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(취소)청구법인이 이 건 토지를 해당 용도에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있는지 여부

작성자: Tax

조회: 1016 등록일: 2020-07-26

조심2016지0053, 2016.12.2.  (세목) 취득세  (결정유형)  취소 【결정요지】  매매계약을 합의해제하고 이 건 토지를 원소유자에게 반환하였다면, 청구법인이 이 건 토지를 영농에 직접 사용할「지방세특례제한법」상의 의무는 소멸하였다 할 것이고 이는 고유목적에 사용하지 못함에 정당한 사유가 있는 경우에 해당한다. 【관련법령】 지방세특례제한법(2012.3.21., 법률 제11397호로 개정되기 전의 것) 제11조 제1항 및 제94조 제1호 【주  문】 OOO의 부과처분은 이를 취소한다. 【이  유】 1. 처분개요   가.청구법인은2012.3.14. OOO를 취득(현물출자)하고, 「지방세특례제한법」(2012.3.21., 법률 제11397호로 개정되기 전의 것) 제11조 제1항의 영농조합법인이 영농에 사용하기 위하여 법인설립등기일부터 2년 이내에 취득하는 부동산으로 감면 신청하여 취득세 등을 면제받았다.   나. 처분청은 2014년 9월 청구법인에 대한 세무조사 결과, 청구법인이 2012.5.31. 합의해제를 원인으로 이 건 토지의 소유권을 말소등기하였음을 확인하고 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각·증여한 것으로 보아, 이 건 토지 취득가액을 과세표준으로 하고 「지방세법」제11조 제1항 제7호 및 제13조 제2항 제1호의 규정을 적용하여 산출한 취득세 OOO을 2015.3.4. 청구법인에게 부과·고지하였다.   다. 청구법인은 이에 불복하여 2015.5.26. 이의신청을 거쳐 2015.11.16. 심판청구를 제기하였다.     2. 청구법인 주장 및 처분청 의견    가. 청구법인 주장   (1) 주위적 청구로서, 청구법인은 이 건 토지의 목적사업 사용을 위해 매립허가를 OOO의 동의가 없음을 이유로 이를 거부하였고, 이로 인해 유리온실 및 창고 설치도 불가능(계약 파기)해졌는바, 청구법인은 영농에 사용할 목적으로 현물출자를 받은 지 75일만인 2012.5.30. 이사회의 결의에 따른 합의해제에 의하여 이 건 토지의 소유권을 출자자에게 원상회복(계약취소로 계약이 소급적으로 무효가 되어 등기가 말소된 경우에 해당)한 것으로서 일반적인 유상취득이나 무상취득에 의한 합의에 의한 계약해제와 다르므로, 「지방세특례제한법」제94조에서 규정하는 추징사유에서 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 이 건 토지를 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하였다고 볼 수도 없고, 현재까지 소유자와 관계없이 농지로 계속 사용하고 있으므로 다른 용도로 사용하는 경우도 아니다.   또한, 이 건 토지를 출자자에게 반환한 것은 현물출자계약서의 특약사항에 따라 출자자에게 원상회복하여 반환한 것이므로 심판원 선결정례에서 인용한 판례에 따라 이 건 취득세 등을 과세할 수 없다.    (2) 예비적 청구로서, 이 건 토지는 취득(현물출자) 당시 개별공시지가가 OOO은 공식적으로 감정평가법인 등으로부터 평가를 받지 않은 근거가 없는 금액으로서, 이 건 토지의 개별공시지가에 향후 설치될 유리온실과 농업용 물류창고 등 부대시설의 설치비용을 예상하여 결정한 금액에 불과하고, 관련하여 출자증권을 발행하지도 않았으며, 법인장부도 제시하지 못한 현물출자가액을 과세표준으로 한 것은 부당하므로 이 건 토지의 시가표준액에 따라 취득세 등을 부과하여야 한다.    나. 처분청 의견   (1) 취득세의 조세채권은 그 취득행위라는 과세요건 사실의 존재로 당연히 발생하고, 일단 취득한 다음에는 합의에 의하여 계약을 해제하고 그 재산을 반환하는 경우에도 이미 성립한 조세채권의 행사에 영향을 줄 수 없다 할 것이며, 청구법인은 이 건 토지 취득 후 유예기간 내에 합의해제를 원인으로 이 건 토지에 대한 청구법인의 소유권이전등기를 말소하였으므로 당해 소유권이전등기를 말소한 시점에서 감면한 취득세 등의 추징요건이 성립되었다 할 것인바, 청구법인이 이 건 토지를 취득할 당시 영농을 위한 사업추진을 위하여 취득세 등을 감면 받은 이상 그 정해진 유예기간 동안에는 반드시 해당 목적으로 사용하여야 하고, 청구법인은 유예기간 동안 해당 목적에 이용하지 아니한 상태에서 이 건 토지에 대한 소유권이전이 확인되는 이상 이 건 취득세 등의 부과처분은 정당하며, 자금사정 등으로 인해 현물출자계약을 합의해제 하여 소유권을 원상회복한 것은 청구법인의 내부적 사정으로, 법령에 의한 금지·제한 등 청구법인이 마음대로 할 수 없는 오로지 외부적 사유에 해당된다고 보기는 어려운 점 등에 비추어,    이 건 토지의 경우 추징이 제외되는 유예기간내에 사용하지 못한 정당한 사유에 해당된다고 보기 어렵고, 청구법인이 제시한 조심 2013지307에서 인용한 대법원 판례는 소유권이전등기의 원인이었던 양도계약을 소급적으로 실효시키는 합의해제 약정에 기초하여 소유권이전등기를 말소하는 원상회복 조치의 결과로 양도인이 다시 소유권을 취득한 것은 부동산 취득이 아니므로 취득세를 부과하지 아니한다는 것으로, 출자계약서 특약사항에 청구법인의 사업이 예정대로 진행되지 않을 경우 토지를 반환하기로 약정하고 이사회의 반환결정에 따라 출자자에게 소유권을 원상회복하였다 하더라도 당초 적법하게 체결한 현물출자계약에 따라 한 이 건 토지의 취득이 무효라고 볼 수 없으므로 이미 성립한 취득세 납세의무에 영향을 미칠 수 없다.    (2) 「지방세법」제10조 제1항 및 제2항에서 취득세의 과세표준은 취득 당시의 가액으로서 취득자가 신고한 가액으로 하며, 다만 신고 또는 신고가액이 없거나 시가표준액보다 적을 때 시가표준액으로 하도록 규정하고 있고, 같은 법 제10조 제5항에서는 법인장부에서 취득가격이 증명되는 취득은 사실상의 취득가격을 과세표준으로 한다고 규정하고 있는바, 청구법인의 정관, 이사회 의사록, 토지 출자 계약서에 따르면 이 건 토지의 출자금액 산정은 인근의 최근 거래 허가 및 거래 금액을 참고하여 산출한 금액으로 결정하고 승인하여 성립된 것으로서, 청구법인의 이 건 토지에 대한 사실상 취득가액이 감정평가서 등 객관적인 증거서류에 의해 작성한 법인장부에 의해 증명되지 않는 이상, 청구법인이 신고한 출자금액과 시가표준액 중 높은 금액인 출자금액을 과세표준으로 한 취득세 등의 부과처분은 적법하다.     3. 심리 및 판단    가. 쟁 점   ① 청구법인이 이 건 토지를 해당 용도에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있는지 여부   ② 청구법인이 영농에 사용할 목적으로 현물출자한 토지에 대하여 계약을 합의해제하여 원소유자에게 소유권이 환원된 경우 기 면제된 취득세의 추징대상에 해당되는지 여부   ③ 이 건 취득세 등의 과세표준을 이 건 토지의 현물출자가액으로 한 것은 부당하다는 청구주장의 당부    나. 관련 법률    (1) 지방세특례제한법(2012.3.21. 법률 제11397호로 개정되기 전의 것) 제11조 [농업법인에 대한 감면] ① 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」제16조에 따른 영농조합법인과 같은 법 제19조에 따른 농업회사법인(이하 이 조에서 “농업법인”이라 한다)이 영농에 사용하기 위하여 법인설립등기일부터 2년 이내에 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를, 농업법인의 설립등기에 대하여는 등록면허세를 각각 2012년 12월 31일까지 면제한다. 제94조 [감면된 세액의 추징 등] 부동산에 대한 감면을 적용할 때 이 법에서 특별히 규정한 경우를 제외하고는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당부분에 대하여는 감면된 취득세를 추징한다.  1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우  2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우    (2) 지방세법 제7조 [납세의무자 등] ① 취득세는 부동산, 차량, 기계장비, 항공기, 선박, 입목, 광업권, 어업권, 골프회원권, 승마회원권, 콘도미니엄 회원권 또는 종합체육시설 이용회원권(이하 이 장에서 “부동산등”이라 한다)을 취득한 자에게 부과한다. ② 부동산등의 취득은 「민법」, 「자동차관리법」, 「건설기계관리법」, 「항공법」, 「선박법」, 「입목에 관한 법률」, 「광업법」 또는「수산업법」 등 관계 법령에 따른 등기·등록 등을 하지 아니한 경우라도 사실상 취득하면 각각 취득한 것으로 보고 해당 취득물건의 소유자 또는 양수인을 각각 취득자로 한다. 다만, 차량, 기계장비, 항공기 및 주문을 받아 건조하는 선박은 승계취득인 경우에만 해당한다.   제11조 [부동산 취득의 세율] ① 부동산에 대한 취득세는 제10조의 과세표준에 다음 각 호에 해당하는 표준세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다.  7. 그 밖의 원인으로 인한 취득  가. 농지 : 1천분의 30  나. 농지 외의 것 : 1천분의 40   제13조 [과밀억제권역 안 취득 등 중과] ② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산을 취득하는 경우의 취득세는 제11조 제1항의 표준세율의 100분의 300에서 중과기준세율의 100분의 200을 뺀 세율을 적용한다. 다만, 제11조 제1항 제8호에 해당하는 주택을 취득하는 경우의 취득세는 같은 조 제1항의 표준세율과 중과기준세율의 100분의 200을 합한 세율을 적용하고, 「수도권정비계획법」 제6조에 따른 과밀억제권역(「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」을 적용받는 산업단지는 제외한다. 이하 이 조에서 “대도시”라 한다)에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령으로 정하는 업종(이하 이 조에서 “대도시 중과 제외 업종”이라 한다)에 직접 사용할 목적으로 부동산을 취득하거나, 법인이 사원에 대한 분양 또는 임대용으로 직접 사용할 목적으로 대통령령으로 정하는 주거용 부동산(이하 이 조에서 “사원주거용 목적 부동산”이라 한다)을 취득하는 경우의 취득세는 제11조에 따른 해당 세율을 적용한다.  1. 대도시에서 법인을 설립[대통령령으로 정하는 휴면(休眠)법인(이하 “휴면법인”이라 한다)을 인수하는 경우를 포함한다. 이하 이 호에서 같다]하거나 지점 또는 분사무소를 설치하는 경우 및 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소를 대도시로 전입함에 따라 대도시의 부동산을 취득(그 설립·설치·전입 이후의 부동산 취득을 포함한다)하는 경우   제10조 [과세표준] ② 제1항에 따른 취득 당시의 가액은 취득자가 신고한 가액으로 한다. 다만, 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 그 신고가액이 제4조에서 정하는 시가표준액보다 적을 때에는 그 시가표준액으로 한다. ⑤ 다음 각 호의 취득(증여·기부, 그 밖의 무상취득 및 「소득세법」제101조 제1항 또는 「법인세법」제52조 제1항에 따른 거래로 인한 취득은 제외한다)에 대하여는 제2항 단서 및 제3항 후단에도 불구하고 사실상의 취득가격 또는 연부금액을 과세표준으로 한다.  1. 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합으로부터의 취득  2. 외국으로부터의 수입에 의한 취득  3. 판결문·법인장부 중 대통령령으로 정하는 것에 따라 취득가격이 증명되는 취득  4. 공매방법에 의한 취득  5. 「부동산 거래신고에 관한 법률」제3조에 따른 신고서를 제출하여 같은 법 제6조에 따라 검증이 이루어진 취득   제20조 [신고 및 납부] ③ 이 법 또는 다른 법령에 따라 취득세를 비과세, 과세면제 또는 경감 받은 후에 해당 과세물건이 취득세 부과대상 또는 추징 대상이 되었을 때에는 제1항에도 불구하고 그 사유 발생일부터 30일 이내에 해당 과세표준에 제11조부터 제15조까지의 세율을 적용하여 산출한 세액[경감받은 경우에는 이미 납부한 세액(가산세는 제외한다)을 공제한 세액을 말한다]을 대통령령으로 정하는 바에 따라 신고하고 납부하여야 한다.    (3) 지방세법 시행령 제18조 [취득가격의 범위 등] ③ 법 제10조 제5항 제3호에서 “대통령령으로 정하는 것”이란 다음 각 호에서 정하는 것을 말한다.  1. 판결문 : 민사소송 및 행정소송에 의하여 확정된 판결문(화해·포기·인낙 또는 자백간주에 의한 것은 제외한다)  2. 법인장부 : 금융회사의 금융거래 내역 또는 「부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률」제32조에 따른 감정평가서 등 객관적 증거서류에 의하여 법인이 작성한 원장·보조장·출납전표·결산서. 다만, 법인장부의 기재사항 중 중고자동차 또는 중고기계장비의 취득가액이 법 제4조제2항에서 정하는 시가표준액보다 낮은 경우에는 그 취득 가액 부분(중고자동차 또는 중고기계장비가 천재지변, 화재, 교통사고 등으로 그 가액이 시가표준액보다 하락한 것으로 시장·군수가 인정한 경우는 제외한다)은 객관적 증거서류에 의하여 취득가액이 증명되는 법인장부에서 제외한다.   제20조 [취득의 시기 등] ② 유상승계취득의 경우에는 다음 각 호에서 정하는 날에 취득한 것으로 본다.  1. 법 제10조 제5항 제1호부터 제4호까지의 규정 중 어느 하나에 해당하는 유상승계취득의 경우에는 그 사실상의 잔금지급일 ⑪ 제1항, 제2항 및 제5항에 따른 취득일 전에 등기 또는 등록을 한 경우에는 그 등기일 또는 등록일에 취득한 것으로 본다.    다. 사실관계 및 판단   (1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료 등에 의하면 다음과 같은 사실들이 나타난다.    (가)청구법인은원예생산 및 생산품의 가공 등을 목적으로 2011.6.8. 설립되었고, 2012.3.14. 영농조합법인이 영농에 사용할 목적으로 이 건 토지를 취득하면서 취득세 등을 면제받았다.    (나) 청구법인이 2012.5.30. 개최한 이사회의 의사록에 따르면, 이 건 토지에 대한 소유권 이전을 취소하기로 의결한 사실이 확인된다.    (다) 이 건 토지의 등기사항전부증명서에 따르면, 2012.3.14. 청구법인이 현물출자를 원인으로 소유권을 이전한 것과 2012.5.30. 합의해제를 원인으로 당해 소유권의 이전이 말소된 사실이 확인된다.    (라) 청구법인의 2012.3.14. 토지 출자 계약서에 출자금액 산정에 대하여 “출자부동산의 출자 당시의 가액은 청구법인의 이사회에서 출자부동산 소재지인 OOO이 이를 승인함으로써 본 계약이 성립되다”고 기재되어 있고, 이 건 토지의 시가표준액 및 현물출자가액은 다음과 같다.    (마) 위 계약서의 특약사항에는 “청구법인은 OOO이 출자한 토지를 반환하기로 하며, 현물출자 및 반환 시 소요되는 일체의 비용은 청구법인의 부담으로 한다”는 내용이 기재되어 있다.    (바) 청구법인의 정관 제15조 및 제16조를 보면 조합원의 출자에 대한 관리, 출자액 산정방법 및 출자증서의 발행 등이 확인된다.    (사) 청구법인은 이 건 토지에 채소 등이 경작되어 있는 사진과 현물출자 해제 관련 경위서 등을 제출하였다.   (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 「지방세특례제한법」제11조 제1항 및 제94조의 규정을 종합하면 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」제19조에 따른 농업회사법인이 영농에 사용하기 위하여 법인설립등기일부터 2년 이내에 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 면제하되, 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우나 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우에는 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징하도록 규정하고 있는바,   청구법인은 이 건 토지를 취득한 후 매립허가 거부 등의 불가피한 사정으로 인해 불과 75일만에 이전등기를 말소하여 소유권을 원소유자에게 환원하였음이 확인되고 이 건 토지는 현재도 영농 목적으로 사용되고 있는 점, 「지방세특례제한법」제11조 제1항에 따라 농업회사법인이 영농에 사용하기 위하여 법인설립등기일부터 2년 이내에 부동산을 취득하여 취득세를 면제받은 경우 같은 법 제94조 제1호에 따라 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하여야 하지만 매매계약을 합의해제하고 이 건 토지를 원소유자에게 반환한 청구법인이 동 토지를 영농에 직접 사용할 「지방세법」상의 의무는 소멸하였다 할 것이므로 고유목적에 사용하지 못한 정당한 사유가 있다 할 것인 점 등에 비추어 처분청이 유예기간 이내에 정당한 사유 없이 이 건 쟁점토지를 영농에 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.   (3) 쟁점①이 인용되어 쟁점②·③은 심리의 실익이 없으므로 생략한다.     4. 결 론   이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」 제123조 제4항과 「국세기본법」 제81조, 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

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