대도시내 설립 후 5년 경과 법인이 해산등기후 휴면상태에 있다가 회사계속등기를 하면서 상호?목적사업 등의 변경등기를 한 경우 이를 새로운 대도시내 법인설립으로 보고 이로부터 5년 이내의 대도시내 부동산등기에 대하여 중과세율을 적용하여 산출한 등록세를 부과 고지한 것이 적법한지 여부

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심판(심사)사례

대도시내 설립 후 5년 경과 법인이 해산등기후 휴면상태에 있다가 회사계속등기를 하면서 상호?목적사업 등의 변경등기를 한 경우 이를 새로운 대도시내 법인설립으로 보고 이로부터 5년 이내의 대도시내 부동산등기에 대하여 중과세율을 적용하여 산출한 등록세를 부과 고지한 것이 적법한지 여부

작성자: Tax

조회: 6781 등록일: 2013-01-25

[ 조심2008지0508 (2008.08.26) 등록세 기각]  [관련법령]  지방세법 제131조【부동산등기의 세율】 / 지방세법 제138조【대도시 지역내 법인등기등의 중과】    
[주    문] 
  
심판청구를 기각합니다. 
  
[이    유] 
 1. 처분 개요 
  
 가. 1994.1.13. 상호를 (주)OOOOOOO으로, 본점 소재지를 서울특별시 OOO OOO OOOOO번지로, 목적사업을 실내외장식업, 건축공사업등으로 하여 설립된 법인[1997.4.21. (주)OOOO으로, 1997.5.13. 목적사업을 수출입업, 잡화제품 판매업, 비철금속 판매업 등으로, 본점 소재지를 서울특별시 OOOO OOO OOOOO번지로 변경등기, 이하 “종전법인”이라 한다]이 사업을 영위하다가 2002.12.4. 해산하고 이에 관한 등기를 하였고, 그 후 2004.7.2. 회사계속등기를 하면서 상호를 (주)OOOOO(이하 “청구인”이라 한다)로, 목적사업을 주택건설업, 부동산개발업 등으로 변경한 다음 2004.10.21. 서울특별시 OOOO OOO OOOOOO번지 대지 330.6㎡외 4필지 합계 2,839.7㎡(이하 “이 사건부동산”이라 한다)를 취득하고 같은 날 그 취득가액(31,249,000,000원)에 구 지방세법(2005.1.5. 법률 제7332호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제131조제1항의 일반세율을 적용하여 산출한 등록세 937,470,000원, 지방교육세 187,494,270원, 합계 1,124,964,000원을 신고하고 납부하였다. 
  
 나. 그 후 처분청은 종전법인의 회사계속등기일인 2004.7.2.에 대도시내에서 새로운 법인(청구인)의 설립등기가 된 것으로 보고 이로부터 5년 이내에 이루어진 대도시내 이 사건 부동산등기가 구 지방세법 제138조제1항제3호의 규정에 의한 대도시내 법인설립 후 5년 이내에 취득하는부동산등기에 해당되는 것으로 판단하여 이 사건 부동산 취득가액에서구 지방세법 제138조제1항 본문 단서 및 구 지방세법시행령(2005.1.5. 대통령령 제18669호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제101조제1항제5호의 규정에 의한 등록세 중과세대상의 예외업종인 주택건설용으로 공여되는 부분을 제외한 부분(31.04%)에 대하여 안분계산한 가액(9,699,689,600원)에 구 지방세법 제138조제1항의 중과세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 신고납부한 세액을 차감한 등록세 893,050,400원, 지방교육세 166,970,440원, 합계 1,060,020,840원(가산세 포함)을 2007.11.15. 청구인에게 부과 고지하였다. 
  
 다. 청구인은 이에 불복하여 2008.2.11. 서울특별시장에게이의신청을 하고,2008.3.20. 기각결정통보를 받은 후 2008.6.16. 이 사건 심판청구를 제기하였다. 
  
2. 청구인 주장 및 처분청 의견 
  
 가. 청구인 주장 
  
  (1) 주식회사는 기본적으로 설립등기를 마침으로써 성립하고 회사로서의 법인격을 취득하는 것이므로 이러한 법인이 영업활동을 하지 아니하였다 하더라도 당해 법인의 법인격 자체가 소멸하지 아니하는 한 당해 법인의 설립일은 당초 설립등기일이 되는 것으로, 폐업한 법인이 영업을 재개하여 활동하는 경우에도 이때 새로이 법인이 설립되었다고 볼 수는 없는 것이라 하겠고, 주식회사는 주식의 양도·양수가 자유로이 허용되고, 주주총회 등을 통하여 회사의 정관, 목적사업, 자본금 등의 변경이 가능하며, 임원이나 본점은 임기만료나 필요에 따라 상시적으로 변경되는것이므로 이러한 인적·물적변경이 법률의 규정에 따라 이루어진 이상이로 인하여 회사의 동일성이 상실된다고 볼 수도 없다 할 것이며, 
  
  (2) 또한, 법인 또는 개인이 새로이 사업활동을 개시하기 위하여 새로이 회사를 설립할 것인지 아니면 기존에 설립되어 있던 회사 자체에 대한 지배권을 취득할 수 있는 주식을 양수하는 방식을 취할 것인지는 그 목적달성의 효율성, 조세 등 관련비용의 부담정도 등을 고려하여 스스로 선택할 사항이므로 이들이 어느 한 가지 방식을 선택하여 상법상 법률관계를 형성하였다면 처분청으로서는 특별한 사정이 없는 한 당사자들이 선택한 법률관계를 존중하여 그 조세의 내용이나 범위는 그 법률관계에 맞추어 개별적으로 결정하여야 하는 것이고, 더구나 2005년도까지의 구 행정자치부 질의회신에서도 법인설립 후 휴면상태로 있었다 하더라도 당초 설립등기일부터 5년이 경과하여 이루어진 부동산등기는 등록세 중과세대상에 해당되지 아니한다고 하고 있으므로, 
  
  비록 2002.12.4. 해산등기 후 휴면상태에 있던 종전법인이 2004.7.2. 회사계속등기를 하면서 상호, 목적사업, 본점 소재지, 대표이사와 임원 등을 모두 변경하였다 하더라도 청구인의 법인설립일은 당초 종전법인의 법인설립등기일인 1994.1.13.이 되는 것이고, 이로부터 5년이 경과한 후에 이 사건 부동산 취득에 따른 소유권이전등기를 하였으므로 구 지방세법 제138조제1항의 규정에 의한 등록세 중과세대상에서 제외되는 것이라 할 것임에도, 등록세 중과세율을 소급하여 적용한 것은 납세의무자가 예측하기 어려운 일관성 없는 법 집행일 뿐만 아니라 조세법률주의의 원칙에 어긋나는 것이므로, 이 사건 등록세 등을 부과 고지한 것은 부당하다. 
  
나. 처분청 의견 
  
   종전법인인 (주)OOOO은 1994.1.13. 수출입업, 잡화제품 판매업 및 비철금속 판매업, 섬유류 제조판매업 등을 목적사업으로, 서울특별시 OOO OOO OOOOO번지를 본점 소재지로 하여 설립등기되었다가 2002.12.4. 상법 제520조의2제1항의 규정에 의하여 해산으로 말소등기 되었고, 그 후 2004.7.2. 휴면상태에 있던 종전법인을 계속등기한 다음 법인명을 (주)OOOOO로, 목적사업을 주택건설업, 부동산개발업, 주택 및 일반건축물 분양업·임대업, 부동산투자전문업 등으로 변경등기하였으며, 그 외 본점소재지, 대표이사를 포함한 임원 등을 모두 변경한 사실로 비추어 볼 때, 청구인은 종전법인과의 동일성을 인정할 수 없을 뿐만 아니라 종전법인을 승계하였다고 볼 수도 없고, 그 경제적 실질을 달리하고 있다 하겠으므로,회사계속등기일인 2004.7.2. 실질적으로 새로운 법인의 설립일로 보아 이로부터 5년 이내인2007.10.21. 이루어진이 사건 부동산등기에 대하여 등록세 중과세율을적용하여 산출한 이 사건 등록세 등을 부과 고지한 것은 적법하다. 
  
3. 심리 및 판단 
  
 가. 쟁  점 
  
   대도시내 설립 후 5년 경과 법인이 해산등기후 휴면상태에 있다가회사계속등기를 하면서 상호·목적사업 등의 변경등기를 한 경우 이를새로운 대도시내 법인설립으로 보고 이로부터 5년 이내의 대도시내 부동산등기에 대하여 중과세율을 적용하여 산출한 등록세를 부과 고지한 것이 적법한지 여부 
  
 나. 관련 법령 
  (1) 구 지방세법 제131조【부동산등기의 세율】① 부동산에 관한 등기를 받을 때에는 다음 각호의 표준세율에 의하여 등록세를 납부하여야 한다. 
3. 제1호 및 제2호 이외의 원인으로 인한 소유권의 취득 
(2) 기타 
  부동산가액의 1,000분의 30 
  
  구 지방세법 제138조【대도시 지역내 법인등기등의 중과】① 다음 각호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 한다. 다만, 수도권정비계획법 제6조제1항제1호의 규정에 의한 과밀억제권역(산업집적활성화및공장설립에관한법률의 적용을 받는 산업단지를 제외한다. 이하 이 조에서 “대도시”라 한다)안에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령이 정하는 업종과 법인이 사원에게 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 대통령령이 정하는 주거용부동산에 관한 등기 및 외국인투자촉진법에 의한 외국인투자기업이 2003년 12월 31일까지 행하는 공장의 신설 또는 증설에 따른 부동산등기(외국인투자비율에 해당하는 부동산의 등기에 한한다)에 대하여는 그러하지 아니하다. 
3. 대도시내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기 
③ 제1항의 규정에 의한 등록세 중과세의 범위와 적용기준 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정하고, 제1항제4호의 규정에 의한 공장의 범위와 적용기준은 행정자치부령으로 정한다. 
  
  (2) 구 지방세법시행령(2005.1.5. 대통령령 제18669호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제101조【대도시내 법인 중과세의 예외】① 법 제138조제1항 단서에서 “대통령령이 정하는 업종”이라 함은 다음 각호에 해당하는 업종을 말한다. 
5. 해외건설촉진법의 규정에 의하여 신고된 해외건설업(당해연도에 해외건설실적이 있는 경우의 해외건설에 직접 사용하는 사무실용 부동산에 한한다) 및 주택법 제9조의 규정에 의하여 건설교통부에 등록된 주택건설사업(주택건설용으로 취득·등기하는 부동산에 한하며, 부동산을 취득한 후 3년 이내에 주택건설에 착공하는 경우에 한한다) 
  
  구 지방세법시행령 제102조【대도시내 법인등 중과세의 범위와 적용기준】② 법 제138조제1항제3호에서 “법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기”라 함은 당해 법인 또는 지점등이 그 설립·설치·전입(수도권의 경우 서울특별시외의 지역에서 서울특별시내로의 전입은 대도시내로의 전입으로 본다. 이하 이 조에서 같다)이전에 취득하는 일체의 부동산등기(채권을 보전하거나 행사할 목적으로 하는 부동산등기를 제외한다. 이하 이 조에서 같다)를 말하며, “그 설립·설치·전입이후의 부동산등기”라 함은 법인 또는 지점등이 설립·설치·전입이후 5년이내에 취득하는 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용을 불문한 일체의 부동산등기를 말한다. 이 경우 일체의 부동산등기에는 공장의 신설·증설, 공장의 승계취득, 당해 대도시내에서의 공장의 이전 및 공장의 업종변경에 따르는 부동산취득등기를 포함하며, “지점등”이라 함은 행정자치부령이 정하는 사무소 또는 사업장을 말한다. 
⑧ 법인이 제101조제1항 각호에서 규정한 업종(이하 이 조에서 “중과제외업종”이라 한다)과 중과대상업종을 겸업하는 경우로서 법 제138조제1항제1호 및 제2호의 등기에 따른 등록세의 과세표준이 구분되지 아니하는 경우 당해 법인에 대한 등록세는 직전사업연도(중과제외업종이 신설되는 경우에는 당해 사업연도)의 당해 법인의 총매출액에서 중과제외업종과 중과대상업종의 매출액이 차지하는 비율에 따라 안분하여 과세한다. 다만, 매출액이 없는 경우에는 유형고정자산가액의 비율에 의한다. 
  
  (3) 상법 제172조【회사의 성립】회사는 본점소재지에서 설립등기를 함으로써 성립한다. 
  
  상법 제227조【해산원인】회사는 다음의 사유로 인하여 해산한다. 
1. 존립기간의 만료 기타 정관으로 정한 사유의 발생 
2. 총사원의 동의 
3. 사원이 1인으로 된 때 
4. 합병 
5. 파산 
6. 법원의 명령 또는 판결 
  
  상법 제228조【해산등기】회사가 해산된 때에는 합병과 파산의 경우외에는 그 해산사유가 있은 날로부터 본점소재지에서는 2주간내, 지점소재지에서는 3주간내에 해산등기를 하여야 한다. 
  
  상법 제229조【회사의 계속】① 제227조제1호와 제2호의 경우에는 사원의 전부 또는 일부의 동의로 회사를 계속할 수 있다. 그러나 동의를 하지 아니한 사원은 퇴사한 것으로 본다. 
② 제227조제3호의 경우에는 새로 사원을 가입시켜서 회사를 계속할 수 있다. 
③ 전2항의 경우에 이미 회사의 해산등기를 하였을 때에는 본점소재지에서는 2주간내, 지점소재지에서는 3주간내에 회사의 계속등기를 하여야 한다. 
④ 제213조의 규정은 제2항의 신입사원의 책임에 준용한다. 
  
  상법 제433조【정관변경의 방법】① 정관의 변경은 주주총회의 결의에 의하여야 한다. 
② 정관의 변경에 관한 의안의 요령은 제363조의 규정에 의한 통지와 공고에 기재하여야 한다. 
  
  상법 제434조【정관변경의 특별결의】제433조제1항의 결의는 출석한 주주의 의결권의 3분의 2 이상의 수와 발행주식총수의 3분의 1 이상의 수로써 하여야 한다. 
  
  상법 제517조【해산사유】주식회사는 다음의 사유로 인하여 해산한다. 
1. 제227조제1호, 제4호 내지 제6호에 정한 사유 
1의2. 제530조의2의 규정에 의한 회사의 분할 또는 분할합병 
2. 주주총회의 결의 
  
  상법 제518조【해산의 결의】해산의 결의는 제434조의 규정에 의하여야 한다. 
  
  상법 제519조【회사의 계속】회사가 존립기간의 만료 기타 정관에 정한 사유의 발생 또는 주주총회의 결의에 의하여 해산한 경우에는 제434조의 규정에 의한 결의로 회사를 계속할 수 있다. 
  
  상법 제520조의2【휴면회사의 해산】① 법원행정처장이 최후의 등기후 5년을 경과한 회사는 본점의 소재지를 관할하는 법원에 아직 영업을 폐지하지 아니하였다는 뜻의 신고를 할 것을 관보로써 공고한 경우에, 그 공고한 날에 이미 최후의 등기후 5년을 경과한 회사로써 공고한 날로부터 2월 이내에 대통령령이 정하는 바에 의하여 신고를 하지 아니한 때에는 그 회사는 그 신고기간이 만료된 때에 해산한 것으로 본다. 그러나 그 기간내에 등기를 한 회사에 대하여는 그러하지 아니하다. 
② 제1항의 공고가 있는 때에는 법원은 해당 회사에 대하여 그 공고가 있었다는 뜻의 통지를 발송하여야 한다. 
③ 제1항의 규정에 의하여 해산한 것으로 본 회사는 그 후 3년 이내에는 제434조의 결의에 의하여 회사를 계속할 수 있다. 
④ 제1항의 규정에 의하여 해산한 것으로 본 회사가 제3항의 규정에 의하여 회사를 계속하지 아니한 경우에는 그 회사는 그 3년이 경과한 때에 청산이 종결된 것으로 본다. 
  
 다. 사실관계 및 판단 
  
  (1) 종전법인인 (주)OOOOOOO은 본점 소재지를 서울특별시 OOO OOO OOOOO번지로 하고, 목적사업을 실내외 장식업, 건축공사업, 광고물 제작 설치업, 가구설계 및 제작업 등으로 하여 1994.1.13. 설립등기를 하였고, 그 후 1997.4.21. 상호를 (주)OOOO으로, 본점 소재지를 서울특별시 OOO OOO OOOOO번지로, 목적사업에 수출입업(섬유류), 섬유류 제조판매업, 건강식품 판매업, 비철금속제조판매업 등을 추가하는 변경등기를 하였다가 1997.5.13. 본점 소재지를 서울특별시 OOOO OOO OOOOO번지로, 목적사업을 수출입업(잡화, 섬유류 등), 건축공사업, 잡화제품(악세사리, 벨트, 지갑류 등) 판매업, 광고물 제작 설치업, 가구설계 및 제작업, 비철금속판매업 등으로 하는 변경등기를 한 다음 사업을 영위하다가 2002.12.4. 상법 제520조의2 제1항의 규정에 의하여 해산하고 이에 관한 등기를 하였다. 
  
  (2) 그 후 종전법인은 2004.7.2. 회사계속등기를 하면서 같은 날 상호를 (주)OOOOO로, 목적사업을 주택건설업, 부동산개발업, 주택 및 일반건축물 분양업·임대업, 부동산 투자 전문업, 부동산 개발 대행업, 리모델링 및 레노베이션, 건축 및 부동산 컨설팅 등으로, 본점 소재지를 서울특별시 OOO OOOO OOOOOO번지 OOOOOO O층으로, 종전법인의 해산으로 말소된 이사와 감사를 유OO과 박OO으로 하는 변경등기를 하였고, 2004.7.14. 업태와 종목을 부동산과 부동산개발로 하는 사업자등록(등록번호 OOOOOOOOOOOO)을 한 후 2004.10.21 이 사건 부동산 취득에 따른 소유권이전등기를 하였다. 
  
  (3) 구 지방세법 제138조제1항제3호, 같은법시행령 제102조제2항에서 말하는 대도시내에서의 법인의 설립에서의 설립이 반드시 등기형식에 있어서의 설립등기만을 의미하는 것으로 볼 수는 없고, 설사 변경등기의 형식을 취하였다고 하더라도 이를 실질에 있어 설립등기와 같은 것으로 볼 수 있는 경우에는 위 조항의 법인의 설립으로 보는 것이 오히려 실질과세의 원칙에도 더 부합된다는 점, 비록 법인설립등기는 없었지만 법인격이 계속 유지된 것을 제외하면 동일성을 찾을 수 없을 정도로 변경됨으로서 새로운 법인이 설립된 것과 실질적으로 아무런 차이가 없다는 점에서 중과세 취지에 따라 이러한 인수행위 및 조직변경에 관하여 등록세를 중과세함이 합당하다는 점(서울고등법원 2007.12.4. 선고 2007누12691 판결 참조)에 비추어 볼 때, 휴면법인을 주식을 통해 인수한 경우의 법인설립일을 기존 휴면법인설립일로 보지 않고 인수하여 등기부상 제반사항을 변경함과 동시에 회사계속등기한 경우는 그 계속등기일로 보는 것이 실질과세의 원칙상 타당하다 할 것으로, 
  
  (4) 2002.12.4. 해산등기된 종전법인이 2004.7.2. 회사계속등기를 하면서 상호, 본점소재지, 대표이사, 임원과 목적사업을 모두 변경한 다음 2004.7.14. 사업자등록을 한 사실로 볼 때, 청구인이 회사설립등기를 하지 않고 종전법인의 주식을 인수함으로써 당초 종전법인의 법인격이 유지되었다 하더라도 종전법인의 상호, 본점 소재지, 목적사업, 임원 등을 모두 변경한 이상, 종전법인과 청구인은 동일성을 찾을 수 없을 정도로 변경되었다 하겠고, 그렇다면 종전법인의 회사계속등기일인 2004.7.2. 대도시내에서 실질적인 법인설립행위가 있었다고 보아야 하겠으므로, 이로부터 5년 이내인 2004.10.21. 이루어진 청구인의 이 사건 부동산등기는 대도시내 법인설립 후 5년 이내의 부동산등기에 해당되어 구 지방세법 제138조제1항의 규정에 의한 등록세 중과세대상이라 할 것이다(조세심판원 심판결정 조심2008지274, 2008.7.25. 참조). 
  
  한편, 구 행정자치부장관의 질의회신은 전국적으로 통일적인 세정운영을 위하여 특별히 지침적인 성격으로 발할 경우와 단지 납세자의 질의에 따라 회신하는 경우가 있는데, 후자의 경우는 개별적인 질의에 대한 의견이므로 그 의견은 추후 공신력 있는 심판기관 등에 의하여 달리 내려질 수 있는 것일 뿐만 아니라 구 행정자치부장관과 처분청이 청구인에게 이에 대하여 과세하지 않겠다는 공적인 견해표명을 한 사실도 없으므로 이를 새로운 해석에 의한 소급과세금지규정에 위배된 것으로 인정하기도 어렵다 하겠다. 
  
   따라서 처분청이 이 사건 등록세 등을 청구인에게 부과 고지한 것은 잘못이 없는 것으로 판단된다. 
  
4. 결  론 
  
   이 사건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유 없으므로 지방세법 제77조제5항과 국세기본법 제81조 및 제65조제1항제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

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