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법령상 또는 사실상의 장애로 인하여 등록세 면제대상에 해당된다고 볼 수 있는지 여부

작성자: Tax

조회: 9206 등록일: 2013-01-16

법령상 또는 사실상의 장애로 인하여 등록세 면제 등기기한 내에 소유권이전등기를 
완료하지 못한 경우에도 등록세 면제대상에 해당된다고 볼 수 있는지 여부  [감사원 2011감심157, 2011.08.18, 등록세 기각]  
주 문 심사청구를 기각한다.
 이 유
 1. 원 처분의 요지
 가. 청구인이 2008. 10. 16. 경기도 □□시 □□동 471-2 일원의 ◎◎◎◎ 택지개발사업지구 내 도시지원시설용지 36,875㎡(이하 “이 사건 토지”라 한다)를 취득한 후 같은 해 10. 31. 처분청에 그 취득세 및 등록세에 대하여 감면신청을 하자, 처분청은 같은 해 11. 4. 구 경기도 도세 감면조례(2008. 12. 30. 조례 제3827호로 전면 개정되기 전의 것) 제21조 제1항 제3호에 따라 위 토지가 아파트형 공장건설을 위한 부지로 사용된다는 사유로 위 취득세 및 등록세를 면제한다는 납세고지를 하였다.
 나. 처분청이 이 사건 토지의 지적공부가 확정되지 않아 소유권이전등기의 이행이 불가능한 시점인 2010. 6. 8. 청구인에게 이 사건 토지의 취득일로부터 2월 이내에 등기 하지 않았다는 사유로 등록세를 신고·납부하라는 통보를 하자, 청구인은 같은 해 10. 8. 이 사건 토지의 등록세 과세표준 등을 신고하고 같은 해 10. 12. 등록세 1,662,511,970원, 지방교육세 332,502,390원 계 1,995,014,360원을 납부하였다.(이하 “이 사건 처분”이라 한다) 
 2. 심사청구의 취지와 이유
 가. 청구 취지 
 이건의 청구 취지는 이 사건 처분을 취소하게 해 달라는 것이다.
 나. 청구 이유
 청구인은 이 사건 토지의 등기가 취득일로부터 2월 이내에 이행되지 않은 것은 이 사건 토지의 지적공부가 늦게 확정되는 등 청구인의 책임으로 돌릴 수 없는 법령상 또는 사실상의 장애로 인한 것이므로 이 사건 처분은 취소되어야 한다는 것이다.
 3. 우리 원의 판단
 가. 다툼
 이 건의 다툼은 청구인에게 책임을 돌릴 수 없는 법령상 또는 사실상의 장애로 인하여 등록세 면제 등기기한 내에 소유권이전등기를 완료하지 못한 경우에도 등록세 면제대상에 해당된다고 볼 수 있는지 여부이다.
 나. 인정 사실 
 이 건 관련 기록에 따르면, 다음과 같은 사실이 인정된다.
 (1) 청구인이 2008. 10. 16. 경기도 □□시 □□동 471-2 일원의 ◎◎◎◎ 택지개발사업지구 내 도시지원시설용지 36,875㎡를 취득한 후 같은 해 10. 31. 처분청에 그 취득세 및 등록세에 대하여 감면신청을 하자, 처분청은 같은 해 11. 4. 위 토지가 아파트형 공장건설을 위한 부지로 사용된다는 사유로 위 취득세 및 등록세를 면제한다는 납세고지를 하였다.
 (2) 처분청이 이 사건 토지가 택지개발사업지구 내에 위치하여 취득 후 지적공부가 확정되지 않아 소유권이전등기의 이행이 불가능한 시점인 2010. 6. 8. 청구인에게 이 사건 토지의 취득일로부터 2월 이내에 등기하지 않았다는 사유로 등록세가 면제되지 않는다는 통보를 하였다.
 (3) 이 사건 토지가 위치한 ‘◎◎◎◎ 국민임대주택단지’ 조성사업(1공구)이 2010. 3. 31. 준공됨에 따라 처분청이 같은 해 10. 6. 위 사업지구의 지적공부를 확정·시행하자, 청구인은 같은 해 10. 8. 이 사건 토지의 등록세 과세표준 등을 신고하고 같은 해 10. 12. 등록세 1,662,511,970원, 지방교육세 332,502,390원 계 1,995,014,360원을 납부하였다.
 (4) 한편, 아파트형공장용으로 사용하는 부동산에 대하여 그 취득세 및 등록세를 면제하도록 규정하고 있는 구 경기도 도세 감면조례의 개정과정 등은 다음과 같다.
 (가) 2000. 12. 30. 경기도조례 제3070호로 개정되기 전의 구 경기도 도세 감면조례 제19조 제1항에 따르면 아파트형 공장을 설립하기 위하여 부동산을 취득하는 자 등에 대하여는 취득세를 면제하고 그 부동산을 취득한 날로부터 2년 이내에 등기하는 경우에는 등록세를 면제하도록 되어 있었다.
 (나) 2000. 12. 30. 구 경기도 도세 감면조례를 전면 개정하면서 아파트형 공장 등에 대한 취득세 및 등록세 면제규정을 제21조로 변경하고 등록세 면제요건 중 등기기한이 부동산을 취득한 날로부터 당초 ‘2년 이내’에서 ‘2월 이내’로 단축되었다.
 (다) 청구 외 경기도가 구 경기도 도세 감면조례(2000. 12. 30. 경기도조례 제3070호로 전면 개정되기 전의 것)를 전면 개정하는 과정에서 작성된 기안문인 “경기도도세감면조례 개정”(도지사 결재)에는 아파트형 공장 등에 대한 감면조례의 개정방향이 ‘현행 유지’로 되어 있으면서 아파트 공장 등에 대한 등록세 면제요건 중 등기기한을 ‘2월 이내’로 줄인 취지 또는 사유에 대한 내용이 없고, 위 조례를 심의·의결한 청구 외 경기도의회의 의사회의록에도 위 개정내용에 대한 심의내용이 전혀 기록되어 있지 않았다.
 (5) 청구 외 행정안전부에서 이 사건과 관련된 지방세 감면 표준조례 제21조를 제정하여 각 시·도에 시달하면서 택지개발사업지구 내의 토지 등을 취득하여 아파트형 공장을 설립하는 경우 토지 취득일로부터 등기까지에는 상당기간이 소요되는 점 등을 고려하여 등록세 면제 등기기한을 2년으로 규정하였고, 이에 따라 경기도를 제외한 모든 광역지방자치단체에서는 해당 조례에 위 등록세 면제 등기기한을 ‘2년 이내’로 규정하여 운용하고 있다.
 다. 관계 법령
 이건과 관계되는 법령은 구 경기도 도세 감면조례(2008. 12. 30. 경기도조례 제3827호로 개정되기 전의 것) 제21조 등으로서 [별지] 기재와 같다.
 라. 판단
 청구인은 이 사건 토지의 등기가 등록세 면제 기한인 취득일로부터 2월 이내에 이행되지 않은 것은 이 사건 토지의 지적공부가 늦게 확정되는 등 청구인의 책임으로 돌릴 수 없는 법령상 또는 사실상의 장애로 인한 것이므로 이는 등록세를 면제할 정당한 사유에 해당된다고 주장하므로 그 주장이 타당한지 여부를 살펴본다. 
살피건대, 구 경기도 도세 감면조례(2008. 12. 30. 조례 제3827호로 개정되기 전의 것) 제21조 제1항 제3호에 따르면 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제2조 제6호에서 정한 아파트형 공장을 설립하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세가 면제되고, 그 취득일로부터 2월 이내에 등기하는 경우에는 등록세도 면제하도록 되어 있는바, 위 조례의 입법 취지는 아파트형 공장 설립 용도의 부동산에 대하여 취득세를 면제하고 정상적으로 등기하는 경우 등록세도 면제시켜 토지매입비 등의 설립비용을 낮추어 아파트형 공장의 설립을 활성화하기 위한 것으로 보여진다.
 이에 따라 인정사실 “(6)항”에서 본 바와 같이 택지개발사업지구 내의 토지를 취득하여 아파트형 공장을 설립하는 경우 사업지구의 준공 후 지적공부가 확정되어야만 소유권이전등기가 가능하기 때문에 취득일로부터 등기까지의 소요되는 기간이 상당히 길어 청구 외 행정안전부에서 이 사건과 관련된 지방세 감면 표준조례를 각 시·도에 시달하면서 등록세 면제 등기기한을 ‘2년 이내’로 규정하였고, 경기도를 제외한 모든 광역지방자치단체에서는 해당 조례의 등록세 면제 등기기한을 ‘2년 이내’로 규정하여 운용하고 있다.
 그러나 인정사실 “(5)항”에서 본 바와 같이 청구 외 경기도가 위 등록세 면제 등기기한을 당초 ‘2년 이내’에서 ‘2월 이내’로 단축함으로써 취득일로부터 2월 이내에 등기가 가능한 경우에는 취득세 및 등록세가 면제되나 취득일로부터 2월 이내에 등기가 불가능한 택지개발사업지구 내의 토지 등에 대하여는 취득세만 면제되는 불균일 과세결과가 초래되었는 바, 아파트형 공장 설립 용도의 토지 중 택지개발사업지구내의 토지에 대하여만 등록세 면제대상에서 제외되어야 하는 합리적인 정당성을 확인하기가 어렵고 아파트형 공장 설립의 활성화라는 이 사건 감면규정의 제정 취지, 타 시·도와의 형평성에 반하는 것으로 보여진다.
 또한, 감면대상을 축소하는 것으로 조례를 개정하는 경우 이해당사자들의 납세의무와 관련된 사안이므로 개정안을 만든 지방자치단체나 이를 심의·의결하는 지방자치단체 의회에서 그 개정의 정당성 등에 대하여 충분한 검토·심의가 이루어지는 것이 당연하고 통상적인데도 위 등록세 면제 등기기한을 단축한 개정조례의 진행과정을 보면 경기도의 개정기안문에는 다른 개정조문에 대하여는 개정사유가 설명되어 있는 반면, 이 사건과 관련된 조문에 대하여는 ‘현행 유지’로 되어 있으면서 개정사유에 대한 언급이 전혀 없었고 경기도의회의 의사회의록에도 다른 개정조문에 대하여는 개정내용과 그 사유에 대한 심의된 내용은 있지만 이 사건 개정조문에 대하여는 개정내용 및 그 사유에 대하여 심의된 사실이 없어 경기도와 경기도의회는 위 등록세 면제 등기기한을 당초 ‘2년 이내’에서 ‘2월 이내’로 개정하면서 이로 인하여 등록세 면제대상에서 택지개발사업지구 내의 토지가 제외된다는 사실을 인지하지 못한 것으로 보여진다.
 위에서 살펴본 바와 같이 아파트형 공장 설립용 부동산에 대한 취득세 및 등록세를 면제하도록 한 조례의 제정 취지, 타 시·도와의 형평성, 개정사유를 밝히지도 않고 개정의 타당성에 대한 논의 없이 이루어진 개정과정 등을 종합하여 보면, 2년 이내의 등록세 면제 등기기한을 2월 이내로 단축한 것은 착오 등에 의하여 잘못 이루어진 개정으로 보이나, 지방자치단체의 조례 제정 및 개정 권한은 헌법에 보장된 지방자치제도의 본질적 내용이라고 할 수 있고 이 사건 개정조례가 정상적인 절차를 거쳐 공포·시행되었으므로 유효한 것으로 보아야 할 것이다.
 그리고 조세법규는 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이며 합리적인 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하고, 특히 특혜 규정이라고 볼 수 있는 감면규정은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에 부합된다고 할 것이다.
 인정사실 “(4)항”에서 본 바와 같이 이 사건 택지개발사업지구가 2010. 3. 1. 준공되어 처분청이 같은 해 10. 6. 이 사건 토지를 포함한 이 사건 택지개발사업지구의 지적공부를 확정·공고하였기 때문에 청구인은 2008. 10. 16. 취득한 이 사건 토지의 소유권이전등기를 불가피하게 취득일로부터 2월이 훨씬 지난 2010. 10. 13. 이행 하였는바, 이는 청구인의 책임으로 돌릴 수 없는 법령상 또는 사실상의 장애로 인하여 청구인에게 이 사건 토지의 취득일로부터 2월 이내의 등기이행을 기대 하는 것이 무리하고 볼 만한 사정이 있는 경우에 해당된다고 볼 수 있다.
 그러나 구 경기도 도세 감면조례(2008. 12. 30. 조례 제3827호로 개정되기 전의 것) 제21조 제1항에 따르면 취득일로부터 2월 이내에 등기하는 경우에만 등록세를 면제하도록 되어 있고 그 등기이행의 기한의무에 대하여 면책할 수 있는 단서 또는 예외 규정이 없으므로 취득일로부터 2월이 지나 소유권이전등기를 완료한 이 사건 토지의 경우 등록세 과세대상으로 보아야 한다.
 4. 결론 그렇다면 이 사건 부과처분은 잘못이 없고 심사청구는 이유 없다고 인정 되므로 감사원법 제46조 제2항의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다. 
[별지] 관계 법령 □ 구 지방세법(2010. 12. 27. 법률 제10416호로 개정되기 전의 것) 제7조(공익 등 사유로 인한 과세면제 및 불균일과세) ① 지방자치단체는 공익상 기타의 사유로 인하여 과세를 부적당하다고 인정할 때에는 과세하지 아니할 수 있다. ② 지방자치단체는 공익상 기타의 사유로 인하여 필요한 때에는 불균일과세를 할 수 있다. 제8조(수익 등 사유로 인한 불균일과세 및 일부과세) 지방자치단체은 그의 일부에 대하여 특히 이익이 있다고 인정되는 사건에 대하여는 불균일과세를 하거나 또는 그의 일부에 대하여만 과세할 수 있다. 제9조(과세면제 등을 위한 조례) 제7조 및 제8조의 규정에 의하여 지방자치단체가 과세면제 불균일과세 또는 일부과세를 하고자 할 때에는 행정안전부장관의 허가를 받아 당해 지방자치단체의 조례로써 정하여야 한다. □ 구 경기도도세감면조례(2000. 12. 30. 경기도조례 제3070호로 개정되기 전의 것) 제19조(농어촌특산품생산단지 등에 대한 감면) ① 다음 각 호의 1에 해당하는 자가 당해 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(이미 사업용으로 사용하던 부동산을 승계취득하는 경우는 제외한다)에 대하여는 취득세를 면제하고, 그 부동산을 취득한 날로부터 2년 이내에 등기하는 경우에는 등록세를 면제한다. 다만, 제1호 내지 제2호의 경우에 수도권정비계획법 제6조 규정에 의한 과밀억제권역안에서는 그러하지 아니하다. 1. ~ 2. (생략) 3. 공업배치 및 공장설립에 관한 법률 제2조 제6호의 규정에 의하여 아파트형 공장을 설립하기 위하여 부동산을 취득하는 자 및 동법 제28조의5 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의하여 아파트형 공장에 입주하여 사업 또는 벤처기업을 영위하고자 하는 중소기업자 ② (생략)
 □ 구 경기도도세감면조례(2008. 12. 30. 경기도조례 제3827호로 개정되기 전의 것) 제21조(농어촌특산품생산단지 등에 대한 감면) ① 다음 각 호의 1에 해당하는 자가 당해 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(이미 사업용으로 사용하던 부동산을 승계취득하는 경우는 제외한다)에 대하여는 취득세를 면제하고, 그 부동산을 취득한 날로부터 2월 이내에 등기하는 경우에는 등록세를 면제한다. 다만, 제1호 내지 제2호의 경우에 수도권정비계획법 제6조 규정에 의한 과밀억제권역안에서는 그러하지 아니하다. 1. ~ 2. (생략) 3. 산업집적화 활성화 및 공장설립에 관한 법률 제2조 제6호의 규정에 의하여 아파트형 공장을 설립하기 위하여 부동산을 취득하는 자 및 동법 제28조의5 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의하여 아파트형 공장에 입주하여 사업 또는 벤처기업을 영위하고자 하는 중소기업자 ② (생략)

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