건축허가 신청 반려로 재건축조합의 설립이 지체되어 재건축조합을 대신하여 부동산을 취득?등기한 경우 등록세 납세의무자가 될 수 있는지 여부와 대도시내에서 설립된 지 5년 이상 된 휴면법인을 인수한 후 회사 계속등기 및 상호 등을 변경 등기하고 부동산을 취득?등기한 경우, 회사계속 등기일을 법인설립일로 보아 그 후 취득?등기한 부동산에 대하여 등록세를 중과세 하는 것이 적법한지 여부

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심판(심사)사례

건축허가 신청 반려로 재건축조합의 설립이 지체되어 재건축조합을 대신하여 부동산을 취득?등기한 경우 등록세 납세의무자가 될 수 있는지 여부와 대도시내에서 설립된 지 5년 이상 된 휴면법인을 인수한 후 회사 계속등기 및 상호 등을 변경 등기하고 부동산을 취득?등기한 경우, 회사계속 등기일을 법인설립일로 보아 그 후 취득?등기한 부동산에 대하여 등록세를 중과세 하는 것이 적법한지 여부

작성자: Tax

조회: 7952 등록일: 2013-01-31

[ 조심2008지0066 (2008.06.27) 등록세 기각] [관련법령]  지방세법 제124조【납세의무자】 / 지방세법시행령 제102조【대도시내 법인등 중과세의 범위와 적용기준】    
[주    문] 
     
 심판청구를 기각합니다. 
  
[이    유] 
    
1. 처분 개요 
  
가. 청구인은 1996.6.20. 서울특별시 성북구 OOOO OOOOO번지를 본점 소재지로 하여 설립되어 2001.12.4. 상법 제520조의2제1항 규정에 의하여 해산된 청구외 OOOO주식회사(이하 “청구외 종전 법인”이라 한다)에 대하여 2002.9.6. 회사계속등기를 하고 상호를 주식회사 OOOOOO으로, 본점소재지를 서울특별시 강남구 OOO OOOOO번지로 변경 등기하고 2002.9.11. 자본금을 종전 50,000,000원에서 350,000,000원으로 증자(이하 “이 사건 증자등기”라고 한다)등기를 하였다. 
  
 나. 2003.3.20.부터 2006.7.11.까지 청구외 양OO 등으로부터 서울특별시 강동구 OOO OOOOOO번지외 33필지 (이하 “이 사건 부동산”이라고 한다.)를 19,104,477,330원에 취득하고 지방세법 제137조 제1항 제1호 (2)의 세율을 적용하여 산출한 등록세 385,119,540원, 지방교육세 77,023,900원 합계 462,143,440원을 신고 납부하고 소유권 이전등기를 하였다. 
  
 다. 처분청은 청구인의 경우 이미 해산 등기된 청구외 종전법인에 대하여 회사계속등기를 한 후, 상호와 목적사업 등을 변경하였으므로 청구인과 청구외 종전법인은 동일성이 없는 별개의 법인으로 보아 회사 계속 등기일인 2002.9.6.을 청구인의 설립일로 판단하고 이로부터 5년 이내에 취득·등기한 이 사건 부동산을 등록세 중과세 대상으로 보아 그 취득가액에 구 지방세법 제138조 제1항 제3호의 등록세 중과세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 납부한 세액을 차감한 등록세 925,103,730원, 지방교육세 171,274,090원 합계 1,096,377,820원(가산세 포함)을 2007.10.10. 청구인에게 부과고지 하였다. 
  
  라. 청구인은 이에 불복하여 2008.1.17. 심판청구를 제기하였다. 
  
2. 청구인 주장 및 처분청 의견 
  
가. 청구인 주장 
  
 (1) 청구인은 이 사건 부동산의 경우 OOOOOOOO조합(이하 “청구외 조합”이라고 한다)의 지역주택조합사업을 시행하기 위하여 공동사업시행자인 청구외 조합과 청구인이 공동으로 취득하였으나, 청구외 OOOO주식회사의「OOOOOOOO조합사업계획」신청을 처분청이 부당하게 반려함에 따라 청구외 조합의 설립이 불가능하여 부득이 청구인 단독으로 소유권 이전등기를 한 것이므로 처분청이「OOOOOOOO조합사업계획」신청을 부당하게 반려하지 아니하였다면 이 사건 부동산은 청구인을 거치지 아니하고 바로 청구외 조합 명의로 소유권 이전등기가 이루어졌을 것이나, 처분청의 잘못된 행정으로 인하여 부득이 청구인 명의로 소유권이전등기를 하여 청구인의 입장에서는 부담하지 않아도 될 취득세와 등록세를 부담한 것으로서 이는 처분청의 과실에 의한 것임에도 처분청에서 청구인에게  이사건 부동산의 등록세를 신고 납부하도록 한 것은 부당하다. 
  
 (2) 지방세법에서 회사 계속등기 후 5년 이내에 등기하는 부동산에 대하여 등록세를 중과세 한다는 규정이 없음에도 처분청이 이를 등록세 중과세 대상으로 보는 것은 처분청의 자의적인 해석으로 조세법률주의에 위배되므로 부당하다. 
  
나. 처분청 의견 
  
 (1) 처분청이 청구외 OOOO주식회사의「OOOOOO주택사업계획」신청을 반려하여 청구외 조합의 설립이 지체됨에 따라 부득이 청구인 명의로 이 사건 부동산의 소유권이전등기를 하였다고 하더라도 일단 청구인이 등록세를 신고 납부하고 소유권 이전등기를 필한 이상 등록세 납세의무자는 청구인이라 할 것이므로 청구인을 이 사건 부동산의 등록세 납세의무자로 본 것은 적법하다. 
  
 (2)청구인의 경우상법 제520조의2 제1항의 규정에 의하여 해산등기된 청구외 종전법인을 2002.9.6. 회사 계속등기를 한 후, 상호,본점소재지,대표이사, 임원과 목적사업을 모두 변경하였음을 볼 때, 이는청구외종전법인과는 전혀 관계없는 사실상 법인을 새로이 설립한 것으로 보아야 하므로회사계속등기일인2002.9.6.을 청구인의 법인 설립일로 보아이로부터 5년 이내에 취득·등기한이 사건 부동산에 대하여 구지방세법제138조제1항제3호의등록세 중과세율을적용하여산출한 세액에서 기 납부한 세액을 차감한등록세 등을 부과 고지한 것은 적법하다. 
 3. 심리 및 판단 
  
 가. 쟁점 
  
 (1)처분청의 건축허가 신청 반려로재건축조합의 설립이 지체되어 청구인이 재건축조합을 대신하여 부동산을 취득·등기한 경우 청구인이 등록세 납세의무자가 될 수 있는지 여부 
  
 (2) 대도시내에서 설립된 지 5년 이상 된 휴면법인을 인수한 후 회사 계속등기 및 상호 등을 변경 등기하고 부동산을 취득·등기한 경우, 회사계속 등기일을 법인설립일로 보아 그 후 취득·등기한 부동산에 대하여 등록세를 중과세 하는 것이 적법한지 여부 
  
 나. 관련법령 
  
(1) 지방세법 제124조【납세의무자】등록세는 재산권 기타 권리의취득·이전·변경 또는 소멸에 관한 사항을공부에 등기 또는 등록(등재를포함한다. 이하 같다)하는 경우에 그 등기 또는 등록을 받는 자에게 부과한다. 
  
제138조【대도시 지역내 법인등기등의 중과】① 다음 각호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한당해 세율의 100분의 300으로 한다. 
1. 대도시안에서의 법인의 설립(설립후 5년이내에 자본 또는 출자액을증가하는 경우를 포함한다)과 지점 또는 분사무소의 설치에 따른 등기 
2. 생략 
3. 대도시내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소 지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기 
  
 (2)지방세법시행령제102조【대도시내 법인등 중과세의 범위와 적용기준】② 법 제138조제1항제3호에서 "법인의 설립과 지점 또는 분사무소의설치및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의전입에 따른 부동산등기"라 함은 당해 법인 또는 지점등이 그 설립·설치·전입이전에 취득하는 일체의 부동산등기를 말하며, "그 설립·설치·전입이후의 부동산등기"라 함은 법인 또는 지점등이 설립·설치·전입이후 5년이내에 취득하는 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용을 불문한 일체의 부동산등기를 말한다. 이 경우 일체의 부동산등기에는 공장의 신설·증설, 공장의 승계취득, 당해 대도시내에서의 공장의 이전 및 공장의 업종변경에 따르는 부동산취득등기를 포함하며, "지점등"이라 함은 행정자치부령이 정하는 사무소 또는 사업장을 말한다. 
  
(3) 상법 제172조【회사의 성립】 회사는 본점소재지에서 설립등기를함으로써 성립한다. 
  
제434조【정관변경의 특별결의】제433조제1항의 결의는 출석한 주주의의결권의 3분의 2 이상의 수와발행주식총수의 3분의 1 이상의 수로써하여야 한다. 
  
 제520조의2【휴면회사의 해산】 ① 법원행정처장이 최후의 등기후 5년을 경과한 회사는 본점의 소재지를 관할하는 법원에 아직 영업을폐지하지 아니하였다는 뜻의 신고를 할 것을 관보로써 공고한 경우에, 그 공고한 날에 이미 최후의 등기후 5년을 경과한 회사로서 공고한날로부터 2월 이내에 대통령령이 정하는 바에 의하여 신고를 하지 아니한 때에는 그 회사는 그 신고기간이 만료된 때에 해산한 것으로 본다. 그러나 그 기간내에 등기를 한 회사에 대하여는 그러하지 아니하다. 
  
 ③ 제1항의 규정에 의하여 해산한 것으로 본 회사는 그 후 3년 이내에는 제434조의 결의에 의하여 회사를 계속할 수 있다. 
  
 ④ 제1항의 규정에 의하여 해산한 것으로 본 회사가 제3항의 규정에 의하여 회사를 계속하지 아니한 경우에는 그 회사는 그 3년이 경과한 때에 청산이 종결된 것으로 본다. 
  
 다. 사실관계 및 판단 
  
 (1) 청구인은 1996.6.20. 서울특별시 성북구 OOOO OOOOO번지를 본점 소재지로 하여 설립되어 2001.12.4. 상법 제520조의2제1항 규정에 의하여 해산된 청구외 종전 법인에 대하여 2002.9.6. 회사계속등기를 하고 상호를 주식회사 OOOOOO으로, 본점소재지를 서울특별시 강남구 OOO OOOOO번지로, 목적사업을 주택사업 및 분양업 등으로 변경 등기하고 2002.9.11. 자본금을 종전 50,000,000원에서 350,000,000원으로 증자(이하 “이 사건 증자등기”라고 한다)등기한 사실이 있다. 
  
 (2) 2003.6.11. 청구외 OOOO주식회사는 이 사건 토지상에 주택을 신축하기 위하여 주택건설사업계획승인 신청을 하였으나 “서울특별시 공동주택 건립관련 지구단위계획수립지침”에 적합하도록 아파트 건립계획을 변경하라는 사유로 2003.6.24. 처분청으로부터 반려된 사실이 있다. 
  
 (3) 청구외 OOOO주식회사는 이에 불복하여 서울행정법원에 주택건설사업계획승인신청서반려처분 취소 소송을 제기하여 2004.1.18. 승소판결을 받았으며 2005.12.21. 처분청으로부터 주택건설사업계획승인을 받았다. 
  
 (4)2003.3.20.부터 2006.7.11.까지이 사건 부동산을19,104,477,330원에취득하고 등록세 일반세율을 적용하여 등록세 등 462,143,440원을 신고납부하고 소유권 이전등기를 하였다. 
  
 (5)첫째, 등록세는 단순한 사실의 존재를 과세물건으로 하여 그 등기 또는 등록을 받는 자에게 부과하는 세금으로서 등기 또는 등록의 유·무효나 실질적인 권리 귀속 여부와는 관계가 없는 것이므로 등기 또는 등록명의자와 실질적인 권리 귀속 주체가 다르다거나 일단 공부에 등재되었던 등기또는 등록이 뒤에 원인무효로 말소되었다 하더라도 위와 같은 사유는 그 등기 또는 등록에 따른 등록세 부과처분의 효력에 아무런 영향이 없다(대법원 2000두7896, 2002.6.28.)고 할 것이므로 
 (6) 비록 처분청의「OOOOOO주택사업계획신청」반려로 인하여 청구외  OOOOOO주택조합을 설립할 수 없어 부득이 청구인 명의로 이 사건 토지의  소유권이전 등기를 하였다고 하더라도 일단 청구인이 등록세를 신고 납부하고 소유권 이전등기를 필한 이상 등록세 납세의무자가 아니라는 청구인의 주장은 받아들일 수 없다고 할 것이며 
   
 (7) 둘째, 청구인은 지방세법에회사 계속등기 후 5년 이내에 등기하는 부동산에대하여 등록세를 중과세 한다는 규정이 없음에도 처분청이 이를 등록세중과세 대상으로 보아 등록세를 중과세하는 것은 처분청의 자의적인 해석으로 조세법률주의에 위배된다고 주장하고 있으나 
  
 (8)지방세법 제138조제1항제3호 및 같은 법시행령 제102조에서 “대도시내에서의 법인의 설립”이란설립등기에 의한 설립만을 지칭한다기 보다는법인의 실질적인 설립행위를 포함하는것으로 해석할 수 있고 같은 항제2호에서도 대도시 내로의법인 본점 등의 전입은 법인의 설립으로 보아 같은 세율을 적용한다고규정하는바, 전입과 설립이 동격으로 나란히 규정되어 있는 형태에 비추어 보더라도, 설립은 “설립등기에 의한 설립”이라기보다 법인의실질적인 설립행위 자체를 가리키는 것으로 보는 것이 더 자연스럽다 할 것이며 
  
 (9)지방세법 제138조에 따른 등록세 중과대상이 되는 경우에는 대통령령이정하는 날부터 30일 이내에 중과세율을 적용한 세액에서 이미 납부한세액을 공제한 금액을 신고 납부하도록 하면서 같은 법 시행령 제104조의2 제2항 제1호에서 법인을 신설하는 경우에는 당해 사무소 또는사업장이 사실상 설치된 날을 그 기산점으로 정하고 있는 바 위 규정은부동산 취득 등기 이후에 법인이 설립되는 경우에는 사무소 또는 사업장의 사실상 설치와 같은 실질적인 설립행위를 기준으로 설립 여부를판단하여 등록세 중과여부를 결정하도록 정한 것이라고 할 수밖에없다고 할 것이므로 ( 서울고등법원 2007.12.4.선고 2007누12691 참조) 
  
 (10) 청구인의 경우상법 제520조의2 제1항의 규정에 의하여 해산등기된 청구외 종전법인을 2002.9.6. 계속등기한 후, 상호, 본점소재지, 대표이사, 임원과 목적사업을 모두 변경하였음을볼 때, 
  
 (11)비록 청구인이 회사 설립등기를 하지 않고 기존 회사를 인수함으로써당초 청구외 종전법인의 법인격이 유지되었다 하더라도 청구외종전법인의 상호, 본점소재지, 목적사업, 임원 등을 모두 변경함으로써청구외 종전법인과 청구인은 동일성을 찾을 수 없을 정도로 변경되었다고 볼 수 있고 따라서 이는 회사인수 후 변경등기의 형태를 취하였다 하더라도 새로운 회사가 설립된 것과 실질적으로 아무런차이를 찾을 수 없으므로 청구외 종전법인의 상호 등을 변경 등기한2002.9.6. 청구인의 실질적인 설립행위가 있었다고 할 것인 바, 이날부터5년 이내 청구인이 이 사건 부동산을 취득하고 등기를 한 것은지방세법 제138조 제1항 제3호 및 같은 법시행령 제102조 제2항에서 규정하는법인 설립 이후 5년 이내에 취득한 부동산을 등기한 것에해당하므로 처분청이 이 사건 등록세 등을 중과세한 처분은 적법한 것으로판단된다. 
  
4. 결  론          
  
 이 사건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유 없으므로 지방세법 제77조 제5항, 국세기본법 제81조 및 같은 법 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

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