(기각)청구법인의 쟁점공장 매각행위를 합병법인이 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 합병등기일부터 3년 이내에 폐지하는 경우에 해당한다고 보아 취득세를 추징한 처분의 당부

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(기각)청구법인의 쟁점공장 매각행위를 합병법인이 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 합병등기일부터 3년 이내에 폐지하는 경우에 해당한다고 보아 취득세를 추징한 처분의 당부

작성자: Tax

조회: 1975 등록일: 2021-01-18

조심2019지2605, 2020.12.1.  (세목) 취득세  (결정유형)  기각 【결정요지】청구법인은 피합병법인으로부터 승계받은 고정자산가액의 1/2 이상(75.09%)에 해당하는 쟁점공장을 합병등기일(2017.1.6.)부터 3년 이내인 2018.12.21. 타인에게 매각한 사실이 확인되는바, 청구법인의 쟁점공장 처분행위는 적격합병에 따라 감면된 취득세 추징사유인 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 폐지한 경우에 해당한다 하겠으므로 처분청이 이 건 경정청구 거부처분은 잘못이 없다고 판단됨 【관련법령】 지방세특례제한법 제57조의2 【주  문】 심판청구를 기각한다. 【이  유】 1. 처분개요   가. 청구법인은 2017.1.6. 주식회사 OOO(이하 “피합병법인”이라 한다)을 합병함에 따라 피합병법인이 소유하고 있던 OOO소재 공장용지 2,057.9㎡ 및 건축물 3,451.4㎡(이하 합하여 “쟁점공장”이라 한다)를 취득하여 「지방세특례제한법」제57조의2 제1항에 따라 취득세를 감면받았으나, 2018.12.21. 쟁점공장을 매도한 후, 2018.12.31. 피합병법인으로부터 승계한 고정자산가액의 1/2 이상을 처분하게 되어 합병등기일로부터 3년 이내에 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 폐지하는 경우에 해당한다고 보아 취득세 OOO자진신고·납부하였다.   나. 청구법인은 2019.5.10. 처분청에 피합병법인의 사업을 그대로 수행하고 있고 종업원을 모두 고용승계하여 서울특별시 금천구 가산동 소재 공장(이하 “가산공장”이라 한다)에 보직을 변경하여 배치하였으므로 쟁점공장을 처분한 행위가 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 폐지하는 경우에 해당하지 아니한다고 보아 경정청구를 하였으나, 처분청은 2019.6.26. 이를 거부하였다.   다. 청구법인은 이에 불복하여 2020.9.23. 심판청구를 제기하였다.   2. 청구법인 주장 및 처분청 의견   가. 청구법인 주장   (1) 청구법인의 쟁점공장 처분행위는 피합병법인으로부터 승계받은 사업의 폐지가 아니라 사업 확장을 위한 조치였으므로, 쟁점공장 처분행위는 「지방세특례제한법」제57조의2 제1항 단서의 추징 사유에 해당하지 않는다.   (가) 청구법인은 1997년경 OOO주식회사로 설립되어, 2014.2.28. 주식회사 OOO흡수합병하면서 사명을 주식회사 OOO변경하였고, 2017년 1월경 과일 및 채소절임식품 제조업체인 피합병법인을 흡수합병하였다. 청구법인은 현재도 조미식품 제조 및 판매, 식품도소매업, 단체급식 식당업, 식당운영 자문업을 영위하고 있다.    (나) 청구법인은 2017년 1월경 피합병법인을 합병한 후 피합병법인의 사업을 그대로 수행할 목적으로 신규조직인 가산공장을 세팅하였고, 피합병법인의 종업원들을 모두 고용승계하여 가산공장에 배치하였으며, 2017년 3월경 해당 사업부를 쟁점공장에서 가산공장으로 모두 보직 변경하였다.   또한 피합병법인이 합병 전에 운영하였고 합병 후에 청구법인이 운영하고 있는 OOO를 살펴보더라도, 청구법인이 현재까지 피합병법인의 사업을 계속적으로 영위하고 있는 사실을 확인할 수 있다. 즉 공장 이전의 목적은 사업의 확대 및 품질관리·향상이었으므로, 쟁점공장 처분행위를 사업의 폐지로 볼 수는 없다.    (2) 시행령은 법률에 규정된 사항을 대통령령으로 구체적으로 규정한 것이기 때문에 법률과 시행령이 상충될 경우 법률이 우선되어야 한다. 즉 청구법인의 쟁점공장 처분행위가 「법인세법 시행령」이 규정하고 있는 적격합병의 사후관리 위배에 해당할지라도, 그 실질은 사업의 확장을 위한 것이어서 「법인세법」에서 규정하고 있는 사업의 폐지에 해당하지 아니한다.   따라서 실질적으로 사업의 확장에 해당하는 쟁점공장 처분행위를 피합병법인으로부터 승계받은 사업의 폐지로 본 이 건 경정청구 거부처분은 부당하다   나. 처분청 의견    (1) 청구법인이 피합병법인으로부터 승계받은 고정자산가액의 1/2 이상인 쟁점공장을 합병등기일로부터 3년 이내에 타인에게 매각하였으므로, 쟁점공장 처분행위는 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 폐지한 경우에 해당한다.    (가) 「지방세특례제한법」제57조의2 제1항은 「법인세법」제44조 제3항에 해당하는 합병에 따라 양수하는 재산을 취득하는 경우 취득세를 면제하되, 합병등기일부터 3년 이내에 「법인세법」제44조의3 제3항 각 호 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우 경감된 취득세를 추징한다고 규정하고 있다.   한편 「법인세법」제44조의3 제3항 및 같은 항 제1호는 같은 조 제1항에 따라 피합병법인의 자산을 양도받은 합병법인이 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 폐지하는 경우를 규정하고 있고, 「법인세법 시행령」제80조의4 제8항은 피합병법인으로부터 승계한 고정자산가액의 1/2 이상을 처분하거나 사업에 사용하지 아니하는 경우에는 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 폐지한 것으로 본다고 규정하고 있다.   (나) 대법원은 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다고 판시하였다(대법원 2003.1.24. 선고 2002두9537 판결, 대법원 2008.10.23. 선고 2008두7830 판결 등 다수 참조).    (다) 위와 같은 규정과 대법원 판례에 비추어, 청구법인은 쟁점공장의 처분행위를 사업의 폐지가 아닌 사업의 확장으로 보아야 한다고 주장하나, 「지방세특례제한법」제57조의2 제1항 단서는 합병으로 감면받은 취득세를 추징함에 있어서 사업의 확장 등과 같은 추징배제사유(정당한 사유)를 규정하고 있지 아니한바, 쟁점공장의 처분행위를 승계받은 사업을 폐지하지 않았다는 청구주장을 받아들이기 어렵다.   나아가 청구법인은 피합병법인으로부터 승계받은 고정자산가액의 1/2 이상인 쟁점공장을 합병등기일(2017.1.6.)부터 3년 이내인 2018.12.21. 타인에게 매각한 사실이 확인되는바, 청구법인의 쟁점공장 처분행위는 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 폐지한 경우에 해당한다 할 것이다.   따라서 쟁점공장 처분행위를 피합병법인으로부터 승계받은 사업의 폐지로 본 이 건 경정청구 거부처분은 정당하다     3. 심리 및 판단   가. 쟁점   청구법인의 쟁점공장 매각행위를 합병법인이 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 합병등기일부터 3년 이내에 폐지하는 경우에 해당한다고 보아 취득세를 추징한 처분의 당부   나. 관련 법령    (1) 지방세법(2017.12.26. 법률 제15292호로 개정되기 전의 것)   제15조[세율의 특례] ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 취득에 대한 취득세는 제11조 및 제12조에 따른 세율에서 중과기준세율을 뺀 세율로 산출한 금액을 그 세액으로 하되, 제11조 제1항 제8호에 따른 주택의 취득에 대한 취득세는 해당 세율에 100분의 50을 곱한 세율을 적용하여 산출한 금액을 그 세액으로 한다. 다만, 취득물건이 제13조제2항에 해당하는 경우에는 이 항 각 호 외의 부분 본문의 계산방법으로 산출한 세율의 100분의 300을 적용한다. 3. 「법인세법」제44조 제2항 또는 제3항에 해당하는 법인의 합병으로 인한 취득. 다만, 법인의 합병으로 인하여 취득한 과세물건이 합병 후에 제16조에 따른 과세물건에 해당하게 되는 경우 또는 합병등기일부터 3년 이내에 「법인세법」제44조의3 제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우(같은 항 각 호 외의 부분 단서에 해당하는 경우는 제외한다)에는 그러하지 아니하다.   (2) 지방세특례제한법(2017.12.26. 법률 제15295호로 개정되기 전의 것)   제57조의2[기업합병·분할 등에 대한 감면] ① 「법인세법」제44조 제2항 또는 제3항에 해당하는 합병으로서 대통령령으로 정하는 합병에 따라 양수(讓受)하는 재산을 2018년 12월 31일까지 취득하는 경우에는 「지방세법」제15조 제1항에 따라 산출한 취득세를 면제하되, 해당 재산이 「지방세법」제15조 제1항 제3호 단서에 해당하는 경우에는 다음 각 호에서 정하는 금액을 빼고 산출한 취득세를 면제한다. 다만, 합병등기일부터 3년 이내에 「법인세법」제44조의3 제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우(같은 항 각 호 외의 부분 단서에 해당하는 경우는 제외한다)에는 경감된 취득세를 추징한다. 1. 「지방세법」제13조 제1항에 따른 취득 재산에 대해서는 같은 조에 따른 중과기준세율(이하 "중과기준세율"이라 한다)의 100분의 300을 적용하여 산정한 금액 2. 「지방세법」제13조제5항에 따른 취득 재산에 대해서는 중과기준세율의 100분의 500을 적용하여 산정한 금액   제177조의2[지방세 감면 특례의 제한] ① 이 법에 따라 취득세 또는 재산세가 면제(지방세 특례 중에서 세액감면율이 100분의 100인 경우와 세율경감률이 「지방세법」에 따른 해당 과세대상에 대한 세율 전부를 감면하는 것을 말한다. 이하 이 조에서 같다)되는 경우에는 이 법에 따른 취득세 또는 재산세의 면제규정에도 불구하고 100분의 85에 해당하는 감면율(「지방세법」제13조 제1항부터 제4항까지의 세율은 적용하지 아니한 감면율을 말한다)을 적용한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다. 2. 제7조부터 제9조까지, 제11조 제1항, 제13조 제3항, 제14조 제3항, 제16조, 제17조, 제17조의2, 제20조 제1호, 제29조, 제30조 제3항, 제33조 제2항, 제35조의2, 제36조, 제41조 제1항부터 제6항까지, 제50조, 제55조, 제57조의2 제2항, 제57조의3 제1항, 제62조, 제63조 제2항·제4항, 제66조, 제73조, 제76조 제2항, 제77조 제2항, 제82조, 제84조 제1항, 제85조의2 제1항 제4호, 제87조 및 제92조에 따른 감면    (3) 법인세법(2017.12.19. 법률 제15222호로 개정되기 전의 것)   제44조[합병 시 피합병법인에 대한 과세] ① 피합병법인이 합병으로 해산하는 경우에는 그 법인의 자산을 합병법인에 양도한 것으로 본다. (단서 및 각 호 생략) ③ 제2항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다. 1. 내국법인이 발행주식총수 또는 출자총액을 소유하고 있는 다른 법인을 합병하거나 그 다른 법인에 합병되는 경우 2. 동일한 내국법인이 발행주식총수 또는 출자총액을 소유하고 있는 서로 다른 법인 간에 합병하는 경우   제44조의3[적격합병시 합병법인에 대한 과세특례] ③ 제1항에 따라 피합병법인의 자산을 장부가액으로 양도받은 합병법인은 3년 이내의 범위에서 대통령령으로 정하는 기간에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 양도받은 자산의 장부가액과 제44조의2 제1항에 따른 시가와의 차액(시가가 장부가액보다 큰 경우만 해당한다. 이하 제4항에서 같다), 승계받은 결손금 중 공제한 금액 등을 대통령령으로 정하는 바에 따라 익금에 산입하고, 제2항에 따라 피합병법인으로부터 승계받아 공제한 감면·세액공제액 등을 대통령령으로 정하는 바에 따라 해당 사업연도의 법인세에 더하여 납부한 후 해당 사업연도부터 감면 또는 세액공제를 적용하지 아니한다. 다만, 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다. 1. 합병법인이 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 폐지하는 경우 2. 대통령령으로 정하는 피합병법인의 주주등이 합병법인으로부터 받은 주식등을 처분하는 경우 ⑦ 제1항부터 제5항까지의 규정에 따른 승계받은 사업의 폐지에 관한 판정기준, 익금산입액 및 손금산입액의 계산과 그 산입방법 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.   (4) 법인세법 시행령(2017.2.3. 대통령령 제27828호로 개정되기 전의 것)   제80조의4[적격합병 과세특례에 대한 사후관리] ③ 법 제44조의3 제3항 각 호 외의 부분 본문에서 "대통령령으로 정하는 기간"이란 합병등기일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도의 개시일부터 2년을 말한다. ⑧ 합병법인이 제3항에 따른 기간 중 피합병법인으로부터 승계한 고정자산가액의 2분의 1 이상을 처분하거나 사업에 사용하지 아니하는 경우에는 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 폐지한 것으로 본다. 다만, 피합병법인이 보유하던 합병법인의 주식을 승계받아 자기주식을 소각하는 경우에는 해당 합병법인의 주식을 제외하고 피합병법인으로부터 승계받은 고정자산을 기준으로 사업을 계속하는지 여부를 판정하되, 승계받은 고정자산이 합병법인의 주식만 있는 경우에는 사업을 계속하는 것으로 본다.   다. 사실관계 및 판단    (1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다.   (가) 법인등기부 및 정관에 의하면, 청구법인은 1997.1.17. 설립되어 조미식품 제조 판매업 등을 영위하고 있고, 사업장(본점)이 OOO인 것으로 나타나며, 피합병법인은 2010.11.15. 설립되어 식품제조업, 온라인 유통판매업 등을 영위하다가, 청구법인과 합병한 후 2017.1.6. 해산등기를 경료한 것으로 나타난다.   (나) 청구법인의 홈페이지OOO를 보면, 청구법인은 푸드서비스, 식자재유통, 조미식품전문기업OOO외식사업, 축산물유통OOO가정간편식 OOO등으로 사업영역을 영위하고 있는 것으로 확인된다.   (다) 청구법인은 2016.7.5. 제3자로부터 피합병법인의 발행주식 전부를 취득하였고, 청구법인과 피합병법인 사이의 합병계약서(2016.11.22.)에 의하면 청구법인은 2016.11.22. 피합병법인과 피합병법인으로부터 온라인 OOO사업조기 선정 및 생산, 물류 통합으로 Value-Chain강화를 위하여 2017.1.2.자로 합병하는 내용의 (흡수)합병계약을 체결한 사실이 확인되며, 청구법인의 등기사항전부증명서 등에 의하면 2017.1.6. 합병등기를 경료한 것으로 나타난다.   (라) 청구법인의 취득신고, 감면신청서류 및 쟁점공장 관련 부동산등기사항전부증명서 등에 의하면, 청구법인은 2017.2.23. 처분청에 쟁점공장을 합병을 원인으로 하여 취득하였다며 쟁점공장의 과세표준을 OOO으로 하고 「지방세특례제한법」제57조의2 제1항에 따라 취득세 등을 감면신청하여 취득세 등 합계 OOO신고한 후, 2017.3.6. 이를 납부하고 쟁점공장에 관한 소유권이전등기를 경료한 사실이 확인된다.    (마) 매매계약서(2018.11.13.) 및 쟁점공장 관련 부동산 등기사항전부증명서를 보면, 청구법인은 2018.11.13. OOO주식회사에게 쟁점공장(토지 및 건축물 전부)을 매각하는 내용의 매매계약을 체결하고, OOO주식회사는 2018.12.21. 쟁점공장에 관한 소유권이전등기를 경료한 사실이 나타난다.   (2) 청구법인이 피합병법인으로부터 승계받은 고정자산 내역은 아래 ＜표＞와 같고, 쟁점공장 처분가액은 피합병법인으로부터 승계받은 고정자산가액의 1/2를 초과OOO하는 것으로 나타난다.   ＜표＞ 피합병법인으로부터 승계 받은 고정자산 내역   (단위 : 원)    (3) 그 외 청구법인은 공장이전현황 보고자료, 피합병법인 조직개편 및 보직변경 기안서 등을 제출하였다.    (4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 본다.   (가) 「지방세법」제15조 제1항 제3호는 「법인세법」제44조 제3항에 따라 내국법인이 발행주식총수를 소유하고 있는 다른 법인을 합병(적격 합병)하는 경우 그 취득세율은 표준세율(1천분의 35)에서 중과기준세율(1천분의 20)을 차감한 1천분의 15(이하 “특례세율”이라 한다)로 하되 합병등기일부터 3년 이내에 합병법인이 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 폐지하는 경우에는 특례세율을 적용하지 않는다고 규정하고 있고, 「지방세특례제한법」제57조의2 제1항, 「법인세법」제44조의3 제3항 제1호 및 제7항, 같은 법 시행령 제80조의4 제3항 및 제8항을 종합하여 보면, 합병법인이 합병등기일부터 2년 이내에 피합병법인으로부터 승계한 고정자산가액의 2분의 1 이상을 처분하는 경우에는 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 폐지한 것으로 보아 합병에 따른 취득세 감면대상에서 제외한다고 규정하고 있다.   (나) 살피건대, 청구법인은 실질적으로 사업의 확장에 해당하는 쟁점공장 처분행위를 「지방세특례제한법」제57조의2 제1항 단서가 규정하고 있는 「법인세법」제44조의3 제3항 제1호의 피합병법인으로부터 승계받은 사업의 폐지라고 본 이 건 경정청구 거부처분은 부당하다고 주장하나, 아래와 같은 점들에 비추어 이 건 경정청구 거부처분은 잘못이 없다고 판단된다.   1) 법인세법령은 합병에 따른 세제혜택의 악용을 방지하기 위하여 적격합병시 합병법인에 대한 과세특례(「법인세법」제44조의3)를 규정하되 이를 사후관리할 수 있는 근거 규정(「법인세법 시행령」제80조의4)까지 마련해 놓고 있으므로, 같은 맥락에서 「지방세특례제한법」에서 「법인세법」상 합병에 따른 세제혜택을 줄 수 있는 경우에 해당할 경우 지방세 측면에서도 세제혜택을 부여하되, 법인세법령과 같이 사후관리하는 규정까지 원용할 필요가 있다 하겠다.   2) 「지방세특례제한법」제57조의2 제1항 단서는 「법인세법」제44조의3 제3항 각 호 어느 하나에 해당하는 사유를 적격합병에 따라 감면된 취득세 추징사유로 규정하고 있고, 「법인세법」제44조의3 제3항 제1호는 합병법인이 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 폐지한 경우를 규정하고 있으며, 같은 조 제7항은 제3항에 따른 승계받은 사업의 폐지에 관한 판정기준, 익금산입액 및 손금산입액의 계산과 그 산입방법 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다고 규정하고 있는바, 이에 위임을 받은 「법인세법 시행령」제80조의4 제8항에 따라 피합병법인으로부터 승계한 고정자산가액의 2분의 1 이상을 처분하거나 사업에 사용하지 아니하는 경우에는 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 폐지한 것으로 볼 수 있다 하겠다.   3) 실제 청구법인은 피합병법인으로부터 승계받은 고정자산가액의 1/2 이상(75.09%)에 해당하는 쟁점공장을 합병등기일(2017.1.6.)부터 3년 이내인 2018.12.21. 타인에게 매각한 사실이 확인되는바, 청구법인의 쟁점공장 처분행위는 적격합병에 따라 감면된 취득세 추징사유인 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 폐지한 경우에 해당한다 하겠다.     4. 결론   이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」제96조 제6항과 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

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