(취소)청구법인이 쟁점부동산을 취득일부터 5년 이내에 지식산업센터 외의 다른 용도로 사용한 것으로 보아 감면한 취득세 등을 추징한 처분의 당부

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(취소)청구법인이 쟁점부동산을 취득일부터 5년 이내에 지식산업센터 외의 다른 용도로 사용한 것으로 보아 감면한 취득세 등을 추징한 처분의 당부

작성자: Tax

조회: 829 등록일: 2020-08-09

조심2017지0344, 2017.8.7.  (세목) 취득세  (결정유형)  취소 【결정요지】처분청은 청구법인이 쟁점부동산을 취득일부터 5년 이내에 다른 용도로 사용한 것으로 보아 기 감면한 취득세 등을 추징하였으나, 쟁점부동산에 설치된 책상 등 집기 및 서버실 등은 청구법인이 설치한 것으로 보이고, 청구법인의 사업의 필요에 의하여 쟁점부동산을 타 법인의 직원들에게 일시적으로 사용하게 하였다는 사실만으로 쟁점부동산을 지식산업센터 외의 다른 용도로 사용하였다고 보기는 어려운 점 등에 비추어 처분청이 제출한 자료만으로는 청구법인이 쟁점부동산을 지식산업센터 외의 다른 용도로 사용하였다는 사실이 확인된 것으로 보기 어려우므로 이 건 취득세 등을 추징한 처분의 잘못이라고 판단된다. 【관련법령】 「지방세특례제한법」(2012.4.27. 법률 제11241호로 개정되기 전의 것) 제53조의2(현 지방세특례제한법 제58조의2) 【참조결정】 조심2013지0660 / 조심2015지0157 【주  문】 OOO구청장이 2017.1.10. 청구법인에게 한 취득세 OOO농어촌특별세 OOO지방교육세 OOO합계 OOO의 부과처분은 이를 취소한다. 【이  유】 1. 처분개요    가.청구법인은 2012.4.17. OOO에 소재하는 OOO건축물 81.458㎡ 및 부속토지 18.46㎡를 취득하고, 위 건축물 중 48.87㎡는 「지방세특례제한법」제46조 제1항에 따른 기업부설연구소용 부동산으로 신고하여 취득세 등을 면제받았고, 나머지 면적인 32.588㎡는 같은 법 제58조의2 제2항에 따른 지식산업센터 설립자로부터 최초로 분양받아 취득하는 부동산으로 신고하여 취득세 등의 75%를 감면받았다.    나. 처분청은 2013.11.10. 청구법인이 지식산업센터용으로 감면받은 부동산의 일부인 10㎡를 무상으로 임대한 것으로 보아 취득세 등을 추징하였다.    다. 처분청은 2016.3.25. 위 부동산에 현지출장하여 확인한 결과, 위 부동산에 직원 4～5명이 근무하고 있었으나, 청구법인의 대표이사 및 직원은 1명도 없고 타 법인의 직원들만 근무하고 있음을 확인하고, 청구법인이 지식산업센터용으로 감면받은 건축물 32.588㎡ 및 부속토지 중 10㎡를 제외한 22.588㎡ 및 부속토지(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 취득일부터 5년 이내에 다른 용도로 사용하여 감면한 취득세 등이 추징대상이 된 것으로 보아, 2017.1.10. 청구법인에게 취득세 OOO농어촌특별세 OOO지방교육세 OOO합계 OOO을 부과·고지하였다.    라. 청구법인은 이에 불복하여 2017.3.2. 심판청구를 제기하였다.     2. 청구법인 주장 및 처분청 의견    가. 청구법인 주장    청구법인은 소프트웨어 연구개발을 주된 사업으로 하는 벤처기업으로서 핵심인력 2～3명을 제외하고는 외부업체 등과 협업을 통한 프로젝트를 수행하여 쟁점부동산에 타 법인 직원들이 수시로 방문하였고, 사업장의 개설이 여의치 않은 동종업체와 무상임대차계약을 맺었으나, 이 부분을 제외하고는 청구법인이 직접 사용하였으며, 특히, 청구법인이 OOO주식회사로부터 용역을 수주하여 하도급업체인 주식회사 OOO과 프로젝트를 진행시 고용된 직원들은 쟁점부동산이 아닌 다른 곳에서 업무를 수행하였으므로 청구법인이 쟁점부동산을 직접 사용하지 않았다고 보아 취득세 등을 과세한 것은 부당하다.    나. 처분청 의견    「지방세특례제한법」제58조의2 제2항에서 지식산업센터를 신축하거나 증축하여 설립한 자로부터 최초로 해당 지식산업센터를 분양받은 입주자가 사업시설용으로 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 경감하되, 그 취득일로부터 5년 이내에 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 경감된 취득세를 추징한다고 규정하고 있다.    위 규정에서 “직접 사용”은 당해 부동산을 취득한 자가 지식산업센터용에 직접 사용하는 경우로 한정해서 해석하는 것이 타당하고, 청구법인이 제조업 등에 직접 사용하지 아니하고 제3자가 쟁점부동산을 사용하고 있는 경우에는 직접 사용한다고 볼 수 없다 할 것(조심 2013지660, 2013.10.29., 같은 뜻임)이다.    또한, 조세심판원은 다른 용도에 사용한다 함은 취득한 지식산업센터용 부동산을 제3자에게 임대하여 사용하게 하는 경우도 해당한다고 결정(조심 2015지157, 2015.5.27., 같은 뜻임)한 바 있다.    청구법인은 2012.4.17. 지식산업센터용으로 직접 사용하기 위하여 쟁점부동산을 취득하여 취득세 등을 감면받았으나, 처분청 세무담당공무원 출장복명서에 따르면 쟁점부동산 내에 근무하던 직원(사무실 4～5명, 서버실 1명)은 청구법인이 아닌 타 법인의 직원으로 확인된 점, 청구법인이 쟁점부동산 내에 근무하던 직원의 소속에 관하여 별도의 자료를 제출하고 있지 못한 점, 쟁점부동산 중 3.3㎡를 일부 기간 동안에 두 개의 법인이 임차하여 사용한 점, 청구법인의 2015년 급여대장에 의하면 직원은 2～4명으로 쟁점부동산 전체를 사용하였다고 보기 어려운 점 등을 종합하여 볼 때, 쟁점부동산 내에서 타 법인의 직원이 사용한 공간을 청구법인이 직접 사용한다고 볼 수 없으므로 처분청이 쟁점부동산을 그 취득일로부터 5년 이내에 다른용도로 사용한 것으로 보아 이 건 취득세 등을 추징한 처분은 정당하다.     3. 심리 및 판단    가. 쟁 점    청구법인이 쟁점부동산을 취득일부터 5년 이내에 지식산업센터 외의다른 용도로 사용한 것으로 보아 감면한 취득세 등을 추징한 처분의 당부    나. 관련 법률 : <별지> 기재    다. 사실관계 및 판단    (1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다.    (가)청구법인은 2009.9.9. 본점소재지를 OOO로 하고, 소프트웨어 자문·개발·공급업, 정보화시스템 기획·개발·유지보수업 등을 목적사업으로 하여 설립되었다.    (나) OOO은 2012.6.13. 소재지를 OOO로 하여 청구법인에게 기업부설연구소인정서를 교부한 것으로 나타난다.    (다) OOO은 2014.7.24. 청구법인에게 벤처기업확인서를 교부하였다.    (라)청구법인은 2012.4.17. OOO에소재하는 OOO건축물 81.458㎡ 및 부속토지 18.46㎡를 취득하고, 위 건축물 중 48.87㎡는 「지방세특례제한법」제46조 제1항에 따른 기업부설연구소용 부동산으로 신고하여 취득세 등을 면제받았고, 나머지 면적인 32.588㎡는 같은 법 제58조의2 제2항에 따른 지식산업센터 설립자로부터 최초로 분양받아 취득하는 부동산으로 신고하여 취득세 등의 75%를 감면받았다.    (마) 처분청은 2013.11.10. 청구법인이 지식산업센터용으로 감면받은 부동산의 일부인 10㎡를 무상으로 임대한 것으로 보아 취득세 등을 추징하였다.    (바) 처분청 담당공무원이 2016.3.25. 쟁점부동산의 현장을 확인하고 작성한 보고서에는 다음과 같이 기재되어 있다. ---------------------------------------------------------------------------- ○ 조사결과  - 사무실의 입구에는 청구법인의 상호가 부착되어 있음  - 사무실 4～5명, 서버실 1명이 근무하나 청구법인의 직원은 아님  (청구법인의 직원은 1명도 근무하고 있지 않음)  - 대표이사실과 기업부설연구소는 대표이사 등이 부재중인 상태임 ---------------------------------------------------------------------------- (사) 쟁점부동산의 평면도 등에 의하면 쟁점부동산은 청구법인이 기업부설연구소로 사용하는 면적과 나머지 면적 중 이미 취득세 등을 추징한 10㎡를 제외한 면적이고, 이 면적은 책상 등이 설치된 사무공간과 서버실인 것으로 나타난다.    (아) 원사업자 OOO 주식회사와 수급사업자 청구법인 사이에 2015.10.28 체결된 전산도급계약서 다음과 같이 기재되어 있다.    (자)청구법인(A)과 주식회사 OOO사이에 2015.10.25.체결된 하도급계약서의 주요내용은 다음과 같다.    (차) 청구법인의 급여대장에 의하면, 청구법인은 2015년 1월부터 6월까지 대표이사 OOO 등 4명에게 급여를 지급하였으나, 7월, 8월에는 OOO계약직 OOO 등 3명에게, 9월에는 OOO2인에게, 10월에는 OOO 계약직 2명에게, 11월, 12월에는 OOO2인에게 급여를 지급한 것으로 나타난다.    (카) 원사업자 OOO주식회사, 수급사업자 청구법인, 하도급사업자 주식회사 OOO이 2017.2.8. 작성한 근무사실확인서에 의하면, OOO 통합고객 시스템 구축 사업과 관련하여 근무장소는 원사업자가 지정한 장소인OOO개발실로 기재되어 있다.    (타) 처분청은 2016.3.25. 쟁점부동산 등에 현지 출장하여 확인한 결과, 위 부동산에 직원 4～5명이 근무하고 있었으나, 청구법인의 대표이사 및 직원은 1명도 없고 타 법인의 직원들만 근무하고 있음을 확인하고, 청구법인이 지식산업센터용으로 감면받은 건축물 32.588㎡ 및 부속토지 중 10㎡를 제외한 22.588㎡ 및 부속토지(쟁점부동산)를 취득일부터 5년 이내에 다른 용도로 사용하여 감면한 취득세 등이 추징대상이 된 것으로 보아, 2017.1.10. 청구법인에게 취득세 OOO농어촌특별세 OOO지방교육세 OOO합계 OOO을 부과·고지하였다.    (2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살펴본다.    「지방세특례제한법」제58조의2 제2항에서 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」제28조의4에 따라 지식산업센터를 신축하거나 증축하여 설립한 자로부터 최초로 해당 지식산업센터를 분양받은 입주자(「중소기업기본법」제2조에 따른 중소기업을 영위하는 자로 한정한다)에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 2013년 12월 31일까지 지방세를 경감한다고 규정하면서 그 제1호에서 사업시설용으로 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 75를 경감하되 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세를 추징한다고 규정하고 있고, 그 나목에서 그 취득일부터 5년 이내에 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우를 규정하고 있다.    처분청은 청구법인이 쟁점부동산을 취득일부터 5년 이내에 다른 용도로 사용한 것으로 보아 기 감면한 취득세 등을 추징하였으나, 청구법인은 쟁점부동산을 매각·증여하거나 임대한 사실이 나타나지 아니하는 점, 처분청이 작성한 출장복명서 등에 의하면 2016.3.25. 현재 쟁점부동산에 타 법인의 직원이 근무하고 있었다고 기재되어 있으나 타 법인의 직원이 쟁점부동산을 사용한 기간 등이 나타나지 않는 점, 쟁점부동산에 설치된 책상 등 집기 및 서버실 등은 청구법인이 설치한 것으로 보이고, 청구법인의 사업의 필요에 의하여 쟁점부동산을 타 법인의 직원들에게 일시적으로 사용하게 하였다는 사실만으로 쟁점부동산을 지식산업센터 외의 다른 용도로 사용하였다고 보기는 어려운 점, 청구법인이 쟁점부동산을 지식산업센터 외의 다른 용도로 사용하였다는 확정적인 증거는 제출되지 아니한 점 등에 비추어, 처분청이 제출한 자료만으로는 청구법인이 쟁점부동산을 지식산업센터 외의 다른 용도로 사용하였다는 사실이 확인된 것으로 보기 어려우므로 이 건 취득세 등을 추징한 처분은 잘못이라고 판단된다.     4. 결 론    이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」제96조 제4항, 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법률    (1) 지방세특례제한법(2012.4.27. 법률11241호로 개정되기 전의 것)    제46조[연구개발 지원을 위한 감면] ① 대통령령으로 정하는 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(부속토지는 건축물 바닥면적의 7배 이내인 것으로 한정한다. 이하 이 항에서 같다)에 대하여는 취득세를, 과세기준일 현재 기업부설연구소용에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세를 각각 2012년 12월 31일까지 면제한다. 다만, 연구소 설치 후 4년 이내에 정당한 사유 없이 연구소를 폐쇄하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세를 추징한다.  ② 대통령령으로 정하는 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서를 설치하고 있는 기업이 연구·개발을 위하여 수입하는 자동차에 대하여는 2012년 12월 31일까지 취득세를 면제한다. 다만, 취득 후 2년 이내에 연구·개발 목적 외의 용도로 사용하는 경우에는 면제된 취득세를 추징한다.    제58조의2[지식산업센터 등에 대한 감면] ② 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」제28조의4에 따라 지식산업센터를 신축하거나 증축하여 설립한 자로부터 최초로 해당 지식산업센터를 분양받은 입주자(「중소기업기본법」제2조에 따른 중소기업을 영위하는 자로 한정한다)에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 2013년 12월 31일까지 지방세를 경감한다.  1. 사업시설용으로 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 75를 경감한다. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세를 추징한다.  가. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우  나. 그 취득일부터 5년 이내에 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우    (2) 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률(2012.7.22. 법률 제10892호로 개정되기 전의 것)    제28조의5[지식산업센터에의 입주] ① 지식산업센터에 입주할 수 있는 시설은 다음 각 호의 시설로 한다.  1. 제조업, 지식기반산업, 정보통신산업, 그 밖에 대통령령으로 정하는 사업을 운영하기 위한 시설  2. 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」제2조 제1항에 따른 벤처기업을 운영하기 위한 시설  3. 그 밖에 입주업체의 생산 활동을 지원하기 위한 시설로서 대통령령으로 정하는 시설

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