(경정)이 건 토지를 2013.3.28. 이전에 이 건 토지를 사실상 취득하였으므로 이 건 취득세 등은 부과제척기간이 경과한 후의 처분이라는 청구주장의 당부

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심판(심사)사례

(경정)이 건 토지를 2013.3.28. 이전에 이 건 토지를 사실상 취득하였으므로 이 건 취득세 등은 부과제척기간이 경과한 후의 처분이라는 청구주장의 당부

작성자: Tax

조회: 971 등록일: 2020-09-26

조심2019지0810, 2020.3.10.  (세목) 취득세  (결정유형)  경정 【결정요지】취득세는 부동산 등의 거래행위에 대하여 부과하는 조세이므로 그 거래 당사자가 공동사업자라 하여 취득세가 면제되는 것은 아닌 점 등에 비추어 청구법인이 2017.3.27.부터 2017.12.6.까지 LH에게 지급한 쟁점금액은 수익의 배분이 아니라 토지의 거래 대금으로 보는 것이 타당하다 할 것이므로 이 건 취득세 등이 부과제척기간을 경과한 후의 처분으로 위법하다는 청구법인의 주장은 받아들이기 어렵다고 판단됨. 다만, 쟁점2토지의 취득가격 000억원 및 지목변경비용 000억원에 대하여 취득세 등을 부과한 것은 실상의 이중과세에 해당하므로 이 건 토지의 취득세 과세표준은 처분청이 취득가격으로 판단한 0000억원에서 차감하여 산정하는 것이 타당함. 【관련법령】 지방세법 시행령제20조 【주  문】 OOO이 2017.12.6. 청구법인에게 한 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원의 부과처분은 그 과세표준 OOO원에서 청구법인이 2013.3.28. 취득한 OOO 외 35필지 토지 39,417.2㎡의 취득가격 OOO원 및 2017.9.28. 취득한 같은 토지의 지목변경비용 OOO원 합계 OOO원을 제외하는 것으로 하여 그 과세표준 및 세액을 경정한다. 【이  유】 1. 처분개요   가. 처분청은 청구법인이 2017.12.6. OOO소재 토지 105,589㎡(이하 “이 건 토지”라 한다)를 사실상 취득하였으나, 취득세 등을 신고․납부하지 않았다고 보아 2018.9.27. 청구법인에게 이 건 토지의 취득가격을 OOO원(이하 “OOO원”이라 한다)으로 하여 산출한 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원(이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 부과․고지하였다.   나. 청구법인은 이에 불복하여 2018.12.4. 심판청구를 제기하였다.     2. 청구법인 주장 및 처분청 의견   가. 청구법인 주장   (1) 청구법인은 2011.3.30. OOO(이하 “이 건 개발사업”이라 한다)의 공동사업시행자로 참여하기 위하여 당초 사업시행자인 OOO(이하 “OOO”라 한다)에게 사업비 분담금으로 지급한 OOO원(이하 “OOO”이라 한다)에는 청구법인이 OOO로부터 취득한 OOO(종전지번으로 이하 같다) 외 66필지 토지 66,171.8㎡(이하 “쟁점1토지”라 한다)의 취득가격이 전부 포함되어 있으므로 취득 당시 소유권이전등기를 하였는지 여부에 관계 없이 청구법인은 2011.3.30. 쟁점1토지를 사실상 취득하였다고 할 것이므로 처분청이 2018.9.27. 부과한 이 건 취득세 등 OOO원중 쟁점1토지에 해당하는 부분은 그 부과제척기간(5년)이 경과한 후의 처분으로서 위법하다.   (2) 청구법인은 2013.3.28. OOO 외 35필지 토지 39,417.2㎡(이하 “쟁점2토지”라 한다)를 수용을 원인으로 취득한 후 그 취득가격 OOO원(이하 “OOO원”이라 한다)을 과세표준으로 하여 취득세 등 OOO원을 신고․납부하였으며, 그 후 이 건 토지 105,589㎡[쟁점1토지 66,171.8㎡(62.7%), 쟁점2토지 39,417.2㎡(37.3%)]를 대지 등으로 조성하고, 지목변경에 따른 취득세 과세표준을 OOO원(이하 “OOO원”이라 한다)하여 취득세 등을 납부하였는바, 청구법인은 2013.3.28. 이 건 토지를 취득하였다 할 것이므로 처분청이 2018.9.27. 부과한 이 건 취득세 등 OOO원 중 쟁점2토지에 해당하는 부분은 이중과세로서 위법하다.   (3) 청구법인은 2017.9.28. 이 건 토지에 임대아파트(OOO)를 신축한 후,「OOO 공동사업시행 기본협약」(이하 “이 건 기본협약”이라 한다) 제4조 제2항,「OOO 공동사업시행 실시협약서」(이하 “이 건 실시협약”이라 한다) 제16조 제1항 및 제5항에 따라 그 예상 수익금의 75%(이 건 개발사업의 OOO 지분)인 OOO원(이하 “쟁점금액”이라 한다)을 3회에 걸쳐 OOO에게 지급한 것으로 이는 이 건 토지의 취득가격과는 관계가 없는 수익의 배분이라 할 것임에도 처분청은 청구법인이 OOO에게 통보한 문서(분양수납부-8373, 2017.11.13.)에 ‘자체사용 토지대금’이라는 문구가 기재되어 있다는 사실만으로 쟁점금액을 이 건 토지의 사실상 잔금으로 보아 이 건 취득세 등을 부과하였으나, 이는 그 사실관계를 오인한 것일 뿐만 아니라 처분청은 쟁점금액의 지급 시기나 내역조차 특정하지 못하고 있으므로 이 건 취득세 등은 전부 취소되어야 한다.   나. 처분청 의견   「지방세법 시행령」제20조 제2항에서 사실상의 취득가격이 증명되는 유상승계취득의 경우에는 그 사실상의 잔금지급일에 취득한 것으로 본다고 규정하고 있고, OOO가 작성한 이 건 토지의 매매대금 수납 관련 문서OOO 및 청구법인이 OOO에게 통보한 문서(분양수납부-8373, 2017.11.13.)에서 이 건 토지의 매매가격을 쟁점금액을 포함한 OOO원으로, 그 잔금지급일을 2017.12.6.로 명시하고 있는바, 처분청이 2018.9.27. 이 건 토지의 취득가격을 OOO원으로 하여 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 정당하다.     3. 심리 및 판단    가. 쟁점   ① 2011.3.30. 쟁점1토지를 사실상 취득하였으므로 이에 대한 취득세 등은 부과제척기간이 경과한 후의 처분이라는 청구주장의 당부   ② 2013.3.28. 쟁점2토지를 취득하고 취득세 등을 납부하였으므로 이에 대한 취득세 등은 이중과세에 해당된다는 청구주장의 당부   나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재   다. 사실관계 및 판단    (1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다.   (가) 구 건설교통부장관은 2006.7.21. OOO 일원의 토지 6,797,608.7㎡를 택지로 개발하는 이 건 개발사업의 사업시행자를 OOO로 지정․고시하였다(건설교통부 고시 제2006-272호).   (나) 청구법인은 2011.3.25. 이 건 개발사업에 공동사업시행자로 참여하기 위하여 OOO와 이 건 기본협약을 체결하였다.   (다) OOO는 이 건 기본협약 제7조에 따라, 2010.12.31.까지 집행한 이 건 개발의 사업비를 용지비용 OOO원(용지비 및 용지부담금, 이하 같다)을 포함한 OOO원으로 결정하였고, 이 중 25%에 해당하는 OOO원(용지비용 OOO원 포함)을 청구법인이 부담하여야 하는 비용으로 산정하였으며, 청구법인은 2011.3.30. OOO에게 OOO원을 지급하여 이 건 개발사업의 공동사업자(25% 지분)가 되었고, 이를 토지로 환산하면 청구법인은 이 건 개발사업 내 부지 중 약 170만㎡를 취득할 수 있는 권리를 얻은 것으로 볼 수 있다.    (라) 청구법인과 OOO는 2011년 9월 경 아래와 같이 이 건 실시협약을 체결하였다.   (마) 청구법인은 2013.3.28. 이 건 개발사업의 사업시행자 지위에서 쟁점2토지(39,417.2㎡)를 취득한 후, 그 취득가격 OOO원을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 등 OOO원을 신고․납부하고 청구법인 명의로 소유권이전등기를 하였다.   (바) 청구법인은 2017.9.28. 이 건 토지에 임대아파트 261,708.3㎡(전용면적 40㎡ 이하 440세대, 전용면적 60㎡ 이하 1,318세대, 전용면적 85㎡ 이하 442세대로서, 이하 “이 건 아파트”라 한다)를 신축한 후, 청구법인 명의로 소유권보존등기를 하고, 실수요자에게 임대하고 있으나, 현재까지 토지구획정리가 완료되지 않아 그 부속토지인 이 건 토지에 대한 소유권보존등기는 이루어지지 않고 있다.   청구법인은 2017.10.18. 이 건 토지(105,589㎡)의 지목변경에 따른 취득세 납세의무자를 청구법인으로 하고, 과세표준을 OOO으로 하여 산출한 취득세 등 OOO원을 신고․납부하였으나, 토지대장(공부)등을 기준으로 하면, 청구법인이 지목변경에 따른 취득세 납세의무를 부담하는 면적은 쟁점2토지인 39,417.2㎡이고, 지목변경에 따른 비용은 OOO원(이하 “OOO원”이라 한다)인 것으로 나타난다.   (사) 한편, 2017.7.12. 현재 이 건 개발사업부지 679만㎡ 중 OOO 관내 토지는 청구법인의 사업부지 지분인 170만㎡보다 많은 257만㎡(37.8%)인데, 이 중 216만㎡는 OOO가, 5.2만㎡는 청구법인이 각각 소유하고 있고, 나머지 35.8만㎡는 국․공유지이며, 쟁점2토지(39,417.2㎡)는 청구법인이 소유하고 있는 토지(52,229.8㎡)의 일부인 것으로 나타난다(국토교통부 고시 제2017-471호 참고).   (아) OOO의 회계결의서(작성번호 2017-3-27-03094) 및 OOO가 청구법인에게 통보한 문서OOO 등에 의하면, OOO는 청구법인의 자체 사용토지의 공급가액을 OOO원으로 결정한 후, 청구법인이 지급하여야 하는 금액을 쟁점금액OOO으로 산출하였으며, 청구법인은 2017.3.27.부터 2017.12.6.까지 OOO에게 쟁점금액을 지급한 것으로 나타난다.   (2) 먼저, 쟁점①에 대하여 살펴본다.   (가)「지방세법」제7조 제2항에서 부동산 등의 취득은「민법」등 관계 법령에 따른 등기·등록 등을 하지 아니한 경우라도 사실상 취득하면 각각 취득한 것으로 본다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제20조 제2항 제1호에서 사실상의 취득가격이 입증되는 유상승계취득의 경우에는 그 사실상의 잔금지급일을 취득의 시기로 규정하고 있다.   (나)「지방세법」제7조 제2항에 규정된 “사실상의 취득”이란 일반적으로 등기와 같은 소유권 취득의 형식적 요건을 갖추지는 못하였으나 대금의 지급과 같은 소유권 취득의 실질적 요건을 갖춘 경우를 말한다고 할 것이다(대법원 1998.12.8. 선고 98두14228 판결 등 같은 뜻임).   (다) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인이 2011.3.30. OOO에게 지급한 OOO원은 이 건 개발사업의 분담금으로 그 중 용지대금 OOO원은 쟁점1토지 뿐만 아니라 이 건 개발사업부지 내 토지 중 청구법인의 지분(25%)에 해당하는 토지 대금의 일부라고 보아야 하는 점, 청구법인은 2011.3.30. OOO에게 지급한 OOO원에 쟁점1토지의 취득가격이 전부 포함되어 있다고 주장만 할 뿐 그 거래가격이나 지급한 잔금이 얼마인지에 대하여는 구체적으로 답변하지 못하고 있는 점, 이 건 실시협약 제16조 제5항, OOO의 회계결의서 및 청구법인과 OOO가 주고 받은 각종 문서를 보면 OOO는 이 건 토지의 조성공사가 거의 끝난 2017년도에서야 청구법인이 사용하고 있는 토지의 공급가격을 용지의 취득비용 및 조성비용 등의 합계액에 공급원가율(60%, 85%)을 곱하여 OOO원으로 결정한 것으로 보이는바 청구법인이 공급가격이 결정되지도 않은 2011.3.30.에 쟁점1토지를 취득하였다고 보기는 어려운 점, 설령 청구주장과 같이 청구법인이 이 건 토지를 2013.3.28. 이전에 취득하였다고 본다면 쟁점금액은 청구법인이 이 건 아파트에서 발생한 수익금(보증금, 임대료 등)을 이 건 아파트에 대하여 아무런 권리(지분)를 가지고 있지 않은 OOO에게 지급한 것으로 이는 일반적인 거래 관행상 쉽게 납득하기 어려운 점, 2017.7.12. 현재 처분청 관내에 있는 이 건 개발사업부지 257만㎡ 중 84.8%인 216만㎡를 여전히 OOO가 소유하고 반면 청구법인이 소유하고 있는 토지는 5.2만㎡(2.0%)로서 그 면적은 쟁점1토지의 면적(62,960.6㎡)에도 미치지 못하는 점, 취득세는 부동산 등의 거래행위에 대하여 부과하는 조세이므로 그 거래 당사자가 공동사업자라고 하더라도 취득세가 면제되는 것은 아닌 점 등에 비추어 청구법인이 2017.3.27.부터 2017.12.6.까지 OOO에게 지급한 쟁점금액은 청구법인이 OOO로부터 취득하는 토지의 매매대금으로 보는 것이 타당하다 할 것이므로 이 건 취득세 등이 부과제척기간을 경과한 후의 처분으로 위법하다는 청구법인의 주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.   (5) 다음으로 쟁점②에 대하여 살펴보면, 처분청이 이 건 토지의 취득가격으로 판단한 OOO원은 OOO가 쟁점1토지를, 청구법인이 쟁점2토지를 취득하면서 지급한 용지 취득비용 및 조성비용 등을 합한 금액에 임대주택용 토지에 대한 공급원가율을 곱하여 산출한 금액으로서 사실상의 용지 조성원가에 해당한다고 할 것이고, 청구법인은 이 건 개발사업의 시행자의 지위에서 쟁점2토지를 취득한 후 쟁점2토지를 포함한 이 건 토지에 대하여 지목변경공사를 하였으므로, 청구법인이 쟁점2토지를 취득하면서 지급한 OOO원과 그 조성공사(지목변경)비용 OOO원 합계 OOO원은 위 OOO원에 포함되어 있다고 할 것이며, 청구법인은 이에 대하여 취득세 등 OOO원(토지 OOO원, 지목변경 OOO원)을 신고․납부하였는바, 쟁점2토지의 취득가격 OOO원 및 지목변경비용 OOO원[지목변경비용 OOO원을 이 건 토지에서 쟁점2토지가 차지하는 비율(37.3%)로 안분한 금액]에 대하여 취득세 등을 부과하는 것은 사실상의 이중과세에 해당하므로 이 건 토지의 취득세 과세표준은 처분청이 취득가격으로 판단한 OOO원에서 쟁점2토지의 취득가격에 해당하는 OOO원(토지취득 OOO원, 지목변경 OOO원)을 차감하여 산정하는 것이 타당하다고 판단된다.     4. 결 론   이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로「지방세기본법」제96조 제6항,「국세기본법」제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.           ＜별지＞ 관련 법령    (1) 지방세법   제7조[납세의무자 등] ① 취득세는 부동산, 차량, 기계장비, 항공기, 선박, 입목, 광업권, 어업권, 골프회원권, 승마회원권, 콘도미니엄 회원권, 종합체육시설 이용회원권 또는 요트회원권(이하 이 장에서 “부동산 등”이라 한다)을 취득한 자에게 부과한다. ② 부동산 등의 취득은「민법」,「자동차관리법」,「건설기계관리법」, 「항공안전법」,「선박법」,「입목에 관한 법률」,「광업법」또는「수산업법」등 관계 법령에 따른 등기·등록 등을 하지 아니한 경우라도 사실상 취득하면 각각 취득한 것으로 보고 해당 취득물건의 소유자 또는 양수인을 각각 취득자로 한다. 다만, 차량, 기계장비, 항공기 및 주문을 받아 건조하는 선박은 승계취득인 경우에만 해당한다.   제10조[과세표준] ⑤ 다음 각 호의 취득(증여·기부, 그 밖의 무상취득 및「소득세법」제101조 제1항 또는「법인세법」제52조 제1항에 따른 거래로 인한 취득은 제외한다)에 대하여는 제2항 단서 및 제3항 후단에도 불구하고 사실상의 취득가격 또는 연부금액을 과세표준으로 한다. 3. 판결문·법인장부 중 대통령령으로 정하는 것에 따라 취득가격이 증명되는 취득    (2) 지방세법 시행령   제20조[취득의 시기 등] ② 유상승계취득의 경우에는 다음 각 호에서 정하는 날에 취득한 것으로 본다. 1. 법 제10조 제5항 제1호부터 제4호까지의 규정 중 어느 하나에 해당하는 유상승계취득의 경우에는 그 사실상의 잔금지급일    (3) 지방세기본법   제38조[부과의 제척기간] ① 지방세는 대통령령으로 정하는 바에 따라 부과할 수 있는 날부터 다음 각 호에서 정하는 기간이 만료되는 날까지 부과하지 아니한 경우에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세방지를 위하여 체결한 조약(이하 “조세조약”이라 한다)에 따라 상호합의절차가 진행 중인 경우에는「국제조세조정에 관한 법률」제25조에서 정하는 바에 따른다. 1. 납세자가 사기나 그 밖의 부정한 행위로 지방세를 포탈하거나 환급 또는 경감받은 경우에는 10년 2. 납세자가 법정신고기한까지 소득세, 법인세 또는 지방소비세의 과세표준신고서를 제출하지 아니하여 해당 지방소득세 소득분 또는 지방소비세를 부과할 수 없는 경우에는 7년 3. 그 밖의 경우에는 5년   (4) 지방세기본법 시행령   제18조[제척기간의 기산일] ① 법 제38조 제1항 각 호 외의 부분 본문에 따른 지방세를 부과할 수 있는 날은 다음 각 호에 해당하는 날로 한다. 1. 법 또는 지방세관계법에서 신고납부하도록 규정된 지방세의 경우에는 해당 지방세에 대한 신고기한의 다음 날. (이하 생략)

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