사업양수도 방식으로 법인전환하면서 당초 제조업 및 부동산임대업에 사용하던 부동산을 취득하고 취득세 등을 면제받은 후 유예기간(취득·등기일부터 2년) 이내에 당초 임대 면적을 초과하여 추가 임대한 것으로 보아, 그 추가 임대한 면적에 대하여 기면제한 취득세 등을 추징한 처분이 정당한지 여부

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심판(심사)사례

사업양수도 방식으로 법인전환하면서 당초 제조업 및 부동산임대업에 사용하던 부동산을 취득하고 취득세 등을 면제받은 후 유예기간(취득·등기일부터 2년) 이내에 당초 임대 면적을 초과하여 추가 임대한 것으로 보아, 그 추가 임대한 면적에 대하여 기면제한 취득세 등을 추징한 처분이 정당한지 여부

작성자: Tax

조회: 6483 등록일: 2013-01-16

[ 조심2010지0851 (2011.08.08) 취득세 기각]  [관련법령]  조세특례제한법 제32조【법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세】    
[주    문] 
   
심판청구를 기각한다. 
  
   
[이    유] 
   
1. 처분 개요 
  
 가. 청구법인은 2007.8.22. 개인사업체인 OOOOO(OO O OOO)로부터 OOO OOO OOO OOO OOOOO 토지 330.6㎡ 및 그 지상 건축물 550.2㎡(이하 “이 건 부동산”이라 한다)를 취득한 후, 「조세특례제한법」제119조 제4항 및 제120조 제5항에 의거 이 건 부동산을 사업 양도·양수의 방법으로 법인전환하면서 취득·등기한 사업용재산으로 보고 2007.9.21. 취득세 등을 면제받았다. 
  
 나. 2010.5.4. 처분청은 청구법인에 대한 세무조사를 실시하여, 청구법인이 이 건 부동산의 1층 가운데 일부 면적 100㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 2008.6.10. (O)OOO(OO OOOOOOO OO)에 임대한 사실을 확인하고 이 건 부동산의 취득가액(538,893,068원)에 이 건 부동산 중 쟁점부동산이 차지하는 면적 비율(100㎡/550.2㎡)을 곱한 금액인 97,944,941원을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 2,762,020원, 농어촌특별세 276,180원, 등록세 8,286,120원, 지방교육세 1,539,670원, 합계 12,863,990을 2010.6.14. 청구법인에게 부과고지하였다. 
  
 다. 청구법인은 이에 불복하여 2010.9.14. 심판청구를 제기하였다. 
  
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 
  
 가. 청구법인 주장 
  
  청구법인은 제조업과 부동산임대업을 영위하는 개인사업(OOOOO)을 포괄적으로 양도·양수하였는데, 사업양도양수 당시 이 건 부동산의 사용현황을 보면 1층 공장(쟁점부동산 포함)은 청구법인이, 2층 공장 및 사무실은 OOOO가, 3층의 공장은 OOOO가, 3층의 사무실은 청구법인이 각 사용하고 있었다. OOO은 청구법인의 대표이사와 보일러 제조회사 근무경력이 있는 OOO가 함께 출자하여 2008년 6월 설립한 법인으로서, 법인 설립 및 사업자등록 신청시 임대차계약서가 필요하여 형식상 쟁점부동산을 무상임대하기로 하는 임대차계약서를 작성한 것뿐이며, 당시 사업 초창기인 OOO이 제품개발에 매진하여 1층에 위치한 쟁점부동산을 사용할 필요가 없어서 실제로는 OOOO가 사용한 3층을 무상임차하여 사용하였다. 그렇다면 청구법인은 사업양수도에 따라 제조업과 부동산임대업에 공하는 사업용재산을 취득하였고, 그 중 부동산임대업에 공하던 사업용재산을 다시 임대한 것 뿐이어서 「조세특례제한법」 제119조 제4항 및 제120조 제5항에 의거 취득세 및 등록세를 면제함이 타당하다. 따라서 청구법인이 쟁점부동산을 추가로 임대업에 공한 것으로 판단하여 처분청이 한 이 건 취득세 등 부과처분은 부당하다. 
  
 나. 처분청 의견 
  
  청구법인이 2007.8.22. OOOOO와 사업 양도·양수계약을 체결하였고, 부채목록에 이 건 부동산 중 2층 일부에 대한 임대보증금 13,000,000원이라고 기재되어 있는 점, 청구법인이 OOO(OOOO)와 OOO(OOOO)과 체결한 임대차계약서에 의하면 이 건 부동산 중 2층 전체와 3층 일부를 임대하면서 임대보증금으로 총 13,000,000원을 받기로 한 점 등을 종합하여 볼 때, 청구법인이 OOOOO의 사업양수도에 따라 취득한 임대부문에 해당하는 사업용재산은 이 건 부동산 중 2층 및 3층 일부라고 보는 것이 타당하다 할 것이다. 그 후 청구법인이 2008.6.10. OOO에 이 건 부동산 중 1층 일부인 쟁점부동산을 임대하기로 하는 계약(임대기간 : 2008.6.10.부터 24개월, 임대보증금 및 월임대료는 무상, 전기 및 수도 등은 실사용액 만큼 부담)을 체결한 점으로 볼 때, 청구법인이 사업양수도로 이 건 부동산을 취득한 후 2008.6.10. OOO에 쟁점부동산을 임대함에 따라 쟁점부동산을 새롭게 추가로 임대업에 공한 것으로 보아야 할 것이고, 더욱이 OOO은 2008.6.3. 이 건 부동산을 본점으로 하여 설립한 후 2010.3.16. OOO OOO OOO OOO OOOOOO로 본점을 이전하고 2010.5.31. 폐업한 점, 청구법인이 당초 이 건 부동산 중 3층 일부(약 25평)를 OOO(OOOO)에게 임대하기로 하는 계약을 체결한 점, 그 외 청구법인의 주장을 인정할 만한 입증자료가 없는 점 등을 종합하여 볼 때, 막연히 OOO과 형식상 임대차계약만 체결하였고, OOO이 실제로 OOO(OOOO)가 사용한 이 건 부동산 중 3층을 무상 임차하여 사용하였다는 청구법인의 주장은 받아들일 수 없으므로 기 면제한 취득세 등을 추징한 처분은 적법하다. 
  
3. 심리 및 판단 
  
 가. 쟁 점 
  사업양수도 방식으로 법인전환하면서 당초 제조업 및 부동산임대업에 사용하던 부동산을 취득하고 취득세 등을 면제받은 후 유예기간(취득·등기일부터 2년) 이내에 당초 임대 면적을 초과하여 추가 임대한 것으로 보아, 그 추가 임대한 면적에 대하여 기면제한 취득세 등을 추징한 처분의 당부 
  
 나. 관련 법령 
  
  조세특례제한법 
    제32조(법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세) ① 거주자가 사업용고정자산을 현물출자하거나 대통령령으로 정하는 사업 양도·양수의 방법에 따라 2012년 12월 31일까지 법인(대통령령으로 정하는 소비성서비스업을 경영하는 법인은 제외한다)으로 전환하는 경우 그 사업용고정자산에 대해서는 이월과세를 적용받을 수 있다. 
  
   제119조(등록세의 면제 등) ④제32조에 따른 현물출자 또는 사업양수·양도에 따라 취득하는 사업용 재산에 관한 등기에 대해서는 등록세를 면제한다.다만, 등기일부터 2년 이내에대통령령으로 정하는정당한 사유 없이해당 사업을 폐업하거나해당 재산을 처분(임대를 포함한다)하는 경우에는 감면받은 세액을추징한다. 
  
   제120조(취득세의 면제 등) ⑤제32조에 따른 현물출자 또는 사업양수·양도에 따라 취득하는 사업용 재산에 대해서는 취득세를 면제한다.다만, 취득일부터 2년 이내에대통령령으로 정하는정당한 사유 없이해당 사업을 폐업하거나해당 재산을 처분(임대를 포함한다)하는 경우에는 감면받은 세액을추징한다.  
  
  
 다. 사실관계 및 판단 
  
  (1) 처분청 및 청구법인이 제출한 심리자료에 의하면 이 건 부동산에 관한 취득세 등 면제 및 쟁점부동산에 관한 기 면제세액 추징 경위는 다음과 같다. 
  
    (가) 청구법인의 대표이사인 OOO은 상호를 OOOOO로 하고 이 건 부동산 소재지에서 밸브, 유량계글라스 제조 및 도매, 무역업을 영위하는 것으로 하여 2001.10.11. 개인 명의의 사업자등록을 한 후, 2006.6.29. 이 건 부동산을 취득하였는데, 건축물대장상 이 건 부동산의 현황은 1층 공장 168㎡(연면적), 2층 공장 126㎡·사무실 85.2㎡, 3층 사무실 85.2㎡·공장 82.8㎡, 부속건물로 1층 변소 4.2㎡가 있는 것으로 나타난다.  
  
    (나) 청구법인은 2007.8.20. 본점은 이 건 부동산, 목적사업은 밸브, 유량계, 레벨게이지, 사이트글라스 제조 및 판매업, 부동산 임대 및 매매업 등, 대표이사는 OOO으로 하여 법인설립등기를 하였으며, 같은 날 OOO과 사업양수·도계약서를 작성한 후 이 건 부동산을 취득하였는데, 위 사업양수·도계약서의 제3조에는 “갑”(OOOOO OO OOO)은 2007.8.31. 현재의 자산총액과 부채총액을 “을”(청구법인)에게 포괄적으로 양도하고 “을”(청구법인)은 이를 포괄적으로 양수하는 것으로, 제8조에는 본 계약서에서 정하지 아니한 사항은 “갑”,“을”협의에 의하여 정하는 것으로 나타난다.  
  
    (다) 청구법인은 2007.9.21. 처분청에 이 건 부동산 취득에 관한 취득세 등 감면신청서를 제출하여 취득세 등을 면제받았는데, 당시 제출된 2007.9.14.자 사업양수도 부채목록에는 이 건 부동산 중 공장2층 일부를 임대한 것으로 하여 임대보증금 13,000,000원이 계상되어 있다. 
  
    (라) 처분청은 사업양수도일 이전 OOO이 부동산임대업에 사용하지 않던 쟁점부동산을 2007.8.22. 청구법인이 (주)OOO에 새로 임대한 것으로 보고 2010.6.14. 쟁점부동산에 상당하는 기 면제세액을 추징하였다. 
  
  (2) 이에 대하여 청구법인은 이 건 심판청구시 위 (1)(다)의 2007.9.14.자 사업양수도 부채목록에 기재된 임대 내역과 달리 공장2층뿐 아니라 3층 일부도 임대하였고, 쟁점부동산(1층 100㎡)에 관하여 OOO과 체결한 임대차계약서는 법인설립 및 사업자등록 목적으로 작성한 것일 뿐, 실제로는 OOO(OOOO)가 임차하여 사용 중이던 3층의 일부를 OOO이 무상임차하여 사용하였다고 주장하면서 제출한 임대차계약서에 의하면 이 건 부동산의 2층은 OOO(임대차기간 :2006.9.21.～2008.9.20.)이, 3층은 OOO(임대차기간 : 2006.8.31.～2008.8.31)가, 쟁점부동산은 OOO(임대차기간 : 2008.6.10.～2009.6.10.)이 각 임차한 것으로 나타나는 반면, OOO이 3층 일부를 임차한 사실은 확인되지 아니한다. 
  
  (3) 사업자등록증명원, 국세청 전산자료 등에 의하면 OOO은 OOO을 대표이사로 하고 이 건 부동산을 본점으로 하여 2008.6.3. 설립된 후 보일러 제조, 제어계측기 도소매를 영위하다가 2010.3.16. OOO OOO OOO OOO OOOOOO로 이전하여 2010.5.31. 폐업한 것으로 나타나며, OOO는 이 건 부동산 소재지에서 2006.9.1. OOOO라는 상호로 전자전기공구 제조 및 도매업을 개업하여 2007.12.7. OOO OOO OOO OOO OOOOO으로 사업장을 이전하였다가 2009.8.31. 폐업하였고, OOO은 OOOO의 대표자로 나타난다. 또, 청구법인이 제출한 OOO(OOOOO)의 2007년 1기 예정～2007년 2기 예정 부가가치세 신고서 및 매출처별세금계산서합계표에 의하면 OOO(OOOOO)은 OOOO와 OOOO에 세금계산서를 교부한 것으로 나타나지만 이 건 부동산(쟁점부동산 포함)의 구체적인 임대차내역을 알 수 있는 부동산임대공급가액명세서는 제출되지 아니한 것으로 나타난다. 
  
  (4) 처분청 과세자료에 의하면, OOO은 쟁점부동산에 관하여 부과된 법인균등할 주민세 2008년도분 62,500원은 2008.9.1.에, 2009년도분 62,500원은 2009.11.30.에 각 납부한 것으로 나타난다. 
  
  (5) 「조세특례제한법」 제119조 제4항 및 제120조 제5항에서 제32조에 따른 현물출자 또는 사업양수도에 따라 취득·등기하는 사업용재산에 대해서는 취득세 및 등록세를 면제한다고 규정하면서, 단서조항에서 취득·등기일부터 2년 이내에 대통령령으로 정하는 정당한 사유 없이 해당 사업을 폐업하거나 해당 재산을 처분(임대를 포함한다)하는 경우에는 감면받은 세액을 추징한다고 규정하고 있는 바, 같은 법 제32조의 현물출자 또는 사업양수도에 따른 재산 이전은 실질적으로 동일한 사업주가 사업의 운영형태만을 바꾸는 것에 불과하여 취득세 등을 부과할 필요가 적음과 더불어 개인사업의 법인전환을 장려함에 있다는 점, 부동산 임대업을 목적사업으로 하는 법인의 임대와 그렇지 아니하는 법인의 임대는 그 성격이 다르다는 점 등에 비추어 볼 때, 같은 법 제32조에 의하여 거주자가 영위하던 제조업과 부동산임대업을 사업양수도를 통해 법인으로 전환함에 따라 거주자가 임대업에 사용하던 부동산을 사업양수도에 의거 법인이 취득하는 경우라면 취득세 등 감면대상이라 할 것이나, 그 후 취득·등기일부터 2년 이내에 정당한 사유없이 당초 임대업에 사용하지 않던 부동산을 추가로 임대한 경우라면 그 부분에 상당하는 기 면제세액은 추징대상에 해당된다 할 것이다. 
  
  (6) 살피건대, 청구법인은 OOO에 쟁점부동산(1층 100㎡)을 임대한 것으로 하여 임대차계약서를 작성하였으나, 실제로는 이 건 부동산의 3층 일부를 임차하여 사용 중이던 OOO(OOOO)로부터 다시 그 일부를 OOO이 무상임차하여 사용하였다고 주장하지만, 사업양수도일(2007.8.22.) 이전 OOO이 이 건 부동산의 3층 일부를 OOO(OOOO)에게 임대한 사실을 인정하더라도, OOO이 이 건 부동산의 3층 일부를 OOO(OOOO)로부터 임차하여 사용하였다는 구체적이고 객관적인 증빙자료의 제시가 없어 청구법인의 주장을 인정하기 어려운 반면, OOO은 쟁점부동산에 관하여 부과된 2008년도 및 2009년도 법인균등할 주민세를 납부한 사실이 있고, 부동산임대차계약서에 의하여 청구법인이 2008.6.10. OOO에 쟁점부동산을 임대한 사실이 확인되는 이상, 쟁점부동산은 사업양수도일 이전에는 부동산임대업에 사용하지 않다가 사업양수도로 취득·등기한 날부터 2년 이내에 새로이 임대한 것으로 보이므로 추가 임대한 부분 상당의 기 면제된 취득세 등은 「조세특례제한법」 제119조 제4항 단서 및 제120조 제5항 단서에 따라 추징대상에 해당된다 할 것이다. 
  
  따라서 쟁점부동산을 추가 임대한 것으로 보고 이 건 취득세 등을 추징한 처분청의 처분이 부당하다는 청구법인의 주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다. 
  
4. 결  론 
  
   이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」 제123조 제4항과 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

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