(1) 쟁점부동산을 종교 및 제사를 목적으로 하는 단체가 해당 사업에 직접 사용하는 부동산으로 보아 재산세 도시지역분 및 지역자원시설세 전액 면제대상인지 여부 (2) 쟁점부동산을 종교단체가 의료업에 직접 사용하는 부동산으로 보아 재산세 도시지역분 전액 및 지역자원시설세 50% 감면대상인지 여부

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심판(심사)사례

(1) 쟁점부동산을 종교 및 제사를 목적으로 하는 단체가 해당 사업에 직접 사용하는 부동산으로 보아 재산세 도시지역분 및 지역자원시설세 전액 면제대상인지 여부 (2) 쟁점부동산을 종교단체가 의료업에 직접 사용하는 부동산으로 보아 재산세 도시지역분 전액 및 지역자원시설세 50% 감면대상인지 여부

작성자: Tax

조회: 7145 등록일: 2014-02-11

[조심2013지0938 (2014.02.06) 재산세 취소] [결정요지]
(1) 청구법인은 2004.7.2.부터 현재까지 쟁점부동산을 종교목적으로 사용하지 않고, 의료기관(OOO)을 설치?운영하고 있으므로 고유목적 사업에 직접 사용하는 부동산으로 볼 수 없음. (2) 청구법인은 종교를 목적으로「민법」에 따라 설립된 재단법인으로서, 2004.7.2.부터 현재까지 쟁점부동산에 의료기관(OOO)을 개설하여 의료업에 직접 사용하고 있으므로, 쟁점부동산을 종교단체가 의료업에 직접 사용하는 부동산으로 보아 재산세 도시지역분을 면제하고 지역자원시설세를 100분의 50 경감하여야 함.  
[주    문] 
  
1. 처분청이 2013.7.8. 청구법인에게 한 2013년 7월분 재산세 도시지역분(건축물) OOO, 지역자원시설세 OOO, 합계 OOO의 부과처분은 재산세 도시지역분(건축물)은 면제하고 지역자원시설세는 100분의 50을 경감하여 그 세액을 경정하고,   2. 처분청이 2013.9.3. 청구법인에게 한 2013년 9월분 재산세 도시지역분(토지) OOO의 부과처분은 이를 취소한다. 
3. 나머지 심판청구는 이를 기각한다. 
  
[이    유] 
  
1. 처분개요 
  
 가. 처분청은청구법인이 소유하고 있는 경기도OOO에 대하여 「지방세특례제한법」제50조 제2항에 의한 ‘종교 및 제사를 목적으로 하는 단체가 직접 사용하는 부동산’으로 보아 2012년까지 재산세 및 지역자원시설세를 전액 감면하였다.     
 나. 그 후, 처분청은 청구법인이 쟁점부동산을 “종교단체 의료기관”으로 사용하고 있음을 확인하고 같은 법 제38조 제4항 제2호에 의한 ‘종교단체가 의료업에 직접 사용하는 부동산’으로 보아 2013년 7월분 재산세 도시지역분(건축물) OOO, 지역자원시설세 OOO, 합계 OOO을 2013.7.8.에, 2013년 9월분 재산세 도시지역분(토지) OOO을 2013.9.3.에 청구법인에게 각 부과고지하였다.    
 다. 청구법인은 이에 불복하여 2013.10.1.심판청구를 제기하였다. 
    
2. 청구인 주장 및 처분청 의견 
  
 가. 청구인 주장 
  
   (1) 청구법인이 의료시설OOO을 운영하는 것은 사실이나, 이는 ① OOO 사회복지시설로서 ② 완전한 무료복지의원이고 ③ 재단법인의 지원금과 뜻을 같이하는 모든 이들의 기부금품으로 운영하는 것을 원칙으로 하며, ④ 의료수가는 물론 의료보험금을 수령한 사실도 전혀 없으며, ⑤ 치료 대상자는 극빈자나 빈민을 대상으로 하므로 OOO의 전교인 청구법인의 ‘해당사업’, 즉 종교사업을 위한 구료(救療)에 해당하는 바, 「지방세특례제한법」제50조에 의한 ‘종교단체가 과세기준일 현재 해당사업에 직접 사용하는 부동산’으로 보아 재산세 및 지역자원시설세 전액 감면하는 것이 타당하다.    
   (2) 설령, 처분청의 입장처럼 ‘종교법인의 의료사업’으로 본다 하더라도 OOO제3조에서 종교를 목적으로 민법에 따라 설립된 재단법인이 과세기준일 현재 의료업에 직접 사용하는 부동산에 대하여 「지방세특례제한법」에 따라 재산세(「지방세법」제112조에 따른 부과액을 포함한다)를 면제하도록 규정하고 있고, 경기도세 감면조례에서는 지역자원시설세도 50%만 감면하여 나머지를 부과하는 것으로 정하고 있으므로 이 건 처분은 부당하다.    
 나. 처분청 의견 
  
   청구법인이 쟁점부동산에 설치된 OOO은 2004.7.2. 종교단체(재단법인) 의료기관으로 인가받아 재단법인의 지원금과 일반인의 기부금품으로 운영하는 것을 원칙으로 하며 극빈자나 빈민 등을 대상으로 한 무료복지의원으로서 2013년 재산세 과세기준일 현재 의료기관으로 사용하고 있는 바, 「지방세특례제한법」제50조 규정이 아닌 같은 법 제38조 제4항 제2호에 의한 ‘종교단체가 의료업에 직접 사용하는 부동산’에 해당하는 것으로 보아야 하므로 이 건 처분은 정당하다.      
3. 심리 및 판단 
  
 가. 쟁  점 
  
   (1)쟁점부동산을 종교 및 제사를 목적으로 하는 단체가 해당 사업에 직접 사용하는 부동산으로 보아 재산세(도시지역분) 및 지역자원시설세 전액 면제대상인지 여부(주위적 청구)    
   (2) 쟁점부동산을 종교단체가 의료업에 직접 사용하는 부동산으로 보아 재산세(도시지역분) 전액 및 지역자원시설세 50% 감면대상인지 여부(예비적 청구)    
 나. 관련법령(【별지】에 기재) 
  
 다. 사실관계 및 판단 
  
  (1) 청구인과 처분청이 제출한 증빙자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다. 
  
   (가) 쟁점부동산(토지, 건물) 등기사항전부증명서(말소사항 포함) 및 토지·건축물대장에 의하면, 쟁점부동산 중 토지는 지목 대, 면적 경기도 OOO 로서 1988.12.24. 청구법인 명의로 소유권이전등기가 되어 있고, 쟁점부동산 중 건축물은 대지위치 경기도 OOO, 철근콘크리트 구조(지하1층, 지상4층), 주용도 교육연구 및 복지시설, 건축물 연면적 1,447.53㎡, 대지면적 686.3㎡로서 1988.3.30. 청구법인 명의로 소유권보존등기가 된 것으로 나타난다.     
   (나) 청구법인 등기사항일부증명서(말소사항 포함)에는 주 사무소는 경기도 OOO, 목적은 (1)의료 및 사회사업 : 종교사업을 위한 구료 자선에 관한 사업, (2)교육사업 : 종교교육, 전도, 유아교육, 수도자의 양성, (3)재산유지관리 및 기타 부대사업, 대표자 김OOO, 법인성립연월일 1985.7.4.로 기재되어 있고, 위 목적사업은 청구법인 및 OOO의 정관에도 나타난다.    
   (다)처분청이 작성한 종교단체 조사표(현장조사일 2013.4.30.)를 보면, 조사자 의견란에 “상기 건물은 OOO 건축물로써 종교시설 감면코드로 운영되고 있지만 병·의원 진료하는 병원으로「안산시세감면조례」규정으로 「민법」제32조에 따라 설립된 종교단체(재단법인에 한함)가 과세기준일 현재 의료법에 의한 의료업에 직접 사용하는부동산에 해당되는 것으로 사료됨”이라고 되어 있고, “본세 감면과 목적세50% 감면으로 관리요망, 1층～2층 진료실, 3층 숙소(수녀간호사), 4층 놀이치료실 및 사무실”이라고 기재되어 있다.    
   (라) 2013.5.23. OOO이 처분청에 보낸 “재산세 과세자료(재단법인 종교단체 의료업) 제출” 공문에는 종교단체(재단법인) 의료기관 현황이 아래 <표1>과 같고, 2008.8.22. 처분청이 발행한 의료기관 개설신고필증의 주요내용은 아래 <표2>와 같이 나타난다.      OOOOOOOOOO OOOO OOOO OO 
       (마) 한편, 처분청의 2013년도 재산세 과세내역서 및 납세고지서 등에 의하면, 처분청은 쟁점부동산 중 건축물에 대하여 재산세 도시지역분 OOO, 지역자원시설세 OOO, 합계 OOO을 2013.7.8.에, 쟁점부동산 중 토지에 대하여 재산세 도시지역분 OOO을 2013.9.3.에 청구법인에게 각 부과고지한 것으로 나타난다.    
  (2) 먼저, 쟁점①에 대하여 살펴본다. 
  
   (가) 청구법인은 쟁점부동산에 의료시설OOO을 운영하나, 이는 종교사업을 위한 구료(救療)에 해당하는 바, 쟁점부동산에대하여「지방세특례제한법」제50조 제2항에 의한 ‘종교단체가 과세기준일 현재 해당사업에 직접 사용하는 부동산’으로 보아 재산세 및 지역자원시설세 전액 감면대상이라고 주장하고 있는 바,    
   (나) 「지방세특례제한법」제50조 제2항에는 “종교 및 제사를 목적으로 하는 단체가 과세기준일 현재 해당 사업에 직접 사용하는 부동산(대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지를 포함한다)에 대하여는 재산세(「지방세법」제112조에 따른 부과액을 포함한다) 및 「지방세법」제146조 제2항에 따른 지역자원시설세를 각각 면제한다”고 규정하고 있으며,    
   (다)종교단체가 소유하고 있는 부동산 중 재산세 등이 비과세되는 부동산이라 함은종교의식, 예배축전, 종교교육, 선교 등 종교목적으로 직접 사용되는 부동산에 한하는 것이라 할 것이다OOO.    
   (라) 이 건의 경우, 청구법인은 2004.7.2.부터 현재까지 쟁점부동산에「의료법」에 의한 의료기관OOO을 설치·운영하고 있는 사실이 처분청의 종교단체 조사표, OOO의 종교단체 의료기관 현황자료, 처분청이 발행한 의료기관개설신고필증 등으로 확인되는 이상 「지방세특례제한법」제50조 제2항에 의한 ‘종교 및 제사를 목적으로 하는 단체가 과세기준일 현재 해당 사업에 직접 사용하는 부동산’으로 볼 수 없다고 판단된다.    
  (3) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살펴본다. 
  
   (가) 청구법인은 ‘종교법인의 의료사업’으로 본다 하더라도 「지방세특례제한법」제38조 제4항 및 「안산시세 감면조례」제3조 에 따라 재산세(「지방세법」제112조에 따른 부과액 포함)를 면제하도록 규정하고 있고,「경기도 도세 감면조례」에 의한 지역자원시설세도 50% 감면하여야 한다고 주장하고 있는 바,    
   (나) 「지방세특례제한법」제38조 제4항에 의하면, “종교단체(「민법」에 따라 설립된 재단법인으로 한정한다)에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 지방세를 2013년 12월 31일까지 감면한다”고 하면서, 그 제2호에서 “과세기준일 현재 의료업에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세(「지방세법」제112조에 따른 부과액을 포함한다)의 100분의 100의 범위에서 조례로 정하는 율을 감면한다”고 규정하고 있으며,    
   (다) 「경기도 도세 감면조례」제3조 제1항에서는 종교단체(「민법」제32조에 따라 설립된 재단법인으로 한정한다)가 과세기준일 현재 의료업에 직접 사용하는 부동산에 대하여는「지방세법」제146조 제2항에 따른 지역자원시설세의 100분의 50을 경감하도록 규정하고 있고, 「안산시 시세의 감면에 관한 조례」제3조에는 “종교를 목적으로 「민법」에 따라 설립된 재단법인이 과세기준일 현재 의료업에 직접 사용하는 부동산에 대하여「지방세특례제한법」에 따라 재산세(「지방세법」제112조에 따른 부과액을 포함한다)를 면제한다”고 규정하고 있다.    
   (라) 이 건의 경우, 청구법인이 쟁점부동산을 ‘종교 및 제사를 목적으로 하는 단체가 과세기준일 현재 해당 사업에 직접 사용하는 부동산’으로 볼 수 없다 하더라도 「민법」에 따라 설립된 재단법인으로서 종교단체인 청구법인이 2004.7.2.부터 현재까지 「의료법」에 따른의료기관OOO을 개설하여 쟁점부동산을 의료업에 직접 사용하고 있음이 확인되는 만큼, 「지방세특례제한법」제38조 제4항 제2호,「경기도 도세 감면조례」제3조 제1항 및 「안산시 시세의 감면에 관한 조례」제3조 등의 규정에 의거 쟁점부동산을 ‘종교단체가 의료업에 직접 사용하는 부동산’으로 보아 재산세(재산세 도시지역분 포함)의 면제 및 지역자원시설세의 100분의 50 경감대상이라 하겠다.    
   (마) 따라서, 처분청이 쟁점부동산에 대하여재산세도시지역분 및지역자원시설세를 전액 부과한 이 건 처분에는관련법령과 조례에 의한 감면규정을 잘못 적용한 오류가 있는 것으로 판단된다.    
4. 결 론 
  
  이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로「지방세기본법」제123조 제4항과「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호·제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.   【별지】관련법령 
  
  (1) 지방세법(2013.6.7. 법률 제11873호로 개정되기 전의 것) 
  
제112조【재산세 도시지역분】 
① 지방자치단체의 장은 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제6조제1호에 따른 도시지역 중 해당 지방의회의 의결을 거쳐 고시한 지역(이하 이 조에서 "재산세 도시지역분 적용대상 지역"이라 한다) 안에 있는 대통령령으로 정하는 토지, 건축물 또는 주택(이하 이 조에서 "토지등"이라 한다)에 대하여는 조례로 정하는 바에 따라 제1호에 따른 세액에 제2호에 따른 세액을 합산하여 산출한 세액을 재산세액으로 부과할 수 있다.   1. 제110조의 과세표준에 제111조의 세율을 적용하여 산출한 세액 
2. 제110조에 따른 토지등의 과세표준에 1천분의 1.4를 적용하여 산출한 세액 
  
② 지방자치단체의 장은 해당 연도분의 제1항제2호의 세율을 조례로 정하는 바에 따라 1천분의 2.3을 초과하지 아니하는 범위에서 다르게 정할 수 있다.   ③ 제1항에도 불구하고 재산세 도시지역분 적용대상 지역 안에 있는 토지 중 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따라 지형도면이 고시된 공공시설용지 또는 개발제한구역으로 지정된 토지 중 지상건축물, 골프장, 유원지, 그 밖의 이용시설이 없는 토지는 제1항제2호에 따른 과세대상에서 제외한다.    
제142조【과세대상】  
① 지역자원시설세의 과세대상은 다음 각 호와 같다. 
2. 소방시설, 오물처리시설, 수리시설, 그 밖의 공공시설로 인하여 이익을 받는 자의 건축물, 선박 및 토지(이하 이 장에서 "특정부동산"이라 한다)    
제146조【과세표준과 세율】 
② 특정부동산에 대한 지역자원시설세의 과세표준과 표준세율은 다음 각 호에서 정하는 바에 따른다. 
  
1. 소방시설에 충당하는 지역자원시설세는 건축물(주택의 건축물 부분을 포함한다. 이하 이 장에서 같다) 또는 선박(소방선이 없는 지방자치단체는 제외한다)의 가액 또는 시가표준액을 과세표준으로 하여 다음 표의 표준세율을 적용하여 산출한 금액을 세액으로 한다.  
과세표준 
 세          율 
 6,400만원 초과 
 49,100원 +6,400만원 초과금액의 10,000분의 12 
 
  
  (2) 지방세특례제한법 
  
제2조【정의】 
① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. 
1. “고유업무”란 법령에서 개별적으로 규정한 업무와 법인등기부에 목적사업으로 정하여진 업무를 말한다. 
  
제22조【사회복지법인 등에 대한 감면】 
② 사회복지법인 등이 과세기준일 현재 해당 사업에 직접 사용하는 부동산(대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지를 포함한다)에 대하여 재산세(「지방세법」제112조에 따른 부과액을 포함한다) 및「지방세법」제146조 제2항에 따른 지역자원시설세를 각각 면제한다.    
제38조【의료법인 등에 대한 과세특례】 
① 「의료법」제48조에 따라 설립된 의료법인이 과세기준일 현재 의료업에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세(「지방세법」제112조에 따른 부과액을 포함한다)를 2013년 12월 31일까지 면제한다.    
④종교단체(「민법」에 따라 설립된 재단법인으로 한정한다)에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 지방세를 2013년 12월 31일까지 감면한다.   2.과세기준일 현재 의료업에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세(「지방세법」제112조에 따른 부과액을 포함한다)의 100분의 100의 범위에서 조례로 정하는 율을 감면한다.   제50조【종교 및 제사 단체에 대한 면제】 
②종교 및 제사를 목적으로 하는 단체가 과세기준일 현재 해당 사업에 직접 사용하는 부동산(대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지를 포함한다)에 대하여는 재산세(「지방세법」제112조에 따른 부과액을 포함한다) 및 「지방세법」제146조 제2항에 따른 지역자원시설세를 각각 면제한다. 다만, 수익사업에 사용하는 경우와 해당 재산이 유료로 사용되는 경우의 그 재산 및 해당 재산의 일부가 그 목적에 직접사용되지 아니하는 경우의 그 일부 재산에 대하여는 면제하지 아니한다.    
  (3)경기도 도세 감면조례(2011.12.26. 조례 제4295호) 
  
제3조(종교단체의 의료업에 대한 감면) 
① 종교단체(「민법」제32조에 따라 설립된 재단법인으로 한정한다)가 「의료법」에 따른 의료기관 개설을 통하여 의료업에 직접 사용할 목적으로 취득하는 부동산에 대해서는 다음 각 호에 따라 취득세를 경감하고, 과세기준일 현재 의료업에 직접 사용하는 부동산에 대하여는「지방세법」제146조 제2항에 따른 지역자원시설세의 100분의 50을 경감한다.    
  (4) 안산시 시세의 감면에 관한 조례(2012.1.1. 조례 제1653호) 
  
제3조(종교단체의 의료업에 대한 감면) 
종교를 목적으로 「민법」에 따라 설립된 재단법인이 과세기준일 현재 의료업에 직접 사용하는 부동산에 대하여「지방세특례제한법」에 따라 재산세(「지방세법」제112조에 따른 부과액을 포함한다)를 면제한다.

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