지방공기업법에 의하여 설립된 지방공기업이 교통관련시설의 위탁운영을 하면서 여객터미널이외에 백화점 등의 용도로 임대하고 있는 부동산과 옥외주차장으로 직접 운영하고 있는 부동산이 고유업무에 사용하는 부동산으로서 재산세 면제대상으로 볼 수 있는지 여부

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심판(심사)사례

지방공기업법에 의하여 설립된 지방공기업이 교통관련시설의 위탁운영을 하면서 여객터미널이외에 백화점 등의 용도로 임대하고 있는 부동산과 옥외주차장으로 직접 운영하고 있는 부동산이 고유업무에 사용하는 부동산으로서 재산세 면제대상으로 볼 수 있는지 여부

작성자: Tax

조회: 6937 등록일: 2013-01-25

조세심판원 조심2008지0558 (2009.01.13) 
 
 
주 문
 심판청구를 기각한다
 이 유
1. 처분 개요
가. 청구인은 2006년도 및 2007년도 재산세 과세기준일(6.1.) 현재 인천광역시 남구 ○○○번지상에 터미널동 109,772.85㎡, 사무실동 3,369.04㎡, 세차장동 406.14㎡, 비고동 440.89㎡, 주유소동 960.17㎡의 5개동으로 구성된 인천종합터미널용 건축물 114,949.09㎡(이하 “이 사건 건축물”이라 한다)와 그 부속토지 78,049.11㎡를 포함한 토지 85,392.4㎡(이하 “이 사건 토지”라 한다)를 소유하고 있으며, 처분청은 이 사건 토지 및 그 지상 건축물에 대하여 인천광역시남구세감면조례 제12조 및 제21조의 규에 의하여 지방공기업법에 의하여 설립된 법인인 청구인이 고유업무에 사용하는 부동산으로 보아 재산세를 면제하였다.
 나. 그러나 2008년도 세무조사 과 청구인은 이 사건 건축물중 터미널동 건축물의 일부 94,367.15㎡(이하 “이 사건 쟁점건축물”이라 한다)를 백화점, 예식장 등으로 임대하고 있으므로 이는 고유업무에 사용하는 부동산에 해당되지 아니하고, 이 사건 토지중 도로(7,343.09㎡), 승차 및 하차장(1,454.56㎡), 박차장(15,897.85㎡)를 제외한 나머지 토지 60,696.9㎡를 이 사건 건축물중 이 사건 쟁점건축물 비율에 라 안분계산한 토지 49,849.79㎡(이하 “이 사건 쟁점토지”라 한다)를 과세대상 토지로 판단하고 별도합산과세대상에 해당된다고 보아 이 사건 쟁점건축물과 쟁점토지의 시가표준액에 구 지방세법(2005.12.31. 법률 제7843호로 개된 것) 부칙 제5조의 규에 의한 과세표준 적용비율(2006년 : 100분의 55, 2007년 : 100분의 60)를 곱하여 산한 금액을 과세표준으로 하고 지방세법 제188조제1항제1호 나목 및 같은 조 제1항제2호다목의 세율을 적용하여 산출한 건물분 및 토지분 재산세 689,597,230원, 도시계획세 309,384,660원, 공동시설세 230,489,670원, 지방교육세 137,919,440원, 합계 1,367,391,000원(부과내역 별첨)을 2008.4.14. 부과고지하였다.
 다. 청구인은 이러한 재산세 등 부과처분에 불복하여 2008.7.11. 심판청구를 제기하였다.
 2. 청구인 주장 및 처분청 의견
가. 청구인 주장
(1) 청구인은 1992.4.28. 설립인가를 받아 1992.12.30. 설립된 지방공기업으로서 여객자동차터미널운영업과 부동산임대업을 주요목적사업으로 영위하다가 2006년부터는 인천광역시로부터 장애인콜택시운영사업 및 버스보시스템 운영사업을 수탁받아 수행하고 있다.
 (2) 이와 같이 청구인이 장애인콜택시운영사업 등을 수탁받아 운영하기 위하여 2004.12.27. 조례 제3794호로 인천교통공사설치조례를 개하면서 종전에는 조례제목적이 “지방공사 인천터미널을 설치하여 기본(터미널)시설의 효율적 운영을 도모하고, 시민생활에 필요한 각종 부대시설을 임대운영하는 등 공공편익사업을 통하여 시민의 교통편의와 복리증진 및 지역사회 발전에 이바지함”을 목적으로 한다고 규하고 있다가 “교통관련사업 등의 건설 및 운영을 통하여 시민의 교통편의와 복리증진 및 지역사회 발전에 이바지함”을 목적으로 한다고 변경되었으나 같은 조례 제19조에서 각종 부대시설의 임대 및 운영관리를 고유목적사업으로 규하고 있을 뿐만 아니라 이 사건 쟁점건축물은 청구인의 주수입원이고, 이러한 수익을 타 용도로 사용하지 아니하고 교통관련사업에 충당하고 있으므로 이 사건 쟁점건축물 및 토지는 고유업무에 사용되는 부동산으로 보아야 하고, 청구인이 법인 설립을 한 후 10년간 재산세를 전혀 부과한 사실이 없는 점에서 행처분의 선례가 반복되었음에도 처분청이 조례개을 이유로 임대용 부동산에 대하여 면제한 재산세 등을 추징하는 것은 소급과세금지의 원칙에 위배되는 처분으로서 부당하다.
 (3) 또한 처분청은 옥외주차장을 교통관련시설인 터미널 이용 고객뿐만 아니라 불특다수인이 이용하고 있어 여객터미널 전용시설로 볼 수 없으므로 옥외주차장용 토지에 대하여 이 사건 건축물중 이 사건 쟁점건축물 면적에 라 안분하여 재산세를 추징하였으나, 옥외주차장은 인천광역시민의 주차편의를 위하여 설치한 교통관련시설로서 청구인이 직접 운영관리하고 있기 때문에 이는 청구인의 고유업무에 직접 사용하는 토지에 해당된다고 보아야 할 것이므로 이 사건 부과처분은 경되어야 한다.
 나. 처분청 의견 
(1) 청구인의 경우 이 사건 건축물의 터미널동중 일부(94,367.15㎡)를 백화점매장, 일반음식점, 이마트, 예식장과 미용실, 은행, 영화관 등으로 임대하고 있으며, 이 사건 토지의 경우 도로, 옥외 부설주차장, 박차장, 승·하차장, 옥외광장, 건축 부속토지로 각각 사용하고 있다.
 (2) 첫째, 고유업무에 사용하는 것이라는 주장의 경우 고유업무의 판단기준은 설립목적이나 관련 법령의 입법취지, 실제 사용 실태 등 제반사항을 종합하여 판단하여야 할 것이고, 관의 규은 참고자료에 지나지 아니한다고 할 것으로서(참조판례 대법원 1986.7.22. 86누36), 청구인은 인천교통공사설치조례 제19조에서 각종 부대시설의 임대 및 운영관리를 목적사업의 일종으로 규하고 있지만 이러한 목적사업은 교통관련사업인 터미널을 운영하면서 불가피하게 수반되는 버스회사사무실동, 세차장동, 비고동, 주유소동, 대합실 및 휴게시설 등 터미널시설과 관련된 부대시설의 임대 및 운영관리에 한하여야 할 것으로서 터미널 운영과 불가피하게 수반되는 사업이 아닌 임대 사업용 부동산은 고유업무에 사용하는 부동산으로 볼 수 없고, 임대사업으로 인한 수익을 고유목적사업의 재원조달에 사용한다고 하여 이를 달리 볼 것은 아니라고 할 것이다.
 (3) 둘째, 이 사건 토지중 옥외주차장은 주차편의를 위하여 설치한 교통관련시설로서 청구인이 직접 운영하고 있으므로 전체가 재산세 면제대상에 해당된다고 주장하지만, 옥외주차장은 일반 주차장으로서 유료로 사용되고 있으며, 터미널 이용고객뿐만 아니라 이 사건 건축물에 입주한 각종 시설을 방문하는 불특다수인의 이용에 공하는 시설로서 터미널 전용시설로 볼 수 없으므로 터미널용 건축물과 이 사건 쟁점건축물의 면적에 라 안분하여 과세하는 것이 타당하다 할 것이다.
 (4) 셋째, 청구인은 조례개이전에는 재산세를 전혀 과세하지 않다가 조례 개전후에 불구하고 그 내용과 실질에는 차이가 없음에도 재산세를 추징한 처분은 소급과세 금지의 원칙에 위배된다고 주장하지만, 국세기본법 제18조제3항에서 하는 소급과세 금지의 원칙이 적용되기 위해서는 상당한 과세기간에 걸쳐 과세를 하지 아니한 객관적인 사실이 존재할 뿐만 아니라 과세관청 자신이 그 사항에 관하여 과세를 할 수 있음을 알면서도 어떤 특별한 사때문에 과세하지 않는다는 의사가 있어야 하며, 이러한 공적 견해나 의사가 명시적 또는 묵시적으로 표시되어야 할 것으로서 청구인의 경우 단순히 법인 설립후 재산세를 과세하지 아니하였다는 사실만으로 이러한 공적인 의사표시가 있었다거나 과세를 하지 아니하는 특별한 사이 있다고 할 수 없으므로 이 사건 부과처분은 당하다.
 3. 심리 및 판단
가. 쟁 점
(1) 지방공기업법에 의하여 설립된 지방공기업이 교통관련시설의 위탁운영을 하면서 여객터미널이외에 백화점 등의 용도로 임대하고 있는 부동산과 옥외주차장으로 직접 운영하고 있는 부동산이 고유업무에 사용하는 부동산으로서 재산세 면제대상으로 볼 수 있는지 여부
 (2) 지방공기업에 대하여 임대용 부동산을 포함한 모든 소유부동산에 대하여 재산세를 면제하다가 이를 소급하여 추징한 것이 소급과세금지의 원칙에 위배되는지 여부
 나. 관련 법령
(1) 쟁점(1)과 관련된 법령
(가) 인천광역시남구세감면조례 제12조 (지방공사 등에 대한 감면) 지방공기업법에 의하여 설립된 지방공사(공단을 포함한다)와 지방자치단체가 출자 또는 출연한 법인(단체를 포함하며, 이하 이 조에서 “지방공사 등”이라 한다)이 과세기준일 현재 그 고유업무에 직접 사용하는 부동산(「지방세법」 제112조제2항의 규에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 재산세를 면제하고, 지방공사 등에 대하여는 사업소세를 면제한다. 다만, 총 자산중 민간출자분 또는 민간출연분이 있는 경우 그 민간출자비율 또는 민간출연비율에 대하여는 그러하지 아니한다.
 (나) 인천교통공사설치조례 제1조 (목적) 이 조례는 「지방공기업법」(이하 “법”이라 한다) 제49조의 규에 의거 인천교통공사(이하 “공사”라 한다)를 설치하여 교통관련사업 등의 건설 및 운영을 통하여 시민의 교통편의와 복리증진 및 지역사회 발전에 이바지함을 목적으로 한다.
 (다) 인천교통공사설치조례 제19조(사업) 공사는 제1조의 목적을 달성하기 위하여 다음 각호의 사업을 수행한다.
1. 여객자동차운송사업
2. 여객자동차터미널사업
3. 각종 부대시설의 임대 및 운영관리
4. 터미널시설 관리를 효율적으로 수행하기 필요하다고 인되는 사업
5. 장애인콜택시운송사업, 관광전차사업 등 교통관련 사업
6. 항공운송사업
7. 기타 국가·지방자치단체 및 공공단체가 위탁하는 사업
 (2) 쟁점(2)와 관련된 법령
(가) 지방세법 제82조 (국세기본법 등의 준용) 지방세의 부과와 징수에 관하여 이 법 또는 다법령에서 규한 것을 제외하고는 「국세기본법」과 「국세징수법」을 준용한다.
 (나) 국세기본법 제18조 (세법해석의 기준, 소급과세의 금지) ① 세법의 해석·적용에 있어서는 과세의 형평과 당해 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당히 침해되지 아니하도록 하여야 한다.
 ③ 세법의 해석 또는 국세행의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 의한 행위 또는 계산은 당한 것으로 보며, 새로운 해석 또는 관행에 의하여 소급하여 과세하지 아니한다.
 다. 사실관계 및 판단
(1) 쟁점 (1)에 대하여 본다.
(가) 청구인은 관상 목적사업으로 여객자동차운송사업, 여객자동차터미널사업, 각종 부대시설의 임대 및 운영관리, 터미널 관리를 효율적으로 수행하기 위하여 필요하다고 인되는 사업, 장애인콜택시운송사업, 버스승강장관리사업, 교통연수원운영사업을 하고 있으며, 2005.8.25. 관이 변경되기 전에는 각종 부대시설의 임대 및 운영관리의 범위를 자동차운송사업과 관련된 시설, 시민의 건강증진을 위한 레저시설, 금융·예술 및 문화, 판매, 기타 시민 편익을 위한 시설로 규하고 있었으며, 청구인은 인천광역시에서 출자금(주당 5,000원, 8백만주 발행)을 전액 출자하여 설립된 법인이다.
 (나) 이 사건 건축물의 각 동별 이용현황 및 과세내역은 다음과 같다
 
 (다) 이 사건 토지의 이용현황은 다음과 같다.
 
(다) 건축물대장상 이 사건 건축물의 부속토지는 인천광역시 남구 관교동 15번지 78,049.11㎡로 등재되어 있다. 
 (라) 인천광역시남구세감면조례 제12조에서 지방공기업법에 의하여 설립된 지방공사가 과세기준일 현재 그 고유업무에 사용하는 부동산에 대하여는 재산세를 면제하도록 규하고 있으며, 이와 같이 지방공사가 고유업무에 사용하는 부동산에 대하여 재산세를 면제하는 취지는 지방공사가 공익성을 가지고 있다는 점에서 이러한 공공성이 있는 사업에 사용하는 부동산에 대하여 재산세를 면제하여 공공성이 있는 사업을 지원하는데 있다고 할 것으로서, 당해 규에서의 고유업무라 함은 지방공사가 수행하는 것이 합리적이라고 보아 지방공사가 공공성이 있는 설립목적을 달성하는데 필요하다고 인하여 법령상 인하는 사업 등을 의미한다고 보아야 할 것이다.
 (마) 청구인의 경우에도 인천교통공사설치조례 제1조에서 설립목적으로 교통관련사업 등의 건설 및 운영을 통하여 시민의 교통편의와 복리증진 및 지역사회 발전에 이바지함으로 목적으로 한다고 규하고 있고, 같은 조례 제19조에서 이러한 목적을 달성하기 위한 사업으로 여객자동차운송사업 등을 규하면서 각종 부대시설의 임대 및 운영관리를 규하고 있으므로, 당해 규에서의 각종 부대시설의 임대 및 운영관리사업은 교통관련사업을 위한 시설의 부대시설을 임대 및 운영관리하는 경우를 의미한다고 보아야 할 것이다.
 (바) 이 사건 쟁점건축물의 경우 터미널동내의 터미널용 건축물중 일부를 예식장과 미용실로 임대하고 있는 것은 여객의 편의를 위한 시설로서 부대시설을 임대한 것으로 보여지지 아니하며, 터미널동내의 백화점과 프라자는 터미널과 통로로 연되어 있을 뿐 사실상으로는 분리되어 있는 건축물로서 이와 같은 건축물이 여객의 편의를 위하여 설치한 부대시설을 임대한 것으로 보기도 어렵다고 하겠으므로 이러한 이 사건 쟁점건축물과 쟁점토지를 고유업무에 사용하는 부동산으로 볼 수는 없는 것으로 보여진다.
 (사) 또한 이 사건 토지중 옥외주차장의 경우 이는 건축물의 부설주차장으로 설치된 주차장으로서 전체 건축물의 효용과 관련있는 시설이라 하겠으므로 비록 이러한 옥외주차장을 청구인이 직접 운영하고 있다 하더라도 직접 사용하는 건축물과 임대용 건축물의 면적에 라 안분하여 부속토지를 산하고, 임대용 건축물의 부속토지는 고유업무에 사용되는 토지에 해당되지 않는다고 보아야 할 것이며 이러한 임대용 건축물과 그 부속토지에 대하여 그 수입을 교통관련시설의 운영에 충당하고 있다고 하여 달리 볼 수는 없다고 보여진다. 
 (2) 쟁점 (2)에 대하여 본다.
(가) 청구인은 1992.12.30. 법인설립후 2005.8.26. 현재의 상호로 변경되면서 인천광역시가 전액 출자한 법인이 되기 전까지 소유부동산에 대하여 처분청은 민간지분(40.74%)에 대하여는 재산세를 과세하였고, 인천광역시 투자지분에 대하여는 재산세를 면제하였다.
 (나) 청구인은 법인설립후 인천광역시 출자지분에 대하여는 재산세를 과세하지 아니하다가 2006년분부터 임대용 공하고 있는 부동산에 대하여 재산세를 과세하는 것은 소급과세금지의 원칙에 위배된다고 주장하지만, 국세기본법 제18조 제3항에서 세법의 해석 또는 국세행의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 의한 행위 또는 계산은 당한 것으로 보며, 새로운 해석 또는 관행에 의하여 소급하여 과세하지 아니한다고 규하고 있는 바,당해 규에서의 이바 비과세 관행이 성립하려면 상당한 기간에 걸쳐 과세를 하지 아니한 객관적 사실이 존재할 뿐만 아니라 과세관청 자신이 그 사항에 관하여 과세할 수 있음을 알면서도 어떤 특별한 사때문에 과세하지 않는다는 의사가 있어야 하며 위와 같은 공적 견해나 의사는 명시적 또는 묵시적으로 표시되어야 하지만 묵시적 표시가 있다고 하기 위하여는 단순한 과세누락과는 달리 과세관청이 상당기간의 불과세 상태에 대하여 과세하지 않겠다는 의사표시를 한 것으로 볼 수 있는 사이 있어야 하고, 이 경우 특히 과세관청의 의사표시가 일반론적인 견해표명에 불과한 경우에는 위 원칙의 적용을 부하여야 할 것으로서(같은 취지의 대법원 판1995. 11. 14. 선고 95누10181 참조), 청구인의 경우에 있어서 재산세를 과세하지 않았다는 사유만으로 청구인이 소유하고 있는 부동산에 대하여 재산세를 과세하지 않겠다는 공적인 의사표시가 있었다거나 과세할 수 없었던 특별한 사이 있다고 보여지지 아니하므로 소급과세금지의 원칙에 위배된다는 청구인의 주장도 이유가 없다고 보여진다.
 (3) 라서 처분청에서 청구인이 소유하고 있는 부동산중 임대용으로 사용하고 있는 이 사건 쟁점건축물과 쟁점토지에 대하여 면제한 재산세 등을 부과고지한 처분은 적법하다고 판단된다.
 4. 론
이 사건 심판청구는 심리과 청구인의 주장이 이유없으므로 지방세법 제77조제5항과 국세기본법 제81조 및 제65조제1항제2호의 규에 의하여 주문과 같이 한다.

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