휴업중에 있는 법인을 인수하여 새로이 법인의 조직 등을 변경하고 사업을 개시한 경우 대도시내에서의 새로운 법인설립에 해당되는 것으로 볼 수 있는지 여부

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심판(심사)사례

휴업중에 있는 법인을 인수하여 새로이 법인의 조직 등을 변경하고 사업을 개시한 경우 대도시내에서의 새로운 법인설립에 해당되는 것으로 볼 수 있는지 여부

작성자: Tax

조회: 9279 등록일: 2013-01-25

[조심2008지0599,2009.04.08,등록세 기각]
[결정요지] 
휴업중에 있는 법인을 인수하여 새로이 법인의 조직 등을 변경하고 사업을 개시한 경우 대도시내에서의 새로운 법인설립에 해당됨 
 [관련법령] 
 지방세법 제138조【대도시 지역내 법인등기등의 중과】 / 지방세법시행령 제102조【대도시내 법인 등 중과세의 범위와 적용기준】 
 
[주    문] 
  
심판청구를 기각한다 
  
[이    유] 
 1. 처분 개요 
  가. 청구인은 2003.5.13.부터 2004.12.27. 사이에 서울특별시 OO구 OO동 64-13번지 외 8필지 토지(이하 “이 사건 토지”라 한다)를 취득한 후  그 지상에 오피O텔 및 근린생활시설용 건축물 24,287.79㎡(이하 “이 사건 신축건축물”이라 한다)를 2007.10.16. 신축한 후 일반세율을 적용하여 산출한 등록세 등 1,027,492,150원을 신고납부하였다.    
  나. 처분청은 청구인이 당초 (주)대OOOO(이하 “종전법인”이라 한다)이라는 상호로 법인설립등기를 하고 사업을 영위하다가 2002.7.1.부터 휴업중인 상태에서 2003년 4월 주주가 변경되고, 2003.5.3. 임직원, 목적사업, 본점 소재지 등이 완전히 변경되었으므로 이를 대도시내에서 새로이 법인을 설립한 것으로 보아 이 사건 토지와 이 사건 신축건축물은 대도시내 법인설립후 5년 이내에 취득하는 부동산에 대한 등기로서 등록세 중과세 대상에 해당된다고 판단하여 이 사건 토지와 신축건축물의 취득가액에 지방세법 제138조제1항의 중과세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 납부한 세액을 차감한 등록세 2,134,892,760원, 지방교육세 392,728,790원, 합계 2,527,621,550원(가산세 포함)을 2008.5.8. 부과고지하였다.    
  다.청구인은 이러한 등록세 등 부과처분에 불복하여 2008.8.1. 심판청구를 제기하였다. 
  
2. 청구인 주장 및 처분청 의견 
  가. 청구인 주장 
  (1) 종전법인의 법인설립등기일은 1994.9.27.이며 주식회사는 설립등기를 마침으로써 성립하고 이미 설립등기를 마친 법인이 영업활동을 하지 않고 있는 경우에 관하여 법률에서 아무런 규정을 하고 있지 않으므로 법인격 자체가 소멸하지 않는 한 당해 법인의 설립일은 당초 설립등기일로 보아야 하며, 주식회사는 주식의 양도·양수가 자유로이 허용되고 적법한 절차에 따라 회사의 정관, 목적사업, 자본금, 임원, 본점 등의 변경이 가능하며, 회사가 법인격을 상실하는 경우에 관하여 상법에 별도 규정이 있으므로 이러한 인적·물적 변경이 법률의 규정에 따라 이루어진 이상 이로 인하여 회사의 동일성이 상실된다고 볼 수 없고,    
  (2) 휴면법인에 대하여 지방세법상 별도로 정의하고 있지 아니하며, 상법상 휴면법인은 형식상 법인등기부에 등재되어 있으나 실질적으로 단체로서의 활동을 하지 않는 법인을 의미하는 것으로서, 상법상 휴면법인은 설립 후 1년 내에 영업을 개시하지 아니하거나 최후 등기일 이후 5년을 경과한 회사가 폐업 등의 이유로 법인의 해산명령 또는 판결을 받은 경우로서 법인의 해산대상 공고가 있었다 하더라도 회사계속 신고를 하는 경우에는 존속할 수 있는 규정을 볼 때 휴면법인은 법원의 해산명령을 받을 수 있는 부실한 상태를 5년 이상 장기간 유지한 경우에 휴면법인으로 간주할 수 있다고 보아야 할 것으로서, 청구인은 설립등기일인 1994.9.27.부터 2001.12.31.까지 영업실적이 있는 정상법인이며 사업부진 등의 사유로 2002.7.1.부터 2002.12.31.까지 휴업하는 것으로 관할 세무서장에게 신고하는 등 정상적인 사업을 영위한 법인으로 휴면법인에 해당되지 않는다고 보아야 할 것이므로, 처분청이 청구인을 휴면법인을 인수한 시점에서 새로이 법인을 설립한 것으로 보아 이 사건 토지와 신축 건축물에 대하여 등록세를 중과세한 처분은 부당하므로 취소되어야 한다.    
 나. 처분청 의견 
  (1) 대도시내에서 법인설립후 5년 이내에 취득한 부동산에 대하여 등록세를 중과세하는 취지는 인구와 경제력의 대도시집중을 억제함으로써 대도시 주민의 생활환경을 보존 개선하고 지역간의 균형발전 내지는 지역경제를 활성화하려는 정책목표를 달성하기 위하여 인구와 경제력의 집중효과를 초래하는 법인에 대하여 대도시내에서 법인 신설을 억제하려는 데 그 목적이 있다 할 것이다.    
  (2) 청구인의 경우 형식상 종전 법인의 법인격을 승계하였을 뿐 실제로는 변경등기를 통하여 본점, 목적사업 등을 완전히 변경함으로써 종전 법인과의 동일성을 인정할 수 없다 하겠으며, 종전 법인과는 경제적 실질을 달리하고 있다고 할 것이므로 2003.5.3. 변경등기를 한 시점에서 실질적으로 대도시내에서 새로운 법인을 설립한 경우에 해당된다고 보아야 할 것이고, 이 사건 토지와 신축건축물은 이와 같이 대도시내에서 새로운 법인설립후 5년 이내에 취득한 부동산에 해당된다 하겠으므로 등록세 중과세 처분은 정당하다.    
3. 심리 및 판단 
  가. 쟁  점 
  휴업중에 있는 법인을 인수하여 새로이 법인의 조직 등을 변경하고 사업을 개시한 경우 대도시내에서의 새로운 법인설립에 해당되는 것으로 볼 수 있는지 여부    
  나. 관련 법령 
  (1) 구 지방세법(2005.12.31. 법률 제7843호로 개정되기 전의 것) 제138조 (대도시 지역내 법인등기등의 중과) ① 다음 각호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 한다. 다만, 수도권정비계획법 제6조제1항제1호의 규정에 의한 과밀억제권역(산업집적활성화및공장설립에관한법률의 적용을 받는 산업단지를 제외한다. 이하 이 조에서 "대도시"라 한다)안에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령이 정하는 업종과 법인이 사원에게 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 대통령령이 정하는 주거용부동산에 관한 등기 및 외국인투자촉진법에 의한 외국인투자기업이 2003년 12월 31일까지 행하는 공장의 신설 또는 증설에 따른 부동산등기(외국인투자비율에 해당하는 부동산의 등기에 한한다)에 대하여는 그러하지 아니하다.    
  ③ 제1항의 규정에 의한 등록세 중과세의 범위와 적용기준 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정하고, 제1항제4호의 규정에 의한 공장의 범위와 적용기준은 행정자치부령으로 정한다.    
   1. 대도시안에서의 법인의 설립(설립후 5년 이내에 자본 또는 출자액을 증가하는 경우를 포함한다)과 지점 또는 분사무소의 설치에 따른 등기    
   2. 대도시외의 법인이 대도시내에로의 본점 또는 주사무소의 전입(전입후 5년 이내에 자본 또는 출자액을 증가하는 경우를 포함한다)에 따른 등기. 이 경우 전입은 법인의 설립으로 보아 세율을 적용한다.      3. 대도시내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점ㆍ주사무소ㆍ지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후의 부동산 등기    
  (2)구 지방세법시행령(2008.2.29. 법률 제20708호로 개정되기 전의 것)제102조(대도시내 법인 등 중과세의 범위와 적용기준) ②법 제138조 제1항 제3호에서 “법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점ㆍ주사무소ㆍ지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기”라 함은 당해 법인 또는 지점 등이 그 설립ㆍ설치ㆍ전입(수도권의 경우 서울특별시외의 지역에서 서울특별시내로의 전입은 대도시내로의 전입으로 본다. 이하 이 조에서 같다) 이전에 취득하는 일체의 부동산등기(채권을 보전하거나 행사할 목적으로 하는 부동산등기를 제외한다. 이하 이 조에서 같다)를 말하며, “그 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후의 부동산등기”라 함은 법인 또는 지점 등이 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후 5년 이내에 취득하는 업무용ㆍ비업무용 또는 사업용ㆍ비사업용을 불문한 일체의 부동산등기를 말한다. 이 경우 일체의 부동산등기에는 공장의 신설ㆍ증설, 공장의 승계취득, 당해 대도시내에서의 공장의 이전 및 공장의 업종변경에 따르는 부동산취득등기를 포함하며, "지점 등" 이라 함은행정자치부령이 정하는 사무소 또는 사업장을 말한다.    
  (3) 상법 제172조(회사의 성립) 회사는 본점소재지에서 설립등기를 함으로써 성립한다. 
  (4) 상법 제520조의2(휴면회사의 해산) ① 법원행정처장이 최후의 등기후 5년을 경과한 회사는 본점의 소재지를 관할하는 법원에 아직 영업을 폐지하지 아니하였다는 뜻의 신고를 할 것을 관보로써 공고한 경우에, 그 공고한 날에 이미 최후의 등기후 5년을 경과한 회사로서 공고한 날로부터 2월 이내에 대통령령이 정하는 바에 의하여 신고를 하지 아니한 때에는 그 회사는 그 신고기간이 만료된 때에 해산한 것으로 본다. 그러나 그 기간내에 등기를 한 회사에 대하여는 그러하지 아니하다.    
  ③ 제1항의 규정에 의하여 해산한 것으로 본 회사는 그 후 3년 이내에는 제434조의 결의에 의하여 회사를 계속할 수 있다. 
  
  ④ 제1항의 규정에 의하여 해산한 것으로 본 회사가 제3항의 규정에 의하여 회사를 계속하지 아니한 경우에는 그 회사는 그 3년이 경과한 때에 청산이 종결된 것으로 본다.    
  다. 사실관계 및 판단 
  (1) 청구인의 법인등기부상 변경등기 내역은 다음과 같다. 
    
  (2) 종전법인은 2002년 손익계산서상 영업수입이 전혀 없고, 2001년도에는 매출액으로 수입수수료가 44,912,070원이 있으며, 2001.9.27. 근로소득세 12,480원, 법인세 29,770원을 납부한 실적이 있고 그 이후 청구외 (주)다O가 청구인의 주식을 인수하기 이전에는 근로소득세 등의 납부실적이 없다.     
  (3) 청구외 (주)다O는 2003.4.30. 종전법인의 주주이었던 홍OO외 2인으로부터 주식 100%를 양수하였으며, 청구외 (주)다O는 1995.9.5. 청구인의 본점소재지인 서울특별시 OO구 OO동 14-11번지를 지점소재지로 하여 지점설치 등기를 하였고, 청구인의 현재 대표이사가 감사로 재직중에 있는 법인이다.       (4)지방세법 제138조제1항제3호 및 같은 법시행령 제102조에서 “대도시내에서의 법인의 설립”이란설립등기에 의한 설립만을 지칭한다기 보다는법인의 실질적인 설립행위를 포함하는 것으로 해석할 수 있고 같은 항제2호에서도 대도시 내로의법인 본점 등의 전입은 법인의 설립으로 보아 같은 세율을 적용한다고규정하는바, 전입과 설립이 동격으로 나란히 규정되어 있는 형태에 비추어 보더라도, 설립은 “설립등기에 의한 설립”이라기보다법인의 실질적인 설립행위 자체를 가리키는 것으로 보는 것이 더 자연O럽다할 것이며,    
  (5)지방세법 제138조에 따른 등록세 중과대상이 되는 경우에는 대통령령이정하는 날부터 30일 이내에 중과세율을 적용한 세액에서 이미 납부한세액을 공제한 금액을 신고 납부하도록 하면서 같은 법 시행령 제104조의2제2항제1호에서 법인을 신설하는 경우에는 당해 사무소 또는사업장이 사실상 설치된 날을 그 기산점으로 정하고 있는 바 위 규정은부동산 취득 등기 이후에 법인이 설립되는 경우에는 사무소 또는사업장의 사실상 설치와 같은 실질적인 설립행위를 기준으로 설립 여부를판단하여 등록세 중과여부를 결정하도록 정한 것이라고 할 수 밖에없다고 할 것이고, 세법의 규율대상인 경제현상이 다양하고 끊임없이 변화함에 비추어 입법기술상 어느 정도 다의적인 개념의 사용과 그에 대한 해석행위는 과세에 불가피 한 것이며, 법 제138조의 입법취지를 고려하면 위 설립에는 설립등기 없이 실질적인 설립행위만이 있는 경우도 포함된다고 해석함이 상당하고, 위와 같은 해석이 조세법률주의에 위반되는 확장해석 내지 유추해석이라고는 보이지 아니하는 것(서울고등법원 2007.OOOOO 선고 2007누OOOOO 판결 참조)으로 보아야 하므로    
  (6) 청구인의 경우 종전법인은 1994.9.27. 설립 등기를 하였으나 2001년 법인세 납부실적과 근로소득세 납부내역을 보면 그 무렵부터 정상적인 영업활동이 이루어지지 아니한 상태이었다고 보여지고, 2003.4.30. 주주가 변경되고, 2003.5.3. 목적사업, 임원, 본점소재지 등이 변경등기함으로써비록 청구인이 회사 설립등기를 하지 않고 주식양수도의 방법에 의하여 경영주가 변경됨으로써형식상종전법인의 법인격이 유지되었다고 하더라도종전법인의 상호, 본점소재지, 목적사업, 임원 등을 모두 변경함으로써종전법인과 청구인은 동일성을 찾을 수 없을 정도로 변경되었다고 볼 수 있고 따라서 이는 회사인수 후 변경등기의 형태를 취하였다 하더라도 새로운 회사가 설립된 것과 실질적으로 아무런차이를 찾을 수 없으므로 법인등기부상 종전법인의 상호 등을 변경등기한 날인2003.5.3.청구인의 실질적인 설립행위가 있었다고 할 것인 바, 이 날로부터5년 이내에 취득한 이 사건 토지 및 신축건축물에 대한 등기는 지방세법 제138조제1항제3호 및 같은 법시행령 제102조제2항에서 규정하고 있는 법인 설립 이후 5년 이내에 취득한 부동산을등기한 것에 해당한다고 보여진다.    
  (7) 따라서 처분청이 이 사건 토지 및 신축건축물의 취득 등기에 대하여 등록세 중과세대상에 해당된다고 보아 등록세를 중과세한 처분은 적법하다고 판단된다.     4. 결  론 
 
  이 사건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세법 제77조제5항과 국세기본법 제81조 및 제65조제1항제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

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