(경정)이 건 과점주주 취득세 등의 부과처분은 법인의 자기 주식 취득 등으로 과점주주의 주식 취득 등과 관계 없는 증가분에도 과세하여 부당하다는 청구주장의 당부

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(경정)이 건 과점주주 취득세 등의 부과처분은 법인의 자기 주식 취득 등으로 과점주주의 주식 취득 등과 관계 없는 증가분에도 과세하여 부당하다는 청구주장의 당부

작성자: Tax

조회: 1951 등록일: 2020-11-24

조심2019지3513, 2020.10.20.  (세목) 취득세  (결정유형)  경정 【결정요지】처분청들이 청구인들의 지분증가율을 35.33%로 하여 이 건 취득세 등을 과세한 것은 이 건 법인의 주식을 취득함이 없이 과점주주 주식소유비율이 증가하여 취득세 등의 납세의무가 없는 부분에 대해서도 과세한 것으로서 부당한 것으로 보이는 점 등에 비추어, 청구인들은 쟁점주식을 취득하여 이 건 법인에 대한 과점주주 주식소유비율이 3.82% 증가하여 이 부분에 대하여만 취득세 등의 납세의무가 있다고 보는 것이 타당함 【관련법령】 지방세법 제7조제5항 【참조결정】 조심2019지3514 【주  문】 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원의 각 부과처분은 청구인들의 과점주주 주식소유증가비율을 3.82%로 하여 그 과세표준 및 세액을 경정한다 【이  유】 1. 처분개요   가. OOO∙OOO(이하 “처분청들”이라 한다)은 청구인 중 OOO가 2017.3.31. OOO에 소재한 OOO 주식회사(이하 “이 건 법인”이라 한다)의 주식 3.82%(이하 “쟁점주식”이라 한다)를 취득하여 특수관계인인 OOO∙OOO∙OOO∙OOO∙OOO(이하 “청구인들”이라 한다)의 과점주주 주식소유비율이 증가되었으나 취득세 등을 신고·납부하지 아니한 것으로 보아, 2019.7.15. 청구인들에게 이 건 법인이 처분청들 관내에 소유하고 있는 취득세 과세대상물건의 장부가액에 35.33%를 곱하여 산정한 금액을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 등을 아래 ＜표1＞과 같이 부과∙고지하였다.         OOO 나. 청구인들은 이에 불복하여 2019.10.1. 심판청구를 제기하였다.     2. 청구인들 주장 및 처분청들 의견   가. 청구인들 주장    (1) 청구인들은 2004.5.7. 최초로 이 건 법인의 과점주주(비율 53.78%)가 되었고, 이 건 법인이 2012.11.16. 자기주식을 취득함에 따라 과점주주 주식소유비율이 17.89%, 2013.1.1. 법령의 개정으로 특수관계인의 범위가 확대되어 OOO가 특수관계인에 추가됨에 따라 그 비율이 13.62% 각각 증가되었으며, 2017.3.31. OOO가 주식을 취득하여 그 비율이 3.82% 증가하였는바, 이 건 법인이 자기주식을 취득함에 따른 과점주주 주식소유비율 증가분과 법령의 개정으로 특수관계인의 범위 확대에 따른 과점주주 주식소유비율 증가분은 과점주주 취득세 과세대상에 해당하지 아니하므로 이 건 부과처분 중 3.82% 증가분을 제외한 부분은 취소되어야 한다.    (2) 「지방세법 시행령」제11조 제2항에 규정된 ‘이전에 가지고 있던 주식 등의 최고비율’은 주식 등의 비율이 증가되기 전의 당해 지방세 관계법령에 따른 과점주주로서 그 과점주주가 소유하고 있던 주식 등의 최고비율로 해석하는 것이 타당하다 할 것이다.   따라서, 이 건 법인은 2012.11.16. 자기주식 77,989주를 취득함으로써 기존 과점주주의 주식소유비율이 17.89% 증가하였고, 이는 의결권 있는 주식 총수에 자기 주식수를 포함하지 않아 증가된 비율이며, 간주취득세 대상이 된 시점 전에 청구인들은 이 건 법인의 주식 85.29％를 소유하고 있었고, 쟁점주식의 취득으로 89.11%를 소유하게 되었으므로 3.82％(89.11％-85.29％) 증가분만을 과세표준으로 산출하여 간주취득세를 부과하여야 할 것이다.   나. 처분청들 의견   (1) 「지방세법」제7조 제5항 및「지방세기본법」제46조 제2호를 문리해석 하면 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 경우 그 과점주주가 간주취득세 납세의무가 있고, 과점주주 본인이 주식 또는 지분을 취득한 경우가 아니라면 과점주주 지분율이 증가한다고 하더라도 간주취득세 납세의무는 발생하지 않는 것이므로 의결권 없는 자기주식의 취득이나 지방세 관계법령의 개정으로 과점주주가 되거나 과점주주 주식소유비율이 증가한 경우라면 간주 취득세 납세의무는 없다고 할 것이다.   이후에 과점주주가 유상증자 등으로 주식 또는 지분을 취득하여 과점주주 주식소유비율이 증가한 경우, 과점주주 취득세가 법인의 과점주주가 되면 법인 자산에 대해 사실상 지배력을 취득하게 되는 것에 대하여 과세하는 것이므로, 과점주주가 되거나 과점주주 주식소유비율이 증가하는 시점에 법인과 과점주주가 과점비율만큼 “동일시” 되는 것으로 보아 취득세를 과세하는 것으로 보아야 할 것이다.   따라서, 청구인들은 과점주주가 주식 또는 지분을 취득하지 아니하여 과점주주가 되거나 과점비율이 증가한 경우, 법인과 과점주주가 과점주주 주식소유비율만큼 동일시 되어 지배력을 행사할 수 있음에도 취득세를 부담하지 아니한 것으로, 과점주주가 주식 또는 지분을 취득하여 기존 간주 취득세를 부담하였던 과점비율보다 증가한 경우라면, 주식 또는 지분 취득시점의 과점주주 주식소유비율에서 간접적인 주식취득전의 과점주주 비율을 차감한 비율에 대해서 취득세 납세의무가 성립한다고 할 것이다.    (2) 「지방세법」(2010.3.31. 법률 제10221호로 전부 개정된 것) 부칙 제3조의 규정에 따르면 「지방세기본법」제47조 제2호의 시행으로 과점주주가 아니었던 자가 과점주주가 된 경우에는 2008년 1월 1일 이후 최초로 법인의 주식 또는 지분을 취득하는 날에 해당 과점주주가 소유하고 있는 해당 법인의 주식 또는 지분을 모두 취득한 것으로 보아 제7조 제5항을 적용한다고 되어 있는바, 위 부칙 제3조의 규정 취지를 감안할 때 2013.1.1. 대통령령 제24295호로 「지방세기본법 시행령」이 개정되어 과점주주에 포함되는 특수관계인의 범위가 확대됨에 따라 새로 추가된 과점주주의 경우(OOO) 그 소유 주식 등은 실제 취득일이 아닌 2013.1.1. 이후 최초로 해당 법인의 주식 등을 취득한 날(2017.3.31.)에 소유하고 있는 해당 법인의 주식 등을 모두 취득한 것으로 보는 점, 개정 법령에 따라 새로 추가된 과점주주인 OOO는 기존 법령상 과점주주에 해당되지 않으므로 2013.1.1. 이전에 소유한 주식 등은 과점주주가 소유한 주식 등에 해당되지 않아 OOO가 소유한 주식 등을 제외한 기존 법령상 과점주주가 소유한 주식 등을 가지고 최고비율을 산정하여야 하는 점 등을 종합적으로 고려할 때, 해당 과점주주가 이전에 가지고 있던 주식 등의 최고비율 산정시 개정 법령에 따라 추가된 과점주주가 소유했던 주식까지 포함한 최고비율로 산정하여야 한다는 청구인들의 주장을 받아들이기 어렵다 할 것이다.     3. 심리 및 판단   가. 쟁 점   이 건 과점주주 취득세 등의 부과처분은 법인의 자기 주식 취득 등으로 과점주주의 주식 취득 등과 관계 없는 증가분에도 과세하여 부당하다는 청구주장의 당부   나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재   다. 사실관계 및 판단    (1) 청구인들 및 처분청이 제출한 자료에 의하면 아래와 같은 사실이 확인된다.    (가) 청구인들은 2004.5.7. 최초로 이 건 법인의 과점주주(비율 53.78%)가 되었고, 이 건 법인이 2012.11.16. 자기주식을 취득함에 따라 과점주주 주식소유비율이 17.89%, 2013.1.1. 법령의 개정으로 특수관계인의 범위가 확대되어 OOO가 특수관계인에 추가됨에 따라 그 비율이 13.62% 각각 증가되었으며, 2017.3.31. OOO가 주식을 취득하여 그 비율이 3.82% 증가하였다.   (나) OOO·OOO(처분청들)은 청구인 중 OOO가 2017.3.31. OOO에 소재한 OOO 주식회사(이 건 법인)의 주식 3.82%를 취득하여 특수관계인인 OOO·OOO·OOO·OOO·OOO(청구인들)의 주식소유비율이 증가되었으나 과점주주 취득세 등을 신고·납부하지 아니한 것으로 보아, 2019.7.15. 청구인들에게 이 건 법인이 처분청들 관내에 소유하고 있는 취득세 과세대상물건의 장부가액에 35.33%를 곱하여 산정한 금액을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 등을 부과·고지하였다.   (다) 이 건 법인의 과점주주인 청구인들의 친족관계 및 과점주주 지분변동 현황 등은 아래 ＜표2·3＞과 같다.         OOO       OOO  (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.   「지방세법」제7조 제5항에서 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 「지방세기본법」제46조 제2호에 따른 과점주주가 되었을 때에는 그 과점주주가 해당 법인의 부동산등을 취득한 것으로 본다고 규정하고 있고, 「지방세법 시행령」제11조 제2항에서 이미 과점주주가 된 주주 등이 해당 법인의 주식등을 취득하여 해당 법인의 주식등의 총액에 대한 과점주주가 가진 주식등의 비율(이하 이 조에서 "주식등의 비율"이라 한다)이 증가된 경우에는 그 증가분을 취득으로 보아 법 제7조 제5항에 따라 취득세를 부과하되 다만, 증가된 후의 주식등의 비율이 해당 과점주주가 이전에 가지고 있던 주식등의 최고비율보다 증가되지 아니한 경우에는 취득세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있다.   위 규정에서 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 경우에 과점주주가 해당 법인의 재산을 취득한 것으로 보아 취득세 납세의무를 부담하도록 규정하고 있고, 법인이 자기주식을 취득함으로써 주주가 과점주주가 되거나 과점주주 주식소유비율이 증가된 경우에는 그 주주는 주식을 취득한 행위가 있었다고 보기 어려우므로 과점주주 취득세 등의 납세의무가 성립한다고 보기는 어렵다 할 것(대법원 2010.9.30. 선고 2010두8669 판결, 같은 뜻임)이다.   처분청들은 이 건 법인이 자기주식을 취득하거나 특수관계인이 추가됨에 따라 청구인들의 과점주주 주식소유비율이 증가한 것에 대하여도 취득세 등을 부과하였으나, 「지방세법 시행령」제11조 제2항에 규정된 이미 과점주주가 된 주주 등의 주식소유비율 증가분은 주식 취득 후의 비율에서 취득 전의 비율을 차감하여 산정하는 것이 문언상 타당한 점, 청구인들은 이 건 법인에 대한 과점주주 주식소유비율이 85.29%인 상태에서 OOO가 2017.3.31. 쟁점주식을 취득하여 그 비율이 89.11%가 되어 3.82% 증가된 사실이 확인되는 점, 이 건 법인이 2012.11.16. 자기주식을 취득하거나 2013.1.1. 법령개정에 따라 OOO가 특수관계인으로 될 당시에 청구인들은 이 건 법인의 주식을 별도로 취득하지 않았으므로 이 당시에 청구인들의 과점주주 주식소유비율이 증가되었다 하더라도 과점주주 취득세 등의 납세의무가 없는 점, 처분청들이 청구인들의 지분증가율을 35.33%로 하여 이 건 취득세 등을 과세한 것은 이 건 법인의 주식을 취득함이 없이 과점주주 주식소유비율이 증가하여 취득세 등의 납세의무가 없는 부분에 대해서도 과세한 것으로서 부당한 것으로 보이는 점 등에 비추어, 청구인들은 쟁점주식을 취득하여 이 건 법인에 대한 과점주주 주식소유비율이 3.82% 증가하여 이 부분에 대하여만 취득세 등의 납세의무가 있다고 보는 것이 타당하므로 처분청들은 청구인들의 과점주주 주식소유비율 증가분을 3.82%인 것으로 하여 이 건 취득세 등을 경정하여야 할 것이다.     4. 결 론   이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 ｢지방세기본법」제96조 제6항과 ｢국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.                                     ＜별지＞ 관련 법령   (1) 지방세법   제7조(납세의무자 등) ⑤ 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 「지방세기본법」제46조 제2호에 따른 과점주주(이하 "과점주주"라 한다)가 되었을 때에는 그 과점주주가 해당 법인의 부동산등(법인이 「신탁법」에 따라 신탁한 재산으로서 수탁자 명의로 등기·등록이 되어 있는 부동산등을 포함한다)을 취득(법인설립 시에 발행하는 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 경우에는 취득으로 보지 아니한다)한 것으로 본다. 이 경우 과점주주의 연대납세의무에 관하여는 「지방세기본법」제44조를 준용한다.  (2) 지방세법 부칙(2010.3.31. 법률 제10221호로 전부 개정된 것)   제3조(출자자의 2차 납세의무 성립시기에 관한 적용례) 「지방세기본법」제47조 제2호의 시행으로 과점주주가 아니었던 자가 과점주주가 된 경우에는 2008년 1월 1일 이후 최초로 법인의 주식 또는 지분을 취득하는 날에 해당 과점주주가 소유하고 있는 해당 법인의 주식 또는 지분을 모두 취득한 것으로 보아 제7조 제5항을 적용한다.    (3) 지방세법 시행령   제11조(과점주주의 취득 등) ① 법인의 과점주주(「지방세기본법」제46조 제2호에 따른 과점주주를 말한다. 이하 같다)가 아닌 주주 또는 유한책임사원이 다른 주주 또는 유한책임사원의 주식 또는 지분(이하 "주식등"이라 한다)을 취득하거나 증자 등으로 최초로 과점주주가 된 경우에는 최초로 과점주주가 된 날 현재 해당 과점주주가 소유하고 있는 법인의 주식 등을 모두 취득한 것으로 보아 법 제7조 제5항에 따라 취득세를 부과한다. ② 이미 과점주주가 된 주주 또는 유한책임사원이 해당 법인의 주식등을 취득하여 해당 법인의 주식등의 총액에 대한 과점주주가 가진 주식등의 비율(이하 이 조에서 "주식등의 비율"이라 한다)이 증가된 경우에는 그 증가분을 취득으로 보아 법 제7조 제5항에 따라 취득세를 부과한다. 다만, 증가된 후의 주식등의 비율이 해당 과점주주가 이전에 가지고 있던 주식등의 최고비율보다 증가되지 아니한 경우에는 취득세를 부과하지 아니한다.    (4) 지방세기본법   제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. 34. "특수관계인"이란 본인과 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자를 말한다. 이 경우 이 법 및 지방세관계법을 적용할 때 본인도 그 특수관계인의 특수관계인으로 본다. 가. 혈족ㆍ인척 등 대통령령으로 정하는 친족관계   제46조(출자자의 제2차 납세의무) 법인(주식을 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 증권시장으로서 대통령령으로 정하는 증권시장에 상장한 법인은 제외한다)의 재산으로 그 법인에 부과되거나 그 법인이 납부할 지방자치단체의 징수금에 충당하여도 부족한 경우에는 그 지방자치단체의 징수금의 과세기준일 또는 납세의무성립일(이에 관한 규정이 없는 세목의 경우에는 납기개시일) 현재 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 그 부족액에 대하여 제2차 납세의무를 진다. 다만, 제2호에 따른 과점주주의 경우에는 그 부족액을 그 법인의 발행주식총수(의결권이 없는 주식은 제외한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 출자총액으로 나눈 금액에 해당 과점주주가 실질적으로 권리를 행사하는 소유주식수(의결권이 없는 주식은 제외한다) 또는 출자액을 곱하여 산출한 금액을 한도로 한다. 2. 주주 또는 유한책임사원 1명과 그의 특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자로서 그들의 소유주식의 합계 또는 출자액의 합계가 해당 법인의 발행주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하면서 그에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 자들(이하 "과점주주"라 한다)    (5) 지방세기본법 시행령   제2조(특수관계인의 범위) ① 「지방세기본법」(이하 "법"이라 한다) 제2조 제1항 제34호 가목에서 "혈족·인척 등 대통령령으로 정하는 친족관계"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 관계(이하 "친족관계"라 한다)를 말한다. 1. 6촌 이내의 혈족 2. 4촌 이내의 인척   제24조(제2차 납세의무를 지는 특수관계인의 범위 등) ② 법 제46조 제2호에서 "대통령령으로 정하는 자"란 해당 주주 또는 유한책임사원과 제2조의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자를 말한다.    (6) 지방세기본법 시행령(2013.1.1. 대통령령 제24295호로 개정되기 전의 것)   제24조(친족, 그 밖의 특수관계인의 범위) 법 제47조 제2호 각 목 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 친족, 그 밖의 특수관계에 있는 자"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 말한다. 다만, 주주 또는 유한책임사원이 결혼한 여성인 경우에는 제9호부터 제13호까지의 경우를 제외하고 그 남편과의 관계에 따른다. 1. 6촌 이내의 부계혈족과 4촌 이내의 부계혈족의 처 2. 3촌 이내의 부계혈족인 여자의 남편 및 자녀 3. 3촌 이내의 모계혈족과 그 배우자 및 자녀 4. 처의 2촌 이내의 부계혈족 및 그 배우자

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