(취소)청구법인이 벤처기업집적시설을 개발ㆍ조성할 목적으로 부동산을 취득하여 취득세 등을 면제받은 후, 그 취득일부터 5년 이내에 축소된 벤처기업집적시설의 지정면적에 대하여 기 면제된 취득세 등을 추징한 처분의 당부

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심판(심사)사례

(취소)청구법인이 벤처기업집적시설을 개발ㆍ조성할 목적으로 부동산을 취득하여 취득세 등을 면제받은 후, 그 취득일부터 5년 이내에 축소된 벤처기업집적시설의 지정면적에 대하여 기 면제된 취득세 등을 추징한 처분의 당부

작성자: Tax

조회: 837 등록일: 2020-07-26

조심2015지0682, 2017.1.6.  (세목) 취득세  (결정유형)  취소 【결정요지】벤처기업집적시설에 입주하였던 벤처기업이 벤처기업에 해당하지 아니하게 된 경우에도 계속하여 벤처기업집적시설에 입주할 수 있게 한 점, 입주 당시 벤처기업으로 확인받은 기업이 벤처기업에서 벗어나더라도 벤처기업집적시설의 지정이 계속 유지된 경우 벤처기업집적시설에 사용한 것으로 보아야 한다. 【관련법령】  「지방세특례제한법」(2011.12.31. 법률 제11138호로 개정되기 전의 것) 제58조 제1항 【주  문】 OOO의 경정청구 거부처분은 이를 취소한다. 【이  유】 1. 처분개요    가. 청구법인은 2008.9.10. OOO에게 벤처기업집적시설의 지정면적변경(△20,108.08㎡)을 신청하였고, 축소된 지정면적 20,230.66㎡(옥탑 122.58㎡ 포함)에서 기업부설연구소로 사용된 면적 11,646.47㎡을 차감한 8,584.19㎡(이하 “쟁점면적”이라 한다)에 대하여 구「지방세법」제276조 제3항 단서 및 「지방세특례제한법」제58조 제1항 단서에 의거 벤처기업집적시설을 다른 용도로 사용한 것으로 보아 쟁점면적(부속토지 포함)에 대하여 기 면제한 취득세 등에 가산세를 가산하여 취득세 OOO을 2012.12.14. 신고?납부하였다.    나.청구법인은이 건 건축물에 입주할 당시 벤처기업이었으므로 기업규모의 성장으로 중소기업의 범위에 속하지 아니하게 되었다 하여 청구법인이 사용하는 쟁점면적(부속토지 포함)을 다른 용도로 사용하는 것으로 볼 수 없다는 이유로 2014.11.12.경정청구를 하였으나, 처분청은 2014.12.15. 이를 거부하였다.    다. 청구법인은 이에 불복하여 2015.3.12. 심판청구를 제기하였다.     2. 청구법인 주장 및 처분청 의견    가. 청구법인 주장    청구법인은 2011년 10월 이 건 건축물로 입주할 당시 벤처기업확인을 받은 벤처기업이었고, 심판청구일 현재까지 이 건 건축물의 일부를 청구법인의 사무실 및 연구소로 사용하면서 컴퓨터 바이러스 연구 및 백신프로그램 제조?개발업을 영위하고 있으며, 그 외의 면적은 벤처기업 등에게 업무시설로 사용하도록 임대하여 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」(이하 “「벤처기업법」”이라 한다) 제18조 제2항에 따른 벤처기업집적시설의 요건을 충족하고 있고, OOO로부터 벤처기업집적시설 지정을 취소받은 사실도 없다.    「지방세특례제한법」제58조 제1항 단서의 ‘부동산을 다른 용도로 사용하는 경우’의 해석에 대하여 「지방세특례제한법」상 구체적?명시적 규정이 존재하지 않기 때문에 관련 법률인 「벤처기업법」의 조문 및 입법 취지 등을 감안하여 판단하는 것이 합리적인바, 「벤처기업법」제24조 제2항에서 “입주시점에 벤처기업이었던 기업이 벤처기업에 해당하지 아니하게 된 경우에도 계속하여 벤처기업집적시설에 입주할 수 있다”고 규정하고 있는데, 처분청은 이 경우에도 「중소기업기본법」제2조의 중소기업의 경우에 한하는 것이라는 의견이나, 「벤처기업법」은 기존 기업의 벤처기업으로의 전환과 벤처기업의 창업을 촉진하여 우리 산업의 구조조정을 원활히 하고 경쟁력을 높이는데 기여함을 목적으로 1997.8.28. 제정된 법률로서 그 당시 법제처에서 간행한 법령 해설 및 심의 경과 자료에 의하면 벤처기업으로 인정되었던 기업이 그 후 벤처기업의 범위에서 벗어난 경우에 종전까지 적용되던 벤처기업에 대한 특례를 인정하지 않게 되면, 당해 기업 자신은 물론 거래상대방에게도 혼란과 불이익을 초래할 우려가 있다고 판단되어 이들 기업에 대해서는 계속해서 벤처기업에 대한 특례를 인정하도록 「벤처기업법」제24조 제2항을 둔 것으로 나타나고, 2015. 11.18.「벤처기업법 시행령」제11조의8 제2항 제1호가 신설되어 청구법인과 같이 「벤처기업법」제24조 제2항에 따라 계속 입주하고 있는 기업도 같은 법 제18조 제1호에 따른 입주적격업체의 범위에 포함되었는바, ‘벤처기업에 해당하지 아니하게 된 경우’의 의미를 ‘벤처기업에 해당하지 않게 되었지만 중소기업에는 해당되어야 한다’는 것으로 축소 해석하는 것은 부당하다.    종합하여 보면, 「벤처기업법」에 규정된 벤처기업집적시설 지정 제도는 교통, 정보 및 통신, 연구, 금융 등의 기능 집중으로 기업 경영 여건이 우수한 도심에 벤처기업이 집단적으로 입주할 수 있는 공간을 제공하기 위하여 민간 빌딩을 벤처기업집적시설로 개발 조성하는 자에게 조세감면혜택을 부여함으로써 벤처기업이 저렴한 비용으로 입주할 수 있도록 지원하는 제도인 점, 이러한 취지를 반영하여 별도의 조항(「벤처기업법」제24조 제2항)으로 벤처기업집적시설에 입주하였던 벤처기업이 벤처기업에 해당하지 아니하게 된 경우에도 계속하여 벤처기업집적시설에 입주할 수 있게 한 점, 입주 당시 벤처기업으로 확인받은 기업이 벤처기업에서 벗어나더라도 벤처기업집적시설의 지정이 계속 유지되어 같은 법 제24조의 입법취지가 드러날 수 있도록 관련 규정을 보완하기 위하여 2015.11.18.「벤처기업법 시행령」제11조의8 제2항 제1호가 신설된 점, 성장에 따른 규모초과로 벤처기업에 해당하지 않게 되는 기업이 사용하는 면적을 단순히 다른 용도로 사용하는 경우로 간주한다면 이는 조세특례 인정을 위해 성장하는 벤처기업의 퇴거를 강제하는 조항으로 해석될 것이며 이는 벤처기업집적시설에 입주한 벤처기업을 지원하기 위한 조세특례 취지와 정면으로 배치되는 점 등을 고려할 때에 관련 법령에서 면제한 취득세를 추징하는 사유에 해당하지 않는 이 건에 대한 처분청의 경정청구 거부처분은 부당하다.    나. 처분청 의견    「지방세특례제한법」제58조 제1항에서 「벤처기업법」에 따라 지정된 벤처기업집적시설을 개발?조성하여 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 부동산에 대하여 취득세를 면제하되, 「벤처기업법」제17조의3 또는 제18조 제2항에 따른 요건을 갖춘 날부터 5년 이내에 부동산을 다른 용도로 사용하는 경우에 해당 부분에 대하여는 감면된 취득세를 추징하는 것으로 규정하고 있으며, 「벤처기업법」제18조 제2항에 따라 지정을 받은 벤처기업집적시설은 지정받은 날(건축 중인 건축물은「건축법」제22조에 따른 건축물의 사용승인을 받은 날을 말한다)부터 1년 이내에 연면적의 100분의 70 이상을 벤처기업 등 대통령령으로 정하는 기업이 사용하게 하는 요건을 갖추어야 한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령(2014.3.24. 대통령령 제25272호로 일부개정되기 전의 것, 이하 같음) 제11조의8 제3항에서 “대통령령으로 정하는 기업”이란 같은 조 제2항에 따른 벤처기업으로 확인받은 기업, 지식기반산업을 경영하는 중소기업, 정보통신산업을 경영하는 중소기업, 창업보육센터에 3년 이상 입주한 경력이 있는 중소기업으로 규정하고 있다.    위 관련 법령에 의하면, 벤처기업집적시설의 지정요건인 「벤처기업법 시행령」제11조의8 제3항에서 규정한 벤처기업, 지식기반산업을 경영하는 중소기업 등 벤처기업집적시설에 입주할 수 있는 기업 이외의 기업이 사용한다면 그 해당 부분은 벤처기업집적시설에 해당하지 않는다 할 것인바, 청구법인은 「벤처기업법」제18조 제2항에 따른 요건을 갖춘 날부터 5년 이내에 그 요건을 유지하지 아니하였으므로 같은 법 시행령 제11조의8 제3항에서 정한 기업 외의 기업이 사용하는 경우에 해당하는 점에서 쟁점면적을 다른 용도로 사용하는 것으로 보아 이 건 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.   3. 심리 및 판단    가. 쟁 점    벤처기업집적시설 입주 당시 벤처기업이었던 기업이 중소기업에 해당하지 않게 되어 그 기업이 사용하는 부분을 벤처기업집적시설 지정면적에서 제외(축소)한 경우, 이를 벤처기업집적시설을 ‘다른 용도로 사용하는 경우’에 해당하는 것으로 볼 수 있는지 여부    나. 관련 법령 등 : <별지> 기재    다. 사실관계 및 판단    (1) 처분청 및 청구법인이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다.    (가) 청구법인은컴퓨터바이러스의 연구 및 백신프로그램의 제조? 개발, 컴퓨터 관련 범죄 증가에 대비한 신속한 보안 솔류션 제공, 소프트웨어 개발 및 판매업을 목적사업으로 하여 1995.3.18. 설립된 법인이다.    (나) OOO에 지하 4층 및 지상 10층의 건축물 71,142.26㎡{이후 70,426.50㎡(벤처기업 60,371.03㎡, 지원시설 4,108.71㎡, 관련시설 5,946.76㎡)로 변경됨} 전체에 대하여 벤처기업집적시설로 지정받은 사실이 확인된다.    (다) 이 건 건축물에 대한 일반건축물대장(갑)에 의하면, 청구법인은 OOO에 지하 4층 및 지상 10층의 건축물 35,277.83㎡를 2011.9.15. 사용승인을 받아 취득하였고, 그 주용도는 업무시설 및 교육연구시설(연구소)로 나타나며, 같은 날 쏠리테크도 위 토지상에 지하 4층 및 지상 10층의 건축물 35,148.67㎡를 사용승인을 받아 취득한 사실이 일반건축물대장(갑)에 의해 확인된다.    (라) OOO에 의하면, 청구법인은 「벤처기업법」제25조에 따라 벤처기업임을 확인받았고, 그 유효기간은 2010.11.15.부터 2012.11.14.까지인 것으로 나타난다.    (마) 청구법인과 OOO는 2012.12.18. 그 지정변경신청을 수리하여 청구법인 등에게 벤처기업집적시설지정서를 발급하였으며, 위 축소된 벤처기업집적시설의 지정면적은 청구법인이사용하는 부분인 것에 대해서는 청구법인과 처분청 사이에 다툼이 없다.    (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 구 「지방세법」제276조 제3항 및 「지방세특례제한법」제58조 제1항에서 「벤처기업법」에 따라 지정된 벤처기업집적시설을 개발?조성하여 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 부동산에 대하여는 취득세 및 등록세를 면제하되, 다만, 그 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 벤처기업집적시설을 개발?조성하지 아니하는 경우 또는 부동산의 취득일부터 5년 이내에 벤처기업집적시설의 지정이 취소되거나 「벤처기업법」제18조 제2항에 따른 요건을 갖춘 날부터 5년 이내에 부동산을 다른 용도로 사용하는 경우에 해당 부분에 대하여는 감면된 취득세 등을 추징한다고 규정하고 있고, 「벤처기업법」제18조 제2항?제4항 및 같은 법 시행령 제11조의8 제2항에서 벤처기업집적시설을 설치하려는 자는 벤처기업집적시설로 지정받은 날(건축 중인 건축물은 「건축법」제22조에 따른 건축물의 사용승인을 받은 날을 말한다)부터 1년 이내에 벤처기업, 지식기반산업을 경영하는 중소기업, 지식사업 또는 정보통신산업을 경영하는 중소기업이 입주하게 하되 입주한 기업 중에서 벤처기업이 4개 이상(「수도권정비계획법」제2조 제1호에 따른 수도권 외의 지역은 3개 이상)이면서, 연면적의 100분의 70(「수도권정비계획법」제2조 제1호에 따른 수도권 외의 지역은 100분의 50) 이상을 벤처기업 등 기업이 사용하게 하고, 나머지 지정 면적은 벤처기업집적시설 등 대통령령으로 정하는 시설이 사용하게 하여야 하며 이를 위반할 경우 시?도지사는 벤처기업집적시설의 지정을 취소할 수 있다고 규정하고 있으며, 같은 법 제24조 제2항에서 벤처기업집적시설에 입주하였던 벤처기업이 벤처기업에 해당하지 아니하게 된 경우에도 계속하여 벤처기업집적시설에 입주할 수 있도록 규정하고 있다.    처분청의 담당공무원은 2016.12.23. 조세심판관합동회의에 참석하여 “청구법인은 2012.12.12. 직접 사용하던 부분에 대하여 중소기업의 졸업에 따른 벤처기업 면적의 축소를 사유로 벤처기업집적시설 지정면적변경을 신청하여 OOO가 그 지정변경을 수리하였는바, 청구법인이 벤처기업집적시설의 지정면적에서 제외된 부분을 그대로 사용하고 있다 하더라도 해당 부분은 더 이상 벤처기업집적시설이 아니므로 벤처기업집적시설로 사용하고 있다고 보기 보다는 다른 용도로 사용하는 경우로 보아야 한다”고 진술하였으나, 구「지방세법」제276조 제3항 단서 및 「지방세특례제한법」제58조 제1항 단서에서 ‘다른 용도로 사용’하는 경우에 대해 열거하고 있지 않은바, 「벤처기업법」제24조 제2항에서 벤처기업집적시설에 입주하였던 벤처기업이 벤처기업에 해당하지 아니하게 된 경우에도 계속하여 벤처기업집적시설에 입주할 수 있도록 규정하고 있는 점, 청구법인이 이 건 건축물에 입주할 당시부터 심판청구일 현재까지 컴퓨터 바이러스 연구 및 백신프로그램 제조?개발업을 영위하고 있는 것에 대해 처분청과 청구법인 사이에 다툼이 없으므로 이를 두고 벤처기업집적시설을 다른 용도로 사용하였다고 보기 어려운 점, 만일, 이를 다른 용도로 사용한 것으로 간주한다면, 이는 조세특례 인정을 위해 성장하는 벤처기업의 퇴거를 강제하는 조항으로 해석될 수 있어 벤처기업집적시설에 입주한 벤처기업을 지원하기 위한 조세특례 취지와 배치되는 것으로 보이는 점 등에 비추어 청구법인이 직접 사용하던 쟁점면적(부속토지 포함)을 구「지방세법」제276조 제3항 단서 및 「지방세특례제한법」제58조 제1항 단서 규정의 ‘부동산을 다른 용도로 사용’하는 경우로 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.     4. 결 론    이 건 심판청구는 조세심판관합동회의 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」제123조 제4항과 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

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