종교단체가 종교용으로 취득한 부동산을 유예기간(3년)내 종교용에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있다고 볼 수 있는지 여부

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심판(심사)사례

종교단체가 종교용으로 취득한 부동산을 유예기간(3년)내 종교용에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있다고 볼 수 있는지 여부

작성자: Tax

조회: 5792 등록일: 2013-01-24

[ 조심2011지0366 (2012.02.07) 취득세 기각]  [관련법령]  지방세법 제107조    
[주    문] 
   
심판청구를 기각한다. 
   
[이    유] 
   
1. 처분 개요 
  
 가.청구법인은 2008.1.30. OOO 토지 1,194㎡(이하 “이 건 토지”라 한다)를 증여 취득한 후, 「지방세법」(2010.3.31. 법률제10221호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)제107조제1호및 제127조 제1항 제1호의 규정에 의하여 비영리사업자인 종교단체가 고유사업에 직접 사용하기위한 부동산의 취득으로 하여 처분청으로부터 취득세 등을 비과세 받았다. 
  
 나. 처분청은 2011.1.28. 이 건 토지에 대한 현장 확인 결과, 건축물착공당시 철골구조물만 축조된 상태에서 장기간 공사가 중단된사실을확인하고, 이 건 토지를 취득일부터 3년이 경과하도록 정당한사유 없이종교단체의 고유목적에 직접 사용하지 아니한 것으로보아 청구법인에게기 비과세한 취득세 등의 신고납부를 안내하였고,청구법인은 이 건 토지의취득가액 OOO원을 과세표준으로하여산출한 취득세 등 OOO원을 2011.2.8. 처분청에 신고한 후, 2011.3.2. 이를 납부하였다. 
  
 다.청구법인은 이에 불복하여 2011.3.21. 처분청에 경정청구를 하였으나처분청이 이를 거부함에 따라 2011.4.15. 심판청구를 제기하였다. 
  
2. 청구법인 주장 및 처분청 등 의견 
  
 가. 청구법인 주장 
  
   청구법인은 이 건 토지 및 동 지상 미완성 구조물(이하 “이 건구조물”이라 한다)을 2008.1.30. 주식회사OOO로부터 증여로 취득한후, 2008.7.4. 처분청에 공사가 중단된 이 건 구조물의 건축주를 OOO주식회사에서청구법인으로 변경하는 건축관계자 명의변경허가를 신청하였으나, 2009.4.20. 처분청 건축과에서 「건축법시행규칙」제11조 제1항에서 규정하고 있는 변경 전 건축주의명의변경동의서 또는 권리관계의변경사실을 증명할 수 있는 서류를제출하지 아니하였다 하여 명의변경허가신청서를 반려함에 따라 
 2010.5.24. 이 건 구조물이 청구법인의 소유임을확인하고 건축주를OOO 주식회사에서 청구법인으로 변경하는 건축관계자 변경신고절차를 이행하라는 민사소송(OOOOOO OOOOOOOOOOOOOOO O)을제기하여 이 건 구조물은 주식회사 OOO이 청구법인에게 이 건 토지를증여함과 동시에소유권이 이전된 것으로 OOO 주식회사는건축관계자 변경신고 절차를 이행하라는 승소 판결을 받았는바, 
 청구법인은 이 건 토지를 취득한 후, 목적사업OOO에 사용하기위하여진지하게 노력을 다하였음에도 유예기간 내에 OOO건축을하지 못한 것은 이 건 구조물의 종전 건축주인OOO주식회사가 토지및 구조물에 대하여 아무런권한이 없음에도 처분청이 건축허가권을 취소하거나 변경하지 않은 것은 처분청의 허가관리업무 미숙으로 인한 귀책사유에 해당되고, 이는 청구법인이 이 건 부동산을 취득하기이전부터 존재하는 장애요인으로볼 수 없고, 사전에 인지할 수도 없는 것으로서청구법인이 이 건 부동산을유예기간 내에 고유목적에직접 사용하지못하는 정당한 사유에 해당되므로 이 건 취득세 등은 취소되어야 한다. 
  
 나. 처분청 등 의견 
     청구법인은 이 건 토지 취득 전인 2004.1.4.부터 건축주가 된 OOO 주식회사에게 건축관계자(건축주)명의변경 동의를 받지 못하였고, 이로 인해 처분청으로 부터 건축허가를 받지 못함은 물론, 2009.4.20. 건축관계자 명의변경신청 반려(반려사유 : OOO주식회사의 건축주명의변경 동의서 또는 권리관계의 변경사실을 증명할서류 미비) 통보를 받았으며, 이에 따른 건축관계자 명의변경신청 반려처분취소 행정소송(2009.5.22.)을제기 하였으나 이 또한 같은 사유로 2009.9.23. OOO으로부터 기각결정 판결OOO을 받았으며, 유예기간 만료일(2011.1.31) 경과 후인 2011.2.16. 민사소송을 통해“건축허가에 관하여 건축주를 귀 재단으로 변경신고절차를 이행하라”는판결(OOOOOO OOOOOOOOOO)을 받은 상태로, 이는 유예기간 내에건축관계자 명의변경(민사소송 포함)을 완료하고 건축허가, 착공신고 등종교목적 사용OOO을 위한 절차를 완료해야 하나그러지 못한 것은 취득 전부터 내재된 장애사유가 해소되지 않아종교목적에 직접 사용하지 못한 것으로 정당한 사유에 해당되지 아니한다. 
  
3. 심리 및 판단 
  
 가. 쟁   점 
  
   종교단체가 부동산을 취득하여 유예기간 내에 종교용에 직접사용하지 못한 정당한 사유가 있었는지 여부 
  
 나. 관련 법령 
  
  (1) 지방세법(2010.1.1. 법률 제9924호로 개정되기 전의것) 
    제107조(용도구분에 의한 비과세) 다음 각 호의 1에 해당하는 것(제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는경우와 취득일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우또는 그 사용일부터 2년이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 취득세를 부과한다. 
    1. 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산에 대한 등기 
    제127조(용도구분에 의한 비과세) ① 다음 각 호의 1에 해당하는것(제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는등록세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 등기·등록일부터 1년(제1호의 경우에는 3년)이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 등록세를 부과한다. 
    1. 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득 
  
  (2)지방세법 시행령(2010.9.20. 대통령령 제22395호로 개정되기 전의 것) 
    제79조(비영리사업자의 범위) ① 법 제107조 제1호에서 “대통령령으로 정하는 비영리사업자”라 함은 다음 각 호의 자를 말한다. 
     1.종교및 제사를 목적으로 하는 단체 
    제94조(비영리사업자의 범위등) ① 법 제127조 제1항 제1호 본문에서 "대통령령으로 정하는 비영리사업자"라 함은 제79조의 규정에 의한 비영리사업자를 말한다. 
  
 나. 사실관계 및 판단 
  
 (1)청구법인및 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 아래와 같은 사실을알 수 있다. 
  
  (가)주식회사 OOO이 2002.5.6. 처분청으로부터 이 건 토지상에건축허가OOO를 받은 후,OOO 주식회사에 건축물 신축공사를 도급하였고, OOO주식회사는 OOO 주식회사에 철근콘크리트 공사를,OOOO 주식회사에철골공사를 각각 하도급 하였으며, 2003.4.9. 주식회사OOO의자금난으로 이 건 구조물을 남긴 상태에서 건축공사가중단되었고, 2003.5.19. 이 건 토지에 대한 임의경매(OOOOOO OOOOOOOOOOO)절차가 개시 되었다. 
  
  (나)한편, 주식회사 OOO은 2004.1.4. 건축허가에 관한 건축주명의를 OOO 주식회사로 변경하였고, 2004.3.17. 청구법인 산하OOO OO 관계자들은 주식회사 OOO을 설립하였으며, 주식회사 OOO은2004.6.7. 위 경매에서 이 건 토지를 매수한 후, 2004.10.28. OOOOOO에 이 건 구조물의 유치권을주장하는 OOO 주식회사등을상대로 이 건 구조물의 철거 및 이 건 토지의 인도를 구하는 소송(OOOOOOOOOOO)을 제기하였고, 
 동 소송은 2006.4.20. 항소심OOO에서 OOO이OOO 주식회사 등에게 OOO원을 지급하는 대신, OOO주식회사 등이 이 건구조물에 대해 가지고 있는 모든 권리를 포기하고, 이 건 구조물에 대한 소유권 등 모든 권리를 주식회사 OOO에게 귀속시킴은 물론 OOO 등이 주식회사 OOO에 대하여 가지는일체의 공사대금채권도 모두 주식회사 OOO에게 양도한다는 내용의 조정이 성립되었다. 
  
  (다) 주식회사 OOO은 2006.5.30. OOO 주식회사 등에게O,OOO,OOO,OOO원을 지급한 후, 이 건 구조물을 인도 받았고, 청구법인은2008.1.30.이 건 토지를 주식회사 OOO로부터 증여를 원인으로취득하였으며, 2008.3.10.OOO(OOOOOOO)과 이 건 토지상에 OOOOO신축공사 설계감리계약을 체결하였고, 2008.7.28. OOO로부터 OOOOO 신축 설계 심의 승인을 받았으며, 2008.9.4. 처분청에위 건축허가건축관계자를 OOO 주식회사에서 청구법인으로 변경하는 내용의변경신고를 하였다. 
이에,처분청은 2008.9.9. 청구법인에게전 건축주의 명의변경동의서 또는권리관계의 변경사실을 증명할 수 있는 서류를 제출하라는 내용의건축관계자 변경신청서 서류보완 요구를 하였고, 2008.10.28.청구법인에게건축관계자 변경신고(보완접수)에따른 재보완 요구를 하자 청구법인은2008.11.5. 관계 자료를 이미 충분히 제출하였다는 내용의회신을 하였으며, 처분청은2008.11.7. 청구법인의 회신에 대하여 2008.12.1.까지 재보완요구(미이행시 일건서류 반려)를 하였다. 
  이에 따라,청구법인은 2009.4.15. 및 2009.4.17. 처분청에건축 관계자(건축주) 변경신고에 따른 반려처리 확인요청을 하자 처분청은2009.4.20.청구법인에게2008.12.2. 반려처리 하였으나 행정 내부상의오류로 인하여 우편물이 귀 재단에 송달되지 못하였음이 확인되어 붙임과같이 반려통보서를 송부한다는 내용의 답변을 하였다. 
  
  (라)청구법인은 2009.5.21. OOO에 위 건축관계자명의변경신청반려처분(2009.4.20.) 취소소송OOO을 제기하여 2009.9.23.기각결정을 받았으나, 2010.5.24. OOO 주식회사를 상대로 민사소송OOO을 제기하여 2011.2.10. 이 건 구조물이청구법인의 소유임을 확인하고, OOO 주식회사는 청구법인에게이 건건축허가에 관하여 건축주를 청구법인으로변경하는 건축관계자변경신고절차를 이행하라는 판결을 받았으며, 위 판결에 대한 OOO주식회사는 항소하였으나 2011.12.21. OOO에서 기각판결을 하였다. 
  
 (마)한편, 처분청 세무담당공무원의 2011.1.28. 이 건 토지에 대한 현지확인서에는건축물 착공당시 철골구조물만 축조된 상태에서 장기공사중단상태로 청구법인이 취득 후 유예기간 내에 고유목적으로 사용하지아니하는 것으로 확인된다고 기재되어 있다. 
   
 (2)「지방세법」 제107조 및 제127조 제1항에서 말하는 “정당한 사유”라함은 법령에 의한 금지 제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 정당사유의 유무를 판단함에 있어서는 입법취지를 충분히 고려하면서 당해 법인이 영리법인인지 아니면 비영리법인인지여부,토지의취득목적에 비추어 고유목적에 사용하는 데 걸리는 준비기간의장단, 고유목적에 사용할 수 없는 법령 사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 토지를 고유업무에 사용하기 위한 진지한노력을 다하였는지의 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것(대법원 2002.9.4. 선고 2001두229 판결 참조)이다. 
  
 (3)살피건대, 청구법인이 이 건 토지를 취득할당시 이 건 구조물의 건축주명의가 OOO 주식회사로되어 있어 OOO건축의 장애사유가있음을 알았거나, 설사몰랐다고 하더라도 조금만 주의를 기울였더라면그러한장애사유를 알 수 있었던 상황하에서 이 건 토지를 취득하였고,위의 장애사유로 인하여청구법인이 이 건 토지를 청구법인의고유업무에직접 사용하지 못한 것으로 보여지는바, 이는 이 건 토지를고유업무에직접사용하지 못한 데 대한 정당한 사유가 될 수 없다 할 것(대법원2002.4.26. 선고 2000두10038 판결 참조)이고, 
 비록, 청구법인이 OOO 주식회사를 상대로 민사소송을 제기하여 승소하였다 하더라도 청구법인이 처분청을 상대로 제기한 건축관계자명의변경신청반려처분취소소송이 기각된 점을 보면,청구법인이 이 건토지를 고유업무에 직접사용하지 못한 데에 처분청의 귀책사유가 있었다고 보여지지도 아니하므로 청구법인이 이 건 토지를유예기간내에 고유사업에직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있었다고 인정하기는 어렵다고 할 것이다. 
  
 따라서, 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없다고판단된다. 
  
4. 결  론 
  
  이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」 제123조 제4항과 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에의하여 주문과 같이 결정한다.

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