이 건 지점과 공동으로 사용되는 쟁점부대시설 전체를 기업부설연구소용 부동산으로 볼 수 없다 하여 이 건 취득세 등을 부과·고지하였고, 쟁점부대시설 중 연구소로 사용되는 것으로 안분된 면적 175.18㎡(부속토지 포함) 및 옥탑 32.05㎡(부속토지 포함)에 대해서도 재산세 등을 부과·고지하였다.  (마) 한편, 청구법인은 2013.9.11. OOO으로부터 쟁점부대시설을 포함한 이 건 건축물의 공부상 연면적(1,293.06㎡) 전체를 기업부설연구소로 인정받았다.  (바) 청구법인이 이 건 건축물을 취득할 당시부터 쟁점부대시설을 이 건 연구소와 이 건 지점에서 공동으로 사용한 사실에 대해서는 처분청과 청구법인 사이에 다툼이 없다.  (사) 청구법인은 처분청의 공적인 견해표명에 따라 쟁점부대시설을 안분하여 이 건 연구소에 직접 사용되는 부분에 대해서만 취득세 등의 감면을 신청한 것이므로 가산세를 면제할 정당한 사유가 있다고 주장하며 처분청의 세무공무원과 주고받은 전자우편(작성일자 2013.8.30., 2013.9.24.)을 증빙으로 제출하였다.  (2)「지방세특례제한법」제46조에서 “대통령령으로 정하는 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를, 과세기준일 현재 기업부설연구소용에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세를 각각 2014년 12월 31일까지 면제한다”고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제23조 제1항에서 법 제46조에서의 “대통령령의 정하는 기업부설연구소”란 토지 또는 건축물을 취득한 후 4년 이내에 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」제14조 제1항 제2호에 따른 기준을 갖춘 연구소로서 같은 법 시행령 제16조에 따라 미래창조과학부장관에게 신고하여 인정을 받은 것을 말한다고 규정하고 있다.  (3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.  (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 처분청은 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행규칙」제2조 제1항 제3호에서 부대시설이란 “기업부설연구소의 연구개발활동을 위하여 제작한 구축물과 연구전담요원 등이 전용으로 사용하는 회의실, 기숙사 등 연구개발활동에 필요한 편의시설로서 기업부설연구소의 주소지에 있는 것”으로 규정하고 있어 연구소 부대시설이 감면대상이 되기 위해서는 연구원들만이 배타적으로 사용하여야 한다는 의견이나, 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령」제2조 제6호에서 “연구시설”이란 연구개발활동을 위하여 배타적으로 사용하는 독립된 연구공간과 연구개발활동에 직접 사용하는 연구기자재 및 부대시설을 말한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행규칙 제2조 제1항 제1호 가목에서 연구공간에 대하여 고정벽체와 별도의 출입문으로 다른 부서와 구분하여 독립적인 공간을 확보하도록 규정하고 있는바, 연구개발활동을 하는 연구공간이 연구시설로 인정받기 위해서는 연구전담요원이 배타적으로 사용하여야 한다고 해석하는 것이 타당하나, 부대시설(회의실, 기숙사 등)은 정상적인 연구개발활동을 지원하는 편의시설이고, 그 시설은 일반적으로 연구전담요원만이 배타적으로 사용한다고 기대하기 어려운 점에서 동 요원이 독점적이고 배타적으로 이용하는 부대시설에 대해서만 연구시설로 보기보다는 연구개발활동을 위해서 직접 사용하는 사실이 객관적으로 확인된다면 합리적으로 안분하여 연구개발활동에 직접 사용되는 부분에 대해서는 연구시설로 보아 세제 혜택을 부여하는 것이 관계 법령의 입법 취지 및 목적을 고려할 때 합목적적이라 하겠다.  쟁점부대시설을 포함한 이 건 건축물 전체(옥탑 32.05㎡ 제외)가 기업부설연구소로 인정받은 점, 연구전담요원이 쟁점부대시설을 직접 사용하고 있는 것에 대하여 다툼이 없는 점, 쟁점부대시설에 대하여 이 건 연구소 전용면적(752.43㎡)과 이 건 지점 전용면적(1,569.6㎡)의 합계에서 전자가 차지하는 비율(32.40%)을 적용하여 산출한 면적(175.18㎡)을 연구개발활동에 직접 사용되는 부대시설로 보아야 한다는 청구주장이 합리적인 점 등에 비추어 이 건 지점과 공동으로 사용되는 쟁점부대시설을 기업부설연구소용 부동산으로 볼 수 없다 하여 이 건 취득세 등 및 2014년도·2015년도 재산세 등을 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.  (나) 또한, 기업부설연구소로 인정받은 전용부분의 정상적인 이용을 위해서는 공용부분의 이용이 필수적이므로 공용부분인 옥탑(32.05㎡) 중 이 건 건축물의 전체 전용면적(1,293.06㎡)에서 기업부설연구소용으로 인정받은 전용면적(이 건 연구소의 전용면적 752.43㎡ 및 쟁점부대시설의 전용면적 중 175.18㎡)이 차지하는 비율(71.74%)에 해당하는 면적(22.99㎡) 역시 기업부설연구소용으로 직접 사용되고 있다고 보는 것이 타당하다 하겠는바, 처분청이 옥탑 전체면적에 대하여 2014년도 및 2015년도 재산세 등을 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.  (다) 쟁점①을 인용함에 따라 쟁점②는 심리의 실익이 없으므로 생략한다. 4. 결 론  이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 ·지방세기본법· 제123조 제4항과 ·국세기본법· 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

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