공동주택사업을 추진하던 법인으로부터 주택사업부지와 사업권일체를 양수 받은 후 신고하지 않은 금액을 사업권양수비용으로 보아 취득세 등의 과세표준에서 제외할 수 있는지 여부

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심판(심사)사례

공동주택사업을 추진하던 법인으로부터 주택사업부지와 사업권일체를 양수 받은 후 신고하지 않은 금액을 사업권양수비용으로 보아 취득세 등의 과세표준에서 제외할 수 있는지 여부

작성자: Tax

조회: 11168 등록일: 2013-02-01

[ 조심2010지0170 (2010.10.04) 취득세 경정] [관련법령]  지방세법 제111조【과세표준】 / 지방세법 제130조【과세표준】    
[주    문] 
  
처분청이 2009.9.16. 청구법인에게 한 취득세 564,212,020원, 농어촌특별세 39,586,250원, 등록세 564,212,020원, 지방교육세 105,644,900원, 합계 1,273,655,190원의 부과처분은 청구법인이 병존적 채무로 인수한 14,000,000,000원과 ○○○의 지급명령에 의하여 지급한 2,800,000,000원을 이 건 취득세 등의 부과고지 과세표준에서 제외하여 그 세액을 경정한다 
  
  
[이    유] 
  
1. 처분 개요 
  
가. 청구법인은 2004.2.13. 「주택법」 제32조 규정에 의거 ○○○를 주사무소로 하여 ○○○받은 ○○○으로서 공동주택 건축사업을 추진중이던 ○○○ 등 토지 213필지 42,787㎡(이하 “이 건 토지”라 한다) 및 사업권 일체를 2006.4.3. 양도받아 취득한 후 이 건 토지의 취득가액을 75,000,000,000원으로 하고 「지방세법」 제112조 제1항 및 제131조 제1항 제3호 ⑵목의 세율을 적용하여 취득세와 등록세 등을 신고납부하였다. 
  
나. 2009.5.13. 처분청은 청구법인에 대한 세무조사결과, 이 건 토지에 대한 취득금액 중 채무인수금액 14,000,000,000원, 보상비지출액 2,800,000,000원 P.F 대출이자 1,093,750,000원, 신탁수수료 100,000,000원은 이 건 토지 취득에 따른 취득세 신고납부에서 누락하였다는 이유로 누락한 총 금액 17,993,750,000원을 과세표준으로 하고 「지방세법」 제112조 제1항 및 같은 법 제131조 제1항 제3호 (2)목의 규정을 적용하여 산출한 취득세 564,212,020원, 농어촌특별세 39,586,250원, 등록세 564,212,020원, 지방교육세 105,644,900원, 합계 1,273,655,190원(가산세 포함)을 2009.9.16. 부과고지하였다. 
  
다. 청구법인은 이에 불복하여 2009.12.10. 심판청구를 제기하였다. 
  
  
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 
  
가. 청구법인 주장 
⑴ 청구법인이 ○○○으로부터 사업시행권 및 부동산 소유권과 그와 관련된 일체의 권리를 양수받기로 한 것이 2006.3.3. 체결한 사업시행권 양도증서에서 확인되고 있으므로 처분청에서 채무인수금액으로 본 14,000,000,000원은 ○○○이 청구법인에게 토지 및 제반 사업권을 양도하기 전까지 이행한 제반노력에 대한 대가에 해당하므로 이 건 취득세 등의 과세표준에서 제외하여야 하고, 
  
⑵ 2007.1.8. ○○○에게 지급한 2,800,000,000원은 청구법인이 ○○○으로부터 채무를 인수한 시점인 2006.4.3.부터 약 9개월 후 ○○○의 지급명령에 따라 지급한 금액으로서 청구법인이 알 수 없었던 우발채무에 해당하므로 자산의 취득가액이 우발채무의 여부에 따라 계속 변동됨에도 이를 과세표준으로 하는 것은 문제가 있다 할 것이므로 2,800,000,000원 역시 이 건 토지 취득에 대한 과세표준에서 제외하는 것이 타당하다. 
  
나. 처분청 및 ○○○ 의견 
⑴ 청구법인은 2006.2.15. ○○○으로부터 청구법인의 조합원이 납입한 출자금 123억원을 인수하면서 차변에 대여금 2,000,000,000원(이주비), 사업권(손실) 10,300,000,000원으로 기재하고, 대변에는 자본금 12,300,000,000원으로 회계처리 하여 이미 사업권을 계상한 바 있고, 청구법인이 사업권이라고 주장하는 사업시행권 취득비용에 대한 객관적인 입증자료를 제출하지 못하고 있어 이 건 토지의 취득과 별개의 권리에 대한 대가로 인정하기 어렵다 하겠으며, 또한, 2006.3.20. 이 건 토지의 취득을 위한 토지거래계약허가 신청시 매매예정금액을 92,000,000,000원으로 신고하여 토지거래계약 신고필증을 교부받은 점 등을 볼 때, 당초 신고한 가액 75,000,000,000원만이 이 건 토지의 취득가액이라고 보기 어렵다 할 것이고, 이 건 토지 이외 ○○○으로부터 취득한 다른 물건이 없으므로 대여금으로 계상한 14,000,000,000원도 이 건 토지를 취득하기 위하여 지급하였거나 지급하여야 할 일체의 비용에 해당된다 할 것이며, 
  
⑵ 2007.1.8. ○○○에게 지급한 2,800,000,000원 역시 이 건 토지 취득 당시 ○○○의 채무를 인수함에 따라 부담하게 된 것이므로 이 건 토지의 취득가액에 포함하는 것이 타당하다. 
  
  
3. 심리 및 판단 
  
가. 쟁 점 
공동주택사업을 추진하던 법인으로부터 주택사업부지와 사업권일체를 양수 받은 후 신고하지 않은 금액을 사업권양수비용으로 보아 취득세 등의 과세표준에서 제외할 수 있는지 여부 
  
나. 관련 법령 
⑴ 지방세법 
제111조【과세표준】① 취득세의 과세표준은 취득당시의 가액으로 한다. 다만, 연부로 취득하는 경우에는 연부금액으로 한다. 
⑤ 다음에 게기하는 취득(증여ㆍ기부 그 밖의 무상취득 및 「소득세법」 제101조 제1항의 규정에 의한 거래로 인한 취득을 제외한다)에 대하여는 제2항 단서 및 제3항의 규정에 불구하고 사실상의 취득가격 또는 연부금액에 의한다. 
3. 판결문ㆍ법인장부중 대통령령이 정하는 것에 의하여 취득가격이 입증되는 취득 
  
제130조【과세표준】① 부동산ㆍ선박ㆍ항공기ㆍ자동차 및 건설기계에 관한 등록세의 과세표준은 등기ㆍ등록 당시의 가액으로 한다. 
③ 제111조 제5항의 규정에 해당하는 경우에는 제2항의 규정에 불구하고 동조 동항의 규정에 의한 사실상의 취득가액을 과세표준으로 한다. 다만, 등기ㆍ등록당시에 자산재평가 또는 감가상각 등의 사유로 그 가액이 달라진 경우에는 변경된 가액을 과세표준으로 한다. 
  
⑵ 지방세법 시행령 
제82조의2 【취득가격의 입증 등】① 법 제111조 제5항 제3호에서 "판결문ㆍ법인장부 중 대통령령이 정하는 것"이라 함은 다음 각호에 정하는 것을 말한다. 
2. 법인장부 : 법인이 작성한 원장ㆍ보조장ㆍ출납전표ㆍ결산서 
  
제82조의3 【취득가격의 범위】① 취득세의 과세표준이 되는 취득가격은 과세대상물건의 취득의 시기를 기준으로 그 이전에 당해 물건을 취득하기 위하여 거래상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 일체의 비용[소개수수료, 설계비, 연체료, 할부이자 및 건설자금에 충당한 금액의 이자 등 취득에 소요된 직접ㆍ간접비용(부가가치세를 제외한다)을 포함하되, 법인이 아닌 자가 취득하는 경우에는 연체료 및 할부이자를 제외한다]을 말한다. 다만, 매매계약서상의 약정금액을 일시급등의 조건으로 할인한 경우에는 그 할인된 금액으로 한다. 
  
다. 사실관계 및 판단 
⑴ 처분청은 2009.5.13. 청구법인에 대한 세무조사 결과, 청구법인이 이 건 토지에 대한 취득금액 중 채무인수금액 14,000,000,000원, 보상비지출액 2,800,000,000원, P.F 대출이자 1,093,750,000원, 신탁수수료 100,000,000원은 이 건 토지 취득에 따른 취득세 과세표준에 포함하여 신고납부 하지 아니한 것으로 보아 17,993,750,000원을 과세표준으로 하여 이 건 취득세 등을 부과고지 하였다. 
  
⑵ 「지방세법」 제111조 제1항ㆍ제2항 및 같은 법 제130조 제1항ㆍ제2항에서 취득세의 과세표준은 취득당시의 가액으로 하고 취득당시의 가액은 취득자가 신고한 가액에 의하되 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 그 신고가액이 시가표준액에 미달하는 때에는 그 시가표준액에 의한다고 규정하고 있으나, 같은 법 제111조 제5항 제3호 및 같은 법 제130조 제5항에서는 위 규정에 불구하고 법인장부 중 대통령령이 정하는 것에 의하여 취득가격이 입증되는 취득에 대하여는 사실상의 취득가격을 과세표준으로 하도록 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제82조의2 제1항 제2호에서는 “법인이 작성한 원장ㆍ보조장ㆍ출납전표ㆍ결산서”를 법인장부로 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제82조의3 제1항에서는 취득세의 과세표준이 되는 취득가격을 과세대상물건의 취득시기를 기준으로 그 이전에 당해 물건을 취득하기 위하여 거래상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 일체의 비용〔소개수수료, 설계비, 연체료, 할부이자 및 건설자금에 충당한 금액의 이자 등 취득에 소요된 직접ㆍ간접비용(부가가치세를 제외한다)〕을 포함하는 것으로 규정하고 있고, 
  
⑶ 취득가격에는 과세대상물건의 취득시기 이전에 지급원인이 발생 또는 확정된 것으로서 당해 물건 자체의 가격은 물론, 그 이외에 실제로 당해 물건 자체의 가격으로 지급되었다고 볼 수 있거나 그에 준하는 취득절차 비용도 이에 포함된다 할 것이나, 다만 그것이 과세대상 물건이 아닌 다른 물건이나 권리에 관하여 지급된 것이라면 이는 취득가격에 포함되지 아니한다○○○할 것이다. 
  
⑷ 청구법인은 ○○○를 시공사로 하고 ○○○을 시행사로 하여 2006.3.3. ○○○ 등 이 건 토지 213필지 42,787㎡를 취득하여 공동주택 건설사업을 추진하던 ○○○으로부터 공동주택의 사업시행권과 사업시행을 위하여 필요한 모든 권한ㆍ지위 및 공동주택 사업부지 일체를 양수하기로 하는 양수도 계약을 체결하였는바, 청구법인이 ○○○으로부터 양수하기로 한 것은 ○○○이 2003.8월부터 2006.3.3.까지 수행하여 오던 공동주택 건축과 관련한 개발행위 변경허가, 토지거래계약허가 등 그동안 추진하여오던 사업시행권 일체와 공동주택 건축을 위하여 취득하여 소유하고 있던 사업부지(토지 213필지 42,787㎡)라 할 것이고, 
  
⑸ 청구법인이 ○○○에게 사업부지 대금 75,000,000,000원을 지급하여야 하나 이 건 토지를 양수받기전 공동주택 신축 시공사였던 ○○○의 채권 890억원을 청구법인에게 양도하고 청구법인은 ○○○로부터 양수한 채권으로 ○○○에 지급하여야할 토지대금 75,000,000,000원 채무와 상계처리 하는 것으로 2006.4.5. 청구법인○○○과 ○○○간에 “채권양ㆍ수도 및 상계처리에 관한 합의서”를 작성하여 상계처리하였고, 나머지 14,000,000,000원은 청구법인이 병존적채무로 인수하여 청구법인의 법인장부 단기대여금 계정에 기장하였다가 2006.12.3.자 사업권계정으로 전기오류 수정하였는바, 
  
⑹ 청구법인이 ○○○으로부터 양수도 받은 것은 사업시행권 및 사업부지인 토지 소유권과 그와 관련된 권리 이외 또 다른 부동산이나 취득세 과세대상 물건을 취득하지 않은 것이 명백히 입증되고 있으므로 이 건 토지에 대한 취득금액 75,000,000,000원을 제외한 14,000,000,000원은 2003년 8월부터 이 건 토지에 대한 양도시점까지 ○○○이 수행한 주택건설사업승인신청, 교통영향평가, 개발행위변경허가, 토지거래계약허가 등의 사업권 인수대가를 지불한 것이라 할 것이므로 이 건 토지 취득을 위하여 지급된 일체의 비용에 포함된 것으로 보기 어려운 것으로 판단된다. 
  
⑺ 또한, 처분청은 ○○○의 지급명령○○○에 따라 2007.1.8. 청구법인이 ○○○에게 지급한 2,800,000,000원 역시 ○○○으로부터 이 건 토지를 취득하기 위하여 지급한 일체의 비용으로 보아 이 건 취득세 등을 부과고지하였으나 청구법인이 2007.1.8. ○○○에게 지급한 2,800,000,000원은 ○○○에게 상가분양권을 부여하기로 하고 제3자로부터 투자금을 받았으나 2006.3.3. ○○○이 청구법인으로 사업권을 포함한 이 건 토지 양도계약을 체결함에 따라 위약금과 이에 대한 이자를 포함한 투자금을 지불한 것으로서 청구법인이 2006.3.3. 사업시행권 양수도계약을 체결할 당시에는 토지대금으로 75,000,000,000원만이 확정되어 있었고, 제3자가 ○○○에 투자한 금액 2,800,000,000원을 청구법인이 지불하였다 하더라도 이 또한 이 건 토지를 취득하기 위하여 지출된 비용으로 보기는 어렵다 할 것이므로 청구법인이 인수한 병존적채무 14,000,000,000원과 ○○○에게 지급한 2,800,000,000원이 이 건 토지상에 신축된 건축물의 취득가액에 포함하여야 하는 것은 별론으로 하더라도 위 금액을 이 건 토지의 취득가액으로 보아 취득세 등을 부과고지한 것은 잘못이 있는 것으로 판단된다. 
  
  
4. 결 론 
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 「지방세법」 제77조 제5항과 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

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