창업중소기업이 취득한 부동산을 유예기간(2년) 내에 당해 사업에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있는지 여부

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창업중소기업이 취득한 부동산을 유예기간(2년) 내에 당해 사업에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있는지 여부

작성자: Tax

조회: 6484 등록일: 2013-11-18

[조심2013지0105 (2013.11.15) 취득세 경정] [결정요지] 청구법인의 의사와 무관하게 이 건 토지 일대가 일반산업단지로 지정.편입되었고, 이에 대한 지정해제를 위해 노력하는 과정에서 유예기간을 넘긴 것이므로 당해 목적 사업에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있는 것으로 봄이 타당함.     [관련법령] 조세특례제한법 제119조   
[주    문] 
  
처분청이2012.10.10. 청구인에게 한취득세OOO, 농어촌특별세 OOO, 등록세 OOO, 지방교육세 OOO 합계 OOO의 부과처분은 이를 취소한다. 
  
[이    유] 
  
1. 처분개요 
  
 가. 처분청은 철구조물제조업 등을 목적사업으로 하여 2008.1.8. 설립된청구법인이 2008.7.1. OOO를 취득한데 대하여구「조세특례제한법」(2008.12.26. 법률 제9272호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)제119조 제3항 및 제120조 제3항 규정에 의거 창업중소기업이 사업을 영위하기 위하여 취득하는 재산으로 보아 취득세 등을 감면하였으나, 청구법인이 취득일부터 2년 이내에 정당한 사유 없이 당해 사업에 직접 사용하지 아니하였다고 보아, 이 사건 토지의 취득가액OOO을 과세표준으로구「지방세법」(2008.12.31. 법률 제9362호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)제112조 제1항 및 제131조 제1항의 세율을 적용하여산출한취득세OOO, 농어촌특별세 OOO, 등록세 OOO, 지방교육세 OOO 합계 OOO을2012.10.10. 청구법인에게 부과·고지하였다. 
  
  나. 청구법인은 이에 불복하여 2012.12.6. 심판청구를 제기하였다. 
  
  
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 
  
 가. 청구법인 주장 
  
  청구법인이 공장을 신축하고자 2008.7.1. 이 사건 토지를 취득하고 기초바닥공사를 한 상태에서 경사면 옹벽설치 등 추가 공사 사유 발생으로 부득이 공사가 지연되어 2009.6.1.공사착공 연기신청을 하였으며, 2009년 9월경 설계변경 과정에서 토지이용계획원을 확인한 결과, 2009.8.3. 처분청과 산업단지 조성사업자의 실수로 이 사건 토지 중 OOO이 산업단지 내 완충녹지지역으로 지정·고시된 사실을 확인하였으며, 이 후 산업단지 조성업체 및 감독관청의 부주의를 주장하며 서면 및 구두로 수차에 걸쳐 완충녹지 지정해제를 요청하였으나 차일 피일 미루어져 2012.8.30.에야 지정해제가 되었는바, 청구법인이 이 사건 토지 취득 후 외부적인 장애사유에 의하여 공장건축공사를 착공하지 못한 것으로 보아 유예기간(2년) 이내에 사업에 직접 사용하지 못한 정당한 사유를 인정하여야 함에도 이 건 취득세 등을 추징한 처분은 부당하다. 
  
 나. 처분청 의견 
  
  구「조세특례제한법」제119조 제3항 및 제120조 제3항에서정당사유의유무를 판단함에 있어서는 부동산의 취득목적에비추어 그 목적사업에 직접 사용하는데 걸리는 준비기간의 장단, 목적사업에 사용할수 없는 법령상, 사실상의 장애 사유 및 장애 정도, 당해 법인이 부동산을 목적사업에사용하기 위한 진지한 노력을 다 하였는지 여부 등을 아울러 참작하여 판단하여야 할 것OOO인바, 
  
  청구법인이 제출한 불복사유서를 보면, 2008.7.1. 이 건 부동산 취득 후 1년이 다 된 시점인 2009.6.1. 착공신고서를 내었고, 착공신고서를 낸 날로부터 6개월 정도 경과한 2011년 초순경 착공을 위한 건축설계도면 작성에 들어갔으며, 건축설계도면을 작성하는 과정에서 ‘토지이용계획확인원’을 보고 이 사건 토지 중 쟁점토지가 완충녹지지역으로 지정OOO되었음을 확인하여 그때부터 완충녹지지역 해제를 위하여 처분청과 산업단지 조성업체와 협의 하였음을 볼 때, 이 사건 토지를 고유목적사업에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였음에도 불구하고 유예기간을 넘긴 경우로 볼 수 없으므로 이 건 취득세 등의 부과처분은 정당하다. 
  
  
 3. 심리 및 판단 
  
  가. 쟁 점 
  
   창업중소기업이 사업용으로 토지를 취득한 후 2년 이내에 목적사업에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있는 것으로 볼 수 있는지 여부 
  
  나. 관련법률 
  
   (1) 구 조세특례제한법 
  
제119조 (등록세의 면제 등)③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 등기에 대하여는 등록세를 면제한다. 다만, 제1호의 경우 등기일부터 2년 이내에 해당 재산을 정당한 사유 없이 해당 사업에 직접 사용하지 아니하거나 다른 목적으로 사용·처분(임대를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)하는 경우 또는 정당한 사유 없이 최초 사용일부터 2년간 해당 사업에 직접 사용하지 아니하고 다른 목적으로 사용하거나 처분하는 경우에는 면제받은 세액을 추징한다. 
  1. 창업중소기업 및 창업벤처중소기업이 해당 사업을 영위하기 위하여 창업일(창업벤처중소기업의 경우에는 벤처기업으로 확인받은 날을 말한다. 이하 같다)부터 4년 이내에 취득하는 사업용재산에 관한 등기 
  
제120조 (취득세의 면제 등)③ 창업중소기업 및 창업벤처중소기업이 당해 사업을 영위하기 위하여 창업일부터 4년 이내에 취득하는 사업용재산에 대하여는 취득세를 면제한다. 다만, 취득일부터 2년 이내에 당해 재산을 정당한 사유 없이 당해 사업에 직접 사용하지 아니하거나 다른 목적으로 사용·처분(임대를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)하는 경우 또는 정당한 사유 없이 최초 사용일부터 2년간 당해 사업에 직접 사용하지 아니하고 다른 목적으로 사용하거나 처분하는 경우에는 면제받은 세액을 추징한다. 
  
   (2) 건축법 
  
제15조 (건축주와의 계약 등) ① 건축관계자는 건축물이 설계도서에 따라 이 법과 이 법에 따른 명령이나 처분, 그 밖의 관계 법령에 맞게 건축되도록 업무를 성실히 수행하여야 하며, 서로 위법하거나 부당한 일을 하도록 강요하거나 이와 관련하여 어떠한 불이익도 주어서는 아니 된다. 
② 건축관계자 간의 책임에 관한 내용과 그 범위는 이 법에서 규정한 것 외에는 건축주와 설계자, 건축주와 공사시공자, 건축주와 공사감리자 간의 계약으로 정한다. 
③ 국토해양부장관은 제2항에 따른 계약의 체결에 필요한 표준계약서를 작성하여 보급하고 활용하게 하거나 「건축사법」 제31조에 따른 건축사협회(이하 "건축사협회"라 한다), 「건설산업기본법」 제50조에 따른 건설협회·전문건설협회 또는 업종별공사업협회로 하여금 표준계약서를 작성하여 보급하고 활용하게 할 수 있다. 
  
제21조 (착공신고 등) ① 제11조·제14조 또는 제20조 제1항에 따라 허가를 받거나 신고를 한 건축물의 공사를 착수하려는 건축주는 국토해양부령으로 정하는 바에 따라 허가권자에게 공사계획을 신고하여야 한다. 다만, 제36조에 따라 건축물의 철거를 신고할 때 착공 예정일을 기재한 경우에는 그러하지 아니하다. 
② 제1항에 따라 공사계획을 신고하거나 변경신고를 하는 경우 해당 공사감리자(제25조 제1항에 따른 공사감리자를 지정한 경우만 해당된다)와 공사시공자가 신고서에 함께 서명하여야 한다. 
③ 건축주는 「건설산업기본법」 제41조를 위반하여 건축물의 공사를 하거나 하게 할 수 없다. 
④ 제11조에 따라 허가를 받은 건축물의 건축주는 제1항에 따른 신고를 할 때에는 제15조 제2항에 따른 각 계약서의 사본을 첨부하여야 한다. 
  
   (3) 산업단지 및 개발에 관한 법률(2007.12.27. 법률 제8820호로 개정된 것, 2008.6.28. 시행) 
  
제12조 (행위제한 등)① 산업단지 안에서 건축물의 건축, 공작물의 설치, 토지의 형질변경, 토석의 채취, 토지분할, 물건을 쌓아놓는 행위 등 대통령령이 정하는 행위를 하고자 하는 자는 특별시장·광역시장·시장 또는 군수의 허가를 받아야 한다. 허가받은 사항을 변경하고자 하는 때에도 또한 같다. 
② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위는 제1항의 규정에 불구하고 허가를 받지 아니하고 이를 할 수 있다. 
 1. 재해복구 또는 재난수습에 필요한 응급조치를 위하여 하는 행위 
 2. 그 밖에 대통령령이 정하는 행위 
③제1항의 규정에 따라 허가를 받아야 하는 행위로서 산업단지의 지정 및 고시 당시 이미 관계 법령에 따라 행위허가를 받았거나 허가를 받을 필요가 없는 행위에 관하여 그 공사 또는 사업에 착수한 자는대통령령이 정하는 바에 따라 특별시장·광역시장·시장 또는 군수에게신고한 후 이를 계속 시행할 수 있다. 
  
 다. 사실관계 및 판단 
  
   (1) 구「조세특례제한법」제119조 제3항 및 제120조 제3항에서 창업중소기업 및 창업벤처중소기업이 당해 사업을 영위하기 위하여 창업일부터 4년 이내에 취득·등기하는 사업용 재산에 대하여는 취득세·등록세를 면제하되, 취득·등기일부터 2년 이내에 당해 재산을 정당한 사유 없이 당해 사업에 직접 사용하지 아니하거나 다른 목적으로 사용·처분하는 경우 또는 정당한 사유 없이 최초 사용일부터 2년간 당해 사업에 직접 사용하지 아니하고 다른 목적으로 사용하거나 처분하는 경우에는 면제받은 세액을 추징하도록 규정하고 있다. 
  
   (2) 청구법인이 이 사건 토지 취득(2008.7.1.) 후 1년 1개월 후인 2009.8.3. 쟁점토지 2필지(약 540평)가 OOO 내 완충녹지로 지정·고시OOO되었으며, 2012.8.30. OOO로 쟁점토지가 산업단지지구에서 제외된 사실이 확인된다. 
  
   (3) 「산업입지 및 개발에 관한 법률」제12조 제1항을 보면, 산업단지 안에서 건축물의 건축, 공작물의 설치 등의 행위를 하려는 자는 시장·군수의 허가를 받아야 한다고 규정하고 있으며, 청구법인이 제출한 이 사건 토지상의 공장용건축물의 설계도 등을 보면, 공장용건축물의 일부가 위 산업단지(완충녹지)에 편입된 것으로 나타난다. 
  
   (4) 청구법인이 이 사건 토지 취득 후 공장을 신축하기 위하여 추진한 내용 등을 보면, 다음과 같다. 
  
    (가) 2008년 4월중 공장부지 조성에 따른 설계용역계약을 체결(부지면적 5,844㎡, 건축면적 660㎡)하였다. 
  
    (나) 청구법인은 2008년 5월 공장신축으로 인한 OOO 신고를 하여 처분청이 이를 수리하였으며, 산지전용허가 복구비 OOO을 처분청(산림과)에 예치하였다. 
  
    (다) 2008.5.16. 처분청OOO으로부터 창업사업계획 승인을 받아 2008.6.4. 공장신축 건축허가(착공예정일 2009.6.3.)를 받았으며, 대지위치는 이 사건 토지 중 OOO로 되어 있다. 
  
    (라) 2008.6.24. 공장신축부지 내 묘지(3기) 이장 합의서 체결 후 2008.7.1. 이 사건 토지를 OOO에 취득하고, 2009.6.1. 자금사정 등으로 착공연기신청·승인(착공예정일 2010.6.1.)을 받았다. 
  
    (마) 쟁점토지(2필지)가 2009.8.3. OOO 내 완충녹지로 지정·고시되었고, 2010.5.31. 공장용 건축물 착공신고필증을 교부받았다. 
  
    (바) 2011.5.2. OOO의 시공사OOO가 처분청 산업지원과 담당자OOO 입회하에 작성한 완충녹지 해제 ‘약속이행 확인서’를 보면, 2011년 9월경 산업단지설계변경을 통하여 쟁점토지의 완충녹지 해제를 약속하였으며, 2012.7.31. 처분청OOO이 청구법인에게 쟁점토지에 대하여 2012년 8월중으로 OOO을 변경할 예정이라고 되어 있다. 
  
    (사) 당원 조사자가 위 처분청 산업지원과 담당자OOO와 통화한 결과, 청구법인의 대표이사가 쟁점토지의 완충녹지 편입에 따라 공장건축에 장애가 있다는 이유로 여러 차례 처분청을 방문하여 완충녹지 편입에 대한 해제요청을 한 사실이 있음이 확인되었다. 
  
   (5) 처분청 담당공무원OOO이 이 건 심판청구 후인 2013년 5월에 현장을 확인한 결과, “공장건축공사가 미착공된 상태에서 진입로 공사와 부지조성작업이 되어 있고, 한 쪽에 경사면 공사가 이루어져 있으며, 전체적인 현황을 볼 때, 한 번에 공사가 이루어지지 아니하고 조금씩 공사가 진행되는 것으로 보인다”고 진술하면서 사진 2매를 제출하였다. 
  
   (6) 우리 원이 처분청 건축과 및 산업단지 담당부서인 기업지원과에 쟁점토지의 산업단지 편입(2009.8.3.) 이후 2010.5.31. 착공신고필증이 교부된 사실과 관련하여 공장착공 가능여부와 그 근거자료 및 착공신고필증 교부사유에 대한 의견조회OOO 후 회신된 내용을 보면, 다음과 같다. 
  
  
  
   (7) 위 사실관계와 관련법률 등을 종합하여 살피건대, 창업중소기업이 사업용부동산을 취득·등기일로부터 2년 이내에 직접 사용하지 못한 ‘정당한 사유’의 판단기준은 법령에 의한 금지·제한 등 당사자가 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유로 인한 것이거나, 부동산을 사업용 건축물의 용도에 사용하기 위하여 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없거나 기타 객관적인 사유로 인하여 부득이 당해 용도에 사용할 수 없는 내부적 사유 등을 말하는바, 청구법인이 2008.6.4. 건축허가를 받은 후 자금사정 등의 내부적인 사정에 의하여 2009.6.1. 착공연기 신청을 한 다음 이 건 심판청구일 현재까지 공장용건축물이 착공되지 아니한 점은 인정되나, 이 사건 토지 취득일부터 1년 2개월이 경과한 2009.8.3. 청구법인의 의사와 관계없이 쟁점토지가 OOO로 지정·편입되어 「산업입지 및 개발에 관한 법률」제12조 제1항 규정에 따라 공장용건축물의 건축행위가 제한된 것으로 볼 수 있는 점, 청구법인이 위 건축행위 제한을 이유로 처분청OOO에 여러 차례 산업단지 지정해제를 요청하여 결국 편입된지 3년이 경과한 2012.8.30.에야 지정해제 된 사실이 나타나는 점, 이 사건 토지의 취득일부터 이 건 심판청구일(2012.12.6.) 현재까지의 기간 중 위 외부적 장애사유인 산업단지 녹지지역지정에서 해제된 기간(3년)을 제외하면 1년 4개월이 경과하여 유예기간인 2년이 도래하지 아니한 점, 처분청의 건축과(2013.9.10.)는 쟁점토지의 산업단지 편입 후 착공신고필증을 교부한 사유가 산업단지의 편입과 관계없이 이루어진 것으로 회신하였으나, 처분청의 산업단지 관리부서인 기업지원과(2013.10.18.)에서는 쟁점토지가 산업단지에 편입되었으므로 잔여부지로 공장신축을 하기에 어려움이 있었을 것이라고 회신한 점 등을 고려하여 볼 때, 청구법인이 이 사건 토지를 취득한 후 법령에 의하여 쟁점토지가 산업단지에 편입되는 예상하지 못한 장애사유가 발생함으로써 2년 이내에 목적사업에 직접 사용하지 못한 정당한 사유를 인정하는 것이 합리적이라고 하겠다. 
  
    따라서 처분청이 청구인에게 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이라고 판단된다. 
  
  
4. 결  론 
  
   이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」 제123조 제4항과 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

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